一言不合就RNA-seq？芯片有时更合适！

老板给了你几个样本几株细胞，要求你选一些miRNA、lncRNA甚至circRNA出来研究研究，你该怎么办？

于是听说NGS比较火，那就RNA-seq吧，反正也贵不了太多！ 其实未必，有些时候， Microarry更合适，尤其你不需要检测新基因、对重复性要求较高而且经费又有限的情况下。

高通量测序(NGS)和基因芯片是对转录组中的基因的拷贝数、不同剪切体等定性和定量的两大神器，一直以来被广泛使用，microarray应用的更广泛也更早，但是不足也很明显，其不能对新的转录本进行检出。

（一）高通量测序：数据量大

高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA或RNA分子进行序列测定，又被称为深度测序(Deep Sequencing)

高通量测序的原理就不多说了，太复杂，咱们也没必要掌握，样本或者细胞交给外面靠谱的公司： 抽提RNA或者DNA→ 建库→上机→rawdata→Bioinformatics挖掘目的分子 。

RNA-seq相对于microarray的优点不少：

• 检测物种更广泛：人、大鼠、小鼠等等，芯片有限；

• 准确性更高，获得的信息更丰富；

• 更宽的动态范围和更高的灵敏度；

• 检测选择性剪接位点和新型异构体以及非编码RNA的能力，如siRNA、miRNA、snoRNA和tRNA；

测序的成本近两年降了很多，就拿一个病例样本的RNA-seq来说，现在基本维持在4500~5500之间了，当然如果深度挖掘数据的话，成本也不低的，最好是自己实验室有人懂生信分析，不然钱不会少花的。

（二）基因芯片有时更合适

基因芯片上排列着大量的核酸探针，可以代表生物的整个基因组或部分基因组，比如外显子、miRNA、单核苷酸多态性SNP等等。用芯片分析基因表达需要：抽提RNA→cDNA→荧光标记。

芯片上各点的信号强弱，代表了该探针目的基因的表达量。

尽管RNA-seq有那么多的优点，大家对芯片仍是情有独钟。那是因为，相比较于RNA-seq，芯片技术更加成熟，尤其是样本量比较大的研究。 芯片在临床研究中也很吃香，因为它的数据处理又快又简单。芯片能提供高度一致的数据，分析软件也相当成熟。 通过分析成百上千的样本，基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。