专栏名称: 基迪奥生物

广州基迪奥生物官方公众平台，小圆每天分享各种生信软件使用技巧，搜罗好玩的科研生活，定期还有掉节操的生物界八卦分享，让科研变得有意思咯~

分享5篇最新发表的时空组学高分文章

基迪奥生物 · 公众号 · · 2024-08-19 18:02

正文

空间转录组技术，通过整合基因转录组数据与其在组织中的具体位置，为生物研究提供了一种直观精确的工具。其中，Stereo-seq技术，凭借“全物种、高分辨、多组学”等技术优势，在当前空间转录组技术中脱颖而出，并且在过去半年内，涌现了大量采用Stereo-seq技术的高分文章，发表期刊有 Nature 、 Science 、 Cell 、 Nature Genetics 等！

前段时间，在《2024最新时空组学案例文献资料分享》一文中已经分享过10篇使用Stereo-seq技术的高分文章，感兴趣可以点击查看。接下来，再分享5篇近期最新发表的Stereo-seq高分文章。这些文章的研究样本包含百脉根根瘤、玉米雌穗、人肾脏，小鼠脑和肾脏等组织，希望对大家自己的研究计划和文章写作有参考价值。

案例1

利用时空转录组学绘制百脉根根瘤形成过程的分子图谱

英文标题： Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics

发表期刊： Nature Communications

发表日期： 2024-07-29

影响因子： 14.7

物种样本： 百脉根根瘤

技术策略： Stereo-seq

DOI： 10.1038/s41467-024-50737-8

豆科植物通过形成根瘤获得固氮能力，而根瘤器官形成过程是非常复杂的，需要通过构建全面的转录组图谱来揭示根瘤发育过程中的分子机制。本研究基于时空组学技术（Stereo-seq），研究了模型豆科植物百脉根（ Lotus japonicus ）的结节发育。该研究确定了结节内两个关键区域的发育轨迹，揭示了结瘤的潜在生物过程，并提供了实现共生和物质交换的基因集。

在众多候选调节基因中，研究人员发现了一个名为LjNLP3的转录因子，它属于NIN样蛋白家族。研究发现，LjNLP3在结瘤从分化阶段向成熟阶段转变的过程中起到了关键的协调作用。综上，该研究增进了我们对根瘤器官形成过程的理解，并为共生固氮作物的开发提供了有价值参考。

图1. 周围组织和感染区在一个确定的结节中协调分化

案例2

多尺度拓扑学在亚细胞空间转录组学中用于细胞分类

英文标题： Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics

发表期刊： Nature

发表日期： 2024-06-19

影响因子： 50.5

物种样本： 人肾脏，小鼠脑和肾脏

技术策略： Stereo-seq

DOI： 10.1038/s41586-024-07563-1

本文介绍了一种名为TopACT（topological automatic cell type identification）的新方法，该方法整合了转录组数据以及空间上下文信息，实现了在亚细胞层面上的细胞类型自动分类。研究人员利用Stereo-seq技术生成的小鼠大脑和肾脏数据，验证了TopACT的卓越性能，证实了TopACT具有广泛的适用性，可应用于多种平台和组织类型，显著提高了细胞身份识别和组织形态学分析的能力。

图2. TopACT 预测小鼠肾小球中的免疫细胞环状结构

案例3

自闭症相关基因在星形胶质细胞中的作用机制

英文标题： Astrocytic Neuroligin-3 influences gene expression and social behavior, but is dispensable for synapse number

发表期刊： Molecular Psychiatry

发表日期： 2024-07-13

影响因子： 9.6

物种样本： 小鼠大脑

技术策略： Stereo-seq

DOI： 10.1038/s41380-024-02659-6

自闭症是一种复杂的神经发育障碍，其病因至今尚未完全明确。研究人员一直致力于寻找自闭症相关的基因或分子，其中， Nlgn3 基因由于与自闭症的发生密切相关，成为了研究的焦点。过去的研究证实，将小鼠神经元里的Nlgn3基因敲除会导致孤独症样的行为表型。然而， Nlgn3 在星形胶质细胞中扮演什么角色，它是否也参与了孤独症的发生发展一直未知。本研究利用基因编辑、时空组学等技术，明确了自闭症相关基因 Nlgn3 在大脑星形胶质细胞中的位置及影响小鼠社交行为的作用机制。

图3. 基于空间转录组的小脑基因表达重建

案例4

Stereo-seq助力构建玉米雌穗的空间转录组图谱

英文标题： A spatial transcriptome map of the developing maize ear

发表期刊： Nature Plants

发表日期： 2024-05-14

影响因子： 15.8

物种样本： 玉米雌穗

技术策略： 空间+单细胞转录组

DOI： 10.1038/s41477-024-01683-2

本研究使用空间组学测序（Stereo-seq）构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，识别出12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。发现了两个在小花分生组织顶端中特异性表达，并决定其分化确定性的MADS-box基因。通过整合单细胞转录组及空间转录组数据，构建细胞特异性的基因共表达网络并鉴定了一批潜在控制玉米雌穗建成的新基因。总之，该研究为研究植物花序发育提供了宝贵资料，为产量提高提供了新线索。

图4. 利用Stereo-seq数据鉴定到ZmMADS8和ZmMADS14决定小花分生组织确定性

案例5

时空组学揭示脂多糖诱导的脓毒症相关的特定细胞亚群

英文标题： Integrating single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics to elucidate a specialized subpopulation of astrocytes, microglia and vascular cells in brains of mouse model of lipopolysaccharide-induced sepsis-associated encephalopathy

分享5篇最新发表的时空组学高分文章

正文

请到「今天看啥」查看全文