代码分享|| Nature肝脏疾病进展单细胞分析超详细代码：上游分析+下游，详细到fq文件重命名，数据预处理等！快上车！

本次分享的文献是一篇 2024年5月份发表在Nature 上的单细胞转录组数据分析， 同样代码非常的详细文献 ！！！ 包括上游分析+下游， 详细到fq文件重命名 ，数据预处理等！Fig1、2、3等的绘制。高级分析如细胞通讯分析，拟时序分析，RNA速率分析等。

数据和代码

单细胞数据： GSE202379

代码： https://github.com/Core-Bioinformatics/MASLD-NASH

代码一瞥：

fq重命名：

数据预处理：

unset unset 文章主要内容： unset unset

研究团队：

剑桥NIHR生物医学研究中心Michael Allison、剑桥大学Wellcome-MRC剑桥干细胞研究所Irina Mohorianu和Ludovic Vallier

本研究对 47例不同阶段的代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝脏活检进行了单核RNA测序（snRNA-seq） ，以建立疾病进展过程中肝脏的细胞图谱。然后，作者将这些单细胞水平的数据与先进的3D成像相结合，以揭示肝脏结构的深刻变化。肝细胞失去了它们的分带性，胆管树发生了相当大的重组。更重要的是， 该研究揭示了在没有成年干细胞或发育祖细胞激活的情况下，肝细胞和胆管细胞之间发生的转分化事件 。使用胆管细胞类器官进行的详细分析和功能验证证实了PI3K–AKT–mTOR通路在这一过程中的重要性，从而将这种可塑性的获得与胰岛素信号传导联系起来。总之， 研究者的数据表明，慢性损伤创造了一种诱导人体器官细胞可塑性的环境，了解这一过程的潜在机制可以为慢性疾病的管理开辟新的治疗途径。

数据取样：

应用MASLD进展样本的snRNA-seq分析胆管细胞和肝细胞可塑性（图1）

终末期MASLD肝细胞分区和胆道树（ biliary-tree）重构的主要变化（图2）

使用snRNA-seq可以识别胆管细胞和肝细胞的可塑性（图3）