在古典时代，也就是城邦体制的黄金时期，希腊人区分了战争借口与战争理由，但无意将战争理由法律化。希罗多德把希波战争诉诸文明对抗野蛮，修昔底德承认伯罗奔尼撒战争中雅典的扩张和斯巴达的恐惧均是正当的理由。希腊哲人视战争为常态的同时，试图区分城邦之间、希腊人与蛮族之间的战争。柏拉图的“理想国”好似一座时刻备战的军营，他笔下的苏格拉底希望希腊人之间的战事被视作“弊病与不谐”，作战行为有所限制。亚里士多德直言战争如同狩猎，掠取自然奴隶的战争合乎“自然正义”。古罗马人使“正义战争”成为一个法律概念，与之相关的观念又随着罗马的兴衰演变。王政时期的祭司团建制为正义战争的法律化奠定了基础。祭司团的职能是调查其他国家是否违背了对罗马人负有的义务，如果是，则以罗马诸神的名义立誓要求对方补偿。一旦对方拒绝，战争的正义理由形成。在罗马迈向“世界帝国”的关键时期，罗马知识分子寻求使战争的正义性摆脱赤裸裸的强者正义，斯多亚学派的自然法思想为此提供了助力。
在罗马帝国后期，基督教传统继续着关于“正义战争”的思考。在罗马帝国基督教化之后，形成了普世帝国与普世宗教、罗马治下的和平与上帝国的和平两相对应的观念，这组观念一直延续至中世纪，并构成了正义战争理论走向成熟的观念背景。奥古斯丁在阐释《旧约》的语境下提出：“正义战争应被定义作那些为修复伤害而开启的战争。这样的话，那些对其国民的邪恶行为疏于惩罚，或者不归还不正当夺取物的民族和城邦应受到打击。”这一定义使“伤害”成为了正义战争的核心概念。中世纪的经院神学家接续了这一观点。阿奎那著名的正义战争三要件为：其一，战争由主权君主发动，换言之，私斗被排除在外；其二，战争必须有正义理由，即敌方对己方负有过错，这使得正义战争首要地表现为“自卫性”；其三，正当的意图，即发动战争出于（基督教德性）仁爱，旨在使敌人走上正途。
萨拉曼卡学派（School of Salamanca）通过参与讨论西班牙征服美洲引发的印第安人问题发展了基督教自然法、万民法以及战争法理论。在否定了无主地、神圣罗马帝国皇帝与教皇的权力可作为西班牙占领印第安人土地并进行统治的理由之后，维多利亚（Vitoria）将他的辩护建立在战争法之上。“既成伤害是开启战争唯一的正义理由”，倘若印第安人妨碍西班牙人行使通行、居住、贸易、传教等万民法（源自或等同于自然法）权利，或者西班牙为了保护改宗者、援助盟友等理由，对印第安人的战争便是正义的。维多利亚迈出的重要一步是指出正义战争不仅是惩罚性的，而且也可以是进攻性的，征服敌方的土地与臣民。在此之前，甚至对圣地的十字军东征都被解释为防御性的，因为圣地是被侵占的故土。也许正是由于其中的冷酷品质，在《论战争法》中，维多利亚在“作战规则”上花费了与“正义理由”同样多的笔墨。“最后的经院神学家”苏亚雷斯（Suarez）继续将正义战争推进至“司法化”的逻辑终点，开启正义战争的主权君主被认为持有“司法权”，以执行“惩罚性的正义”。
在中世纪晚期向近代早期过渡的过程中，普世帝国—普世宗教的结构逐步瓦解为主权国家的格局，正义战争理论随之受到冲击并在格劳秀斯以降发生了转向。评注法学派将“报复”引入了对正义战争的讨论，如莱尼亚诺的乔瓦尼（Giovanni da Legnano）在其专章讨论开篇所指出的，存在更高的神圣裁判权威之时，违法者受到惩罚，没有必要进行报复，但当教权与帝权开始不被服从，报复这种本质上属于私斗范畴的救济手段变得必要。“报复”作为法律概念，不仅开启了后世对“不及战争的武力手段”的研究，还使正义战争理论开始“落入尘世”。
