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刚刚落幕的第二十届全国临床肿瘤大会暨2017年CSCO学术年会，30余个会场，近80个卫星会，数万人参与，中外学者、产业界和政策界以及媒体界济济一堂，满载而归。三天时间，每天高达12小时的会议日程，热烈的探讨后，我们一起来梳理下本届CSCO年会上关于分子诊断、肿瘤精准医疗的十大热点。不足之处欢迎指正、留言讨论。
作者：特约编辑Calvintan
责编：芒果 | 校对：十一郎
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近80场卫星会中，大约50%的专访涉及到肿瘤免疫和免疫治疗。同时大会主主会场也设置了肿瘤免疫治疗专场。继CTLA-4（BMS的Yervoy）后，各个药厂的针对PD-1（BMS的Opdivo与MSD的Keytuda）与PD-L1(Roche的Tecentriq，AZ的Imfinzi，Merk&Pfizer的-Bavencio)和药物陆续获FDA批复，应用于各种癌症的多线治疗。
除了公认的免疫治疗在晚期黑色素瘤与晚期非小细胞肺癌中有更好生存时间外，FDA在2016年批复PD-L1用于膀胱癌（Atezolizumab），PD-1用于头颈癌（Nivolumab），另外还有多个基于PD-1的卵巢癌与霍奇金淋巴瘤的临床试验结果显著。虽然免疫治疗在这些肿瘤类型中疗效显著，但是也有某些肿瘤类型疗效甚微。在今年AACR上报告的在转移性三阴性乳腺癌患者中使用PD-L1只有10~13%的有效率，但一旦有效则疗效可持续较长时间[1]。免疫治疗临床试验迫切需要一个能合理预测患者获益的方案。
除了目前FDA批准的伴随诊断基于IHC的PD-L1表达检测方法，另外各公司还有基于微卫星不稳定（MSI），基因错配修复缺陷（MMR），基于肿瘤突变负荷（TMB），新抗原发现以及基因表达谱等检测正在开发。免疫治疗和基因等肿瘤大数据的结合成为趋势，其中打通肿瘤免疫、基因大数据和药物研发产业链的或将占有产业先机。聚焦于肿瘤精准免疫治疗的的公司包括誉衡基因、裕策生物、基准医疗等。其他知名肿瘤企业，类似安可济、金域检验、贝瑞基因、迈基诺、思路迪、元码基因、华大基因等。
2016年CSCO会上多家公司都在讨论组织类NGS与ctDNA NGS的数据一致性，今年CSCO已经初步肯定了液态活检在肿瘤检测中的地位，虽然临床中仍旧以组织病理活检作为金标准，ctDNA样本有着容易降解以及血浆中释放的无法控制等缺点，由于肿瘤进展中迫切需要动态监控，但是实际情况是病人无法接受多次穿刺活检，而且在这一年来行业的优化与进步，随着各家公司公布的数字，组织NGS与液态活检的一致性都是超过50%的。
甲基化是一种非常稳定的DNA修饰，各细胞类型携带有其独特的甲基化状态，和细胞内的基因表达一致。已有研究表明：在人类胚胎干细胞向多胚层细胞分化，以及诱导多功能干细胞再分化和重编程过程中，有甲基化状态的改变。在不同正常组织之间，新生儿和老年人之间，产前是否遭受饥荒，肿瘤组织和正常组织之间，有明显的甲基化差异。肿瘤组织和正常组织相比，有明显的甲基化水平差异。卢煜明教授的团队检测了肝癌患者和健康人cfDNA的全基因组甲基化状态，以1.1%的低甲基化bins（1Mb）为临界值，肝癌患者的检测灵敏度为81%，特异性为94%。进一步的肿瘤组织和正常组织的甲基化检测验证了该方法的可靠性[2]。
今年多家公司都推出基于ctDNA的甲基化检测的技术方案与初期数据，包括基准医疗，鹍远生物，伯豪生物、鹍远基因、贝瑞基因等。最近张鹍教授团队利用甲基化单倍体型模块，预测肺癌、结直肠癌和健康人的准确性分别达到82.8%、88.5%和91.2%[3]。
2016年美国“21世纪治愈法案”—利用真实世界证据，进行新适应症的批准，满足上市后的研究需求。同时，对于真实世界的数据提出非常大的要求。一个合理的临床RWS的方案，真实数据需要提炼到真实证据，需要满足两大原则：1. 相关性（足够的细节反映药械的使用，数据的研究要用有效的统计学的方法来分析，提供的数据需要是已知的临床/科学判断可以解释的）；2. 真实性（真实世界数据需要预先定义数据类型与搜集的数据框架协议，数据汇聚和确定的方法需要明确，数据收集的时效性）。以上两个原则造成了真实世界大数据研究有着数据量与数据维度都是传统随机对照研究数据的数百甚至上千倍，特别是各个数据点之间是有着明确的关系定义，不再是互相分离，这些又造成了目前真实世界大数据研究的展开困难，也是目前精准医疗拥抱深度学习与人工智能的潜在应用场景。（整理自吴一龙教授在2017年CSCO肿瘤医生与大数据专场会议专题发言）
