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基因敲除: 我的老鼠只有我懂

解螺旋  · 公众号  · 医学  · 2017-05-21 18:04

正文


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作者:遥遥(转载请注:解螺旋·医生科研助手)


如果是在做动物实验,而且是基因敲除鼠的实验,那么就会做大批量的小鼠基因型鉴定试验,来确定自己小鼠的基因型,然而,再做实验的过程中往往会出现一些意想不到的结果,我作为一只实验狗在这里为大家提一点点小建议。

 

提取DNA


1、组织提取DNA 剪下老鼠0.5-1.2cm尾巴或者耳朵或者称取20mg组织样本,将样本剪碎放在1.5ml的EP管中。


2、在每个EP管中加入275微升的裂解液(我们实验室使用的是promega的试剂盒)将加入裂解液的组织放在55摄氏度的水浴箱中过夜(16—18h)裂解完全的标志是组织完全溶解。


3、第二天振荡每一个EP管,混匀后再离心,转速13000rmp时间是3分钟,取上清分离毛发,将取的上清加到柱型管中(有滤网的小柱型管,柱型管套装在1.5的EP管中)。


4、在每个柱型管中加入250微升的Wizard SV lysis Buffer,此裂解液需要提前水浴30min,55摄氏度。


5、离心3min 转速13000rpm ,倒掉滤液。


6、在每个管中加入650微升wash solution 离心1min转速13000rpm,这一步骤重复四遍,每一次都弃去管底的废液。


7、4次洗完之后,什么都不加再离心一次,1min 转速13000rmp。


8、离心之后取出,放入到新的EP管中,每一个EP管中加入50微升Nuclease-free-water(无核酸酶水)需要提前水浴30min中55摄氏度。加的过程中要充分覆盖管底,静置2min,离心2min,保留EP 管中的液体,此步骤重复两次。(如果要搁置需要保存在-20冰箱中)。


自此DNA已经提取完成。


显影


1、将获得的液体加入PCR混合液中,凝胶电泳,鉴定基因型。


PCR混合液的配制方法ddH2O 9.5微升,Taq12.5微升,上游引物0.5微升,下游引物0.5微升。每一个EP管中的总量是24微升,提取的DNA 只加1微升。


2、PCR扩增:将样品放入PCR仪扩增。


3、制胶——1%的胶。


小胶:琼脂糖0.25g+25mlTEB1%

中胶:琼脂糖0.5g+50mlTEB1%

大胶:琼脂糖1g+100mlTEB1%


4、将琼脂糖加入TEB溶液后微波炉加热3min,冷却后加入核酸染料EBC,倒入制胶器制胶,30min后取出胶放入电泳槽中,黑线朝向正极。


5、加样,加Maker。


6、电泳。


7、显影。


个人经验


1、提取DNA的第一步中建议用小鼠的尾巴,优选小鼠尾巴,减轻动物疼痛且便于操作,在标记过程中每一个EP管要标号无论盖子顶部还是管壁,都要做标记,因为要在水浴箱中进行裂解。


2、在配裂解液的过程中,一般要多配出2份的量,因为在加样的过程中会有液体遗失,以防万一试剂缺如多配制2份。


3、 在制备pcr混合液的时候无论是上游还是下游引物总量都不能过多,否则显影的时候会出现引物二聚体,出现重影。


4、 加入核酸染料的量是3到5微升。


5、 加入的maker和样品的量建议是5微升。


6、电泳的电压建议100v,时间是45min。


7、使用离心机的时候要注意用常温的离心机,非4度,因为无论是裂解液还是无核酸酶水都是经过水浴箱55度温浴过的,所以,用常温的离心机即可。