作者：曾健明
链接：https://www.zhihu.com/question/65066161/answer/275729737
来源：知乎
问题：生物类的小硕毕业后想从事生物信息学的工作，计算机基础0，想问生信入门需要具备啥能力，可具体推荐几本书，thanks.
生信牛人曾
健明的回答：
其实你并非是从零开始学生物信息学，生信是一门交叉学科，甚至可以说就是一门比较复杂的技能，你本硕期间累积的各种
生物学基础都是有效的
，对计算机学科人士来说也是如此，你们在掌握生信技能的道路上将会殊途同归。
就好像木雕匠人这个职业雕刻木头工艺品的这个技能来说，假如
某厨师
已经熟练掌握各种各样的刀的使用技巧，握刀的姿势，砍/切/削 等，那么他需要的是熟练掌握各种雕刻原材料，树根，枯枝的特性。同理对于
了解原材料的其他木匠
来说，只需要学会雕刻的刀功即可。那么，是不是这两种人就可以成为木雕匠人呢，当然不是，更重要的是雕刻什么东西，掌握需要雕刻的物品的神形，获得只可意会不可言传的感觉。
【匠人】中国那些真正的木雕大师
生物信息学也是如此，完整的掌握了生物学基础，或者计算机基础，都是只是一个最基本的要求罢了。
真正社会上做生物信息学数据分析， 往往更偏向于实战，是有套路的，有流程的，能做到这个就需要一两年的学习了。
更麻烦的是，跟木雕匠人一样，你往往不局限于雕刻一类物品，生信数据处理也是如此，一般人熟知的就有WES,WGS,RNA-seq,ChIP-seq等，上游分析很简单了，都流程化了，但是下游分析五花八门，主要是消耗员工的时间和精力，其中还得是熟手。所谓的大健康方向，其实也是数据分析的个性化，并没有什么特殊之处。
所以对目前的你来说，如果还没工作就很好，可以苦学3个月，装模作样的入门足够你找到工作。如果已经毕业，那么就麻烦了，只能先不计报酬的做实习生，在项目中抓住机会学习了。
好了，扯了这么多鸡汤，下面是干货
生信完全入门线路图及资源大全
成为一个合格的生信工程师必经之路
6大基础知识的掌握
首先你需要了解一些测序基础知识，生物学基础知识，这个主要靠自己看，还有平时多积累。
在生信技能树论坛上面我列了一下，需要自行花时间自学，遇到不懂的名词多搜索，多熟记。对应我们生信技能树的论坛版块是： 生信技能树
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生信技能树
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生信基础
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测序原理-数据格式-数据库
然后你需要掌握一门编程语言，可以从http://www.biotrainee.com/forum-90-1.html 里面的题目开始，当然你需要先来一些简单，你先看这个，http://www.biotrainee.com/thread-834-1-1.html 编程学会怎么着也得两三个月了。对应我们生信技能树的论坛版块是：生信技能树
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互动作业
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脚本能力实践
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生信人必练的200个数据处理任务
如果是linux，不妨看看实验楼的练习：
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全部课程 — >Linux， 新手入门， 计算机专业课 — > Linux 基础入门（新版）
也可以跟着视频来练习，如果你实在是需要，这里推荐业界马哥的视频教程，链接: https://pan.baidu.com/s/1slukNwT 密码: xyq9
这些基础掌握的七七八八了，就可以开始NGS组学之旅了。
NGS组学技术的掌握
首先看 5 篇综述并翻译，
涵盖主流的5个NGS组学技术：WES/RNA-seq/CHIP-seq/miRNA-seq/lncRNA-seq
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Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3828144/
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A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data : http://bib.oxfordjournals.org/content/15/2/256.short
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A survey of best practices for RNA-seq data analysis : http://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8
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Online resources for miRNA analysis : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009912013000994
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Long non-coding RNA discovery pipeline : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0025915
对应这些组学的PPT也需要自行搜索后浏览，掌握概念，原理。
然后看5篇测序数据分析例子
：
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miRNA-seq ： RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model. : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0108051
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CHIP-seq ： CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(13)00536-9
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WES : Clinical Whole-Exome Sequencing for the Diagnosis of Mendelian Disorders http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1306555#t=article
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LncRNA： Integration of Genome-wide Approaches Identifies lncRNAs of Adult Neural Stem Cells and Their Progeny In Vivo http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590913000982
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RNA-seq: RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies CRISPLD2 as a Glucocorticoid Responsive Gene that Modulates Cytokine Function in Airway Smooth Muscle Cells
然后看5篇芯片数据分析例子
：lncRNA : http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC3691033/ ，我就不继续罗列了。
转录组流程
https://f1000research.com/articles/4-1070/v1
https://f1000research.com/articles/5-1438/v1
https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/
当然，实践这些项目你肯定是需要流程，代码，在我的github里面已经有了，但是你需要掌握了linux，软件安装等等，才能看懂。我的github地址是: https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline
等你实践经验足够了，你会发现它们本质上都只是数据处理而已，你可以看我以前录制好的总结视频：有参组学(全基因组，全外显子组学，转录组学，表观)的几个NGS测序数据分析的表现形式的异同点，视频在链接：http://pan.baidu.com/s/1jIQFGSA 密码：48uj
当然，我的视频还有很多，如果你感兴趣，可以自行按需下载：
[我做博客3年来录制的所有免费视频： https://pan.baidu.com/s/1pKkA4Q3 密码:8xxd
我还在论坛上面收集整理了很多NGS组学实践项目，欢迎大家前去练习，http://www.biotrainee.com/forum-108-1.html ， 这个取决于你的悟性了。
但是如果要真正步入生信的殿堂，编程其实是少不了的，请继续学下去。
关于R语言
知道什么是R语言，了解基本语法，Rstudio编辑器，读写文件，跟Excel的区别，绘图等可视化，生物信息学相关的bioconductor系列包。
首先下载R语言打印版的
cheatsheet
， 链接:http://pan.baidu.com/s/1nv5Oulb 密码:4tsn 放在办公桌，或者枕头边上，随时浏览记忆。然后这里有一个网络视频教程，链接:https://pan.baidu.com/s/1slbPogX 密码:ga9x 是
数据分析与R语言视频教程+课件
请务必抽时间听完，一步步跟着操作学习，可以保证你R语言能入门。
