1. 银行要求社会投资人提供增信
现阶段中国PPP项目债权融资，主要是通过银行贷款的方式。项目公司以未来收益及资产作为抵押获得银行贷款。然而实践中由于银行不相信地方政府对某些PPP项目的偿付能力，要求社会投资人为某些PPP项目贷款提供额外增信（如:提供连带责任担保），特别是在经济较落后的中西部地区。
银行要求社会投资人提供增信与PPP项目的合规程序相矛盾。根据财政部发布的PPP操作指南，只有经过了“物有所值”评价以及财政承受能力论证，才算走完了项目的识别阶段，可以正式进入立项阶段。
“物有所值”评价解决的是可行性问题，而财政承受能力论证考察的则是政府是否具备足够的财力支撑项目实施。如果财力不济，会产生政府违约风险，影响项目的可持续性。通过财政承受能力论证是PPP项目的前置行程序。根据《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》的描述“每一年度全部PPP项目需要从预算中安排的支出责任，占一般公共预算支出比例应当不超过10%。”，从而得知具有政府支付责任的PPP项目，政府完全具备偿付能力。
银行要求社会投资人提供增信与公司法相冲突。从实施的PPP项目情况来看，PPP项目公司采用的是有限责任公司方式，投资各方按投资额承担有限责任。银行的做法相当于要求社会投资人对项目公司承担无限连带责任。
2. 增值税抵扣问题
一是PPP项目征地拆迁费增值税抵扣问题。征地拆迁费是指工程建设用地的征用及拆迁工作发生的费用。在实际工作中，征地拆迁主要由政府方（甲方）完成，项目公司将征地拆迁费以据实或包干的方式支付给政府方，政府方向项目公司开具行政事业单位收据。项目公司通过运营期收入弥补项目征地拆迁费的成本。
根据目前增值税相关政策文件，可以作为增值税扣税凭证的包括五种：增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、农产品销售发票、农产品收购凭证、海关进口增值税专用缴款书、代收代缴增值税通用缴款书，由于行政事业性收费收据不在上述范围之内，不可以作为进项税额抵扣销项税额。但项目公司运营期收入需要全额计算销项税，当征地拆迁费数额较大时，将对项目公司造成严重的损失。
现有政策文件明确了对房地产开发企业的征地拆迁费处理规定，对于PPP项目是否适用，尚不明确。房地产开发企业的征地拆迁费增值税处理规定如下：《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知(财税〔2016〕36号)》附件2:营业税改征增值税试点有关事项的规定 “房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。”《关于明确金融房地产开发 教育辅助服务等增值税政策的通知》财税[2016]140号，七、《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号）第一条第（三）项第10点中“向政府部门支付的土地价款”，包括土地受让人向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。
二是银行贷款利息增值税抵扣问题。从文件《国务院关于调整和完善固定资产投资项目资本金制度的通知》（国发[2015]51号）及实践得知PPP项目资本金一般为总投资20%～30%，剩余70%～80%的资金主要通过银行贷款的方式筹集。银行贷款利息在PPP项目的运营期成本中占有较大的比重。但根据相关规定取得的银行贷款利息发票进项税不能抵扣。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1“营业税改征增值税试点实施办法”第二十七条明确规定，纳税人购进的贷款服务，相关进项税额不得从销项税额中抵扣。《营业税改征增值税试点有关事项的规定》“(三)销售额。1.贷款服务，以提供贷款服务取得的全部利息及利息性质的收入为销售额”。这里“贷款服务”明确是指利息收入及利息性质的收入。
银行贷款利息相关的进项税额不能抵扣，而覆盖银行贷款利息的收入部分需要缴纳增值税，加大了企业的税负责任。
3. PPP项目运营期折旧对应的现金流沉淀问题
根据现行公司法及会计法的相关规定，社会投资人每年只有通过项目公司对提取法定盈余公积后的净利润分配获得收益，运营期结束后方可根据规定对项目折旧对应的资金进行分配。由于PPP项目合作期限较长，现行规定造成项目公司资金大量沉淀，而社会投资人要等到项目合作期结束，方能收回投资本金，造成了资金的严重浪费，打击了社会投资人参与PPP项目的积极性。
例：某PPP项目总投资10亿元，运营期10年，直线法计提折旧，每年折旧1亿元，其他成本费用0.5亿元，假定每年收入2亿，则项目公司净利润为0.5亿元，股东可分配利润为0.45亿元。项目公司每年沉淀1亿元资金。到第10年，运营期结束，方可对沉淀的10亿元资金进行分配。
现阶段PPP项目咨询机构及政府方对PPP项目经济评价，是建立在现金流的基础上，参照《建设项目经济评价方法与参数》（第三版），全项目财务内部收益率及项目资本金财务内部收益率的计算。很多PPP项目以项目资本金财务内部收益率作为计算政府补贴测算依据，如果折旧对应的现金流不能同期流入股东方，而是在运营期最后一年才流入，将造成股东方财务内部收益率远低于项目资本金财务内部收益率，严重影响社会投资人的利益。
4. 项目公司计提法定盈余公积造成资金浪费
公司法第一百六十七条规定，公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。法定盈余公积主要用于企业扩大再生产，也可用于企业弥补亏损或转增资本。
PPP项目公司作为特殊目的公司，项目公司的设立主要目的是负责特定项目的建设、运营、维护。由此可知项目公司扩大再生产及增加资本投入的需求较低。对于某些PPP项目通过前期测算可以比较准确的预测运营期的盈亏情况，对于运营期始终盈利的项目，提取注册资本百分之五十的法定盈余公积，将造成资金的极大浪费。