最近来源于伦敦的Nanopore第三代测序仪已经进入国内开始参与科研领域。除了三代测序的标志长度长带来高质量的结构变异信号与单倍型信号，Nanopore有着许多令人兴奋的特点，比如体积小巧只需要USB接口提供电源，样本不需要扩增与建库，只简单加入染料混匀就可以上机测序，可以用于直接的甲基化测序与RNA测序。但是Nanopore也有着一些不足，比如2014年以来测序错误率以及数据产出不稳定一直制约着其更广阔的应用，因此其母公司经过两年来的做酶的修饰工作，并在2016年发布了R7试剂获得了非常大的进步（其宣称最大单flow cell产出20G，目前全球用户公布的平均真实产出在4~10G，最高有用户报告产出15G，并且绝大部分都是长读序），并在2017年预告了R9与R94试剂性能进一步优化。[4]
CTC在肿瘤早筛中地位非常重要，能保持完整的细胞形态能进行形态学上判定与病理学上金标准对应，而且包括完整的转录组，基因组，蛋白质组的信息。但是CTC一直有着其应用场景受限，例如肿瘤表面抗体的选择（EpCAM，EGFR，叶酸，转铁蛋白，EGF，Her-2等），肿瘤细胞捕获的效率与特异性等，目前主流技术仍需要对筛选的细胞做免疫组化二次确认，加大了检测的周期与不同实验室间的潜在差异。CTC在肿瘤中主要用于早期筛查，预后，复发监控等。
北大肿瘤医院的贾淑芹在贝瑞基因的卫星会上谈到，对2000例中国胃癌样本研究结果，结论对比NCCN指南，发现指南对指导中国患者有一定的差距。中国胃癌患者遗传基因突变率高达5%，遗传基因高达28个（原高于NCCN指南中的10个），突变频率最高不超过1%，乳腺癌只有BRCA1/2超过1%。首次发现四个基因与肿瘤综合征相关：ATM、MLH1、CDH1、RAD51D，指南推荐的基因检测到的基因只有20%。同时发现，Lauren分型并非突变有效预测因素。根据以上结果，建议NCCN指南筛查的基因需要补充，胃癌家族史作为基因筛查的依据需要补充。
在这次大会中许多公司都公布了液态活检的验证数据，绝大部分都是使用数字PCR作为NGS结果的验证。另外还有数家公司专门使用数字PCR作为临床检测试剂盒的申报，其中首批申报的包括了EGFR T790M TKI的耐药变异以及HER-2拷贝数变异。对于液态活检中的临床阳性cutoff的设定，来自河南省肿瘤医院的马杰教授分享了对于EGFR T790M的检测下限，ctDNA突变负荷在1%以上三代TKI靶向药治疗效果非常吻合，0.1%甚至是到0.04%对一代TKI靶向药耐药有很大的预示影像学进展的提示作用。
目前有多家公司在对NGS检测试剂盒进行注册申报，而且都是针对肺癌靶向药的热点检测。另外业内还有更多公司提供科研试剂盒或者NGS捕获方案的定制服务，产业链也越发的成熟。国内基于NGS的肿瘤检测行业生态圈已经初具规模，最上游的测序仪有多家测序仪发布，中游的捕获试剂与建库试剂也有许多公司参与，基于数据分析领域也有基于云计算等解决方案供应商，这些行业内的供应链配套的成熟预计会更好的促进行业的共同进步与发展。
9月28日圆桌讨论会上，嘉宾蔡三军教授、宋勇教授，以及主持吴一龙教授与王思睿教授，六位临床专家展开了激烈的讨论。其中各位专家肯定了NGS在目前对肿瘤临床诊断的积极作用，并且都对NGS在今后更紧密参与临床上的决策有很好的前景，同时各位专家也提出担忧，目前国内众多进行基因检测的测序公司与第三方临床机构，目前缺乏监管与统一标准，各机构水平良莠不齐。目前美国有CLIA和CAP的认证监管体系，而来自CFDA的邓刚主任和吕允凤部长提出，目前国内还没有肿瘤相关NGS检测试剂盒通过CFDA审批，CFDA对于企业申报NGS检测项目是鼓励的，并且提出为了加快NGS肿瘤检测相关产品的审批，在药物申请的数据可以用于NGS检测试剂和产品申请的数据[5]。
参考文献：
[1] http://www.medscape.com/viewarticle/878125#vp_1
[2] https://bookdown.org/youcai/Liquid_biopsy_PocketBook/methylation-technology.html#dna
[3] https://kknews.cc/zh-hk/health/j2aooq.html
[4] CAP Cancer Biomarker Reporting Templates，LungBiomarkers 1.3.0.1，2016
[5] http://www.geneclub.net.cn/info/industry/5305.html?appinstall=0&from=timeline
