hello啊大家！这几日馆长又在忙着给大家搜罗生信优秀思路！不过找着找着，却让馆长我发现了一本宝藏杂志！
还是咱们大名鼎鼎的王辰院士主办的高分SCI《Chinese Medical Journal》（ISSN: 0366-6999）！这本杂志在2024年最新的影响因子是7.5分！还是科技核心杂志+CSCD核心库杂志！
看来这本杂志在专家眼中的认可度相当可以！最重要的是，馆长发现，该杂志对生信友好！
期刊官网：https://journals.lww.com/cmj/pages/default.aspx
投稿网站：www.cmj.org/
年文章量：2000+
审稿周期：审稿周期平均平均5.39月，半月刊，投稿命中率高达41.94%！
版面费：文章处理费（APC）收费1600元单页（国内作者）
下面跟馆长一起欣赏来自这本期刊结肠癌肿瘤生信方向的好文！
PS:想要提升文章创新性的朋友，可以扫码联系馆长，馆长主打的就是方法多，花费少，效率高~
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题目：A genetic variant in the immune-related gene ERAP1 affects colorectal cancer prognosis
杂志：Chinese Medical Journal
影响因子：7.5
发表时间：2024年4月
公众号回复“原文”二字可以领取本文献，文献编号240702
研究背景
结直肠癌是全球第三大常见恶性肿瘤,其预后存在很大个体差异。目前临床主要依赖肿瘤分期来指导治疗方案,但同期患者预后仍存在异质性,急需发现新的预后生物标志物。一些研究发现遗传因素可能对肿瘤预后产生影响,但相关报道有限且结果不一致。eQTL分析作为一种关联遗传变异和基因表达的有效手段,有助于从基因组角度揭示预后相关的潜在机制。
数据来源
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数据集/数据库
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数据类型
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详细信息
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The Cancer Genome Atlas (TCGA)
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基因组表达及遗传数据
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包括colon adenocarcinoma和rectum adenocarcinoma样本的SNP、CNV、甲基化和mRNA表达数据
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GSE39582 (GEO数据库)
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基因表达及临床预后数据
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562例结直肠癌患者的基因表达和预后生存信息
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UK Biobank
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遗传分型及临床数据
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3609例结直肠癌患者的SNP分型和预后生存信息
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Genotype-Tissue Expression (GTEx)
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组织eQTL数据
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用于验证TCGA eQTL分析结果
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907例中国结直肠癌患者
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遗传分型及临床预后数据
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用于验证预后相关SNP的关联
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HCT116和SW480细胞系
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功能验证实验数据
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探讨预后相关SNP的调控机制
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主要结果
1、受7个潜在功能性SNP调控的6个基因的表达与CRC预后相关
为了鉴定与CRC预后相关的eQTL，作者首先使用TCGA数据进行了全基因组系统的eQTL分析，随后，作者保留与CRC患者OS相关的基因。
Kaplan-Meier分析发现，在TCGA和GEO数据集中，230个基因与CRC生存结果呈一致相关性。在230个基因中，6个基因是eQTL靶基因。
而上述基因的基因表达较低表明CRC患者的OS较短（图1）。
图1 KM分析结果
2、rs71630754 与 CRC 预后相关
随后，作者进行人群分析以确认 SNP 与患者结局之间的关系。作者团队一共收集了907例中国结直肠癌患者的预后信息。
在这些患者中，有383例死于结直肠癌，男性和女性患者的中位生存时间无统计学意义差异（表1）。
在7个候选SNP中，Cox回归结果显示rs71630754与CRC生存率显著相关，且 A等位基因患者的生存时间短于G等位基因患者。
此外，rs71630754与CRC患者生存率之间的关联在英国生物样本库队列中得到进一步验证。
表1 RS71630754与CRC患者OS之间的关联
3、验证rs71630754的调节功能
由于
Haploreg 和 CistromeDB 数据库
的功能预测显示 rs71630754 驻留在增强子区域，作者通过
3D Genome Browser 数据库
中的高通量染色体构象捕获 （Hi-C） 数据进一步证实了结果，
数据显示 rs71630754 和 ERAP1 启动子之间可能存在相互作用（图2）。
GTEx数据还显示，与rs71630754-G等位基因携带者相比，
携带rs71630754-A等位基因的个体在结肠组织中ERAP1的表达较低，这与TCGA数据集中的eQTL结果一致（图3A）。
图2 rs71630754 的增强子功能预测
图3 rs71630754与ERAP1 的表达相关
4、ERAP1 与 CD8+ T 细胞的功能相关
由于文献综述表明 ERAP1 与免疫过程相关，因此，作者探讨了 ERAP1 与免疫细胞浸润之间的关联。
作者首先使用CIBERSORT算法计算了肿瘤组织中22种免疫细胞的浸润情况。然后，作者计算了ERAP1与每种免疫细胞类型分数以及免疫细胞标志基因之间的关联。
相关性分析发现ERAP1与CD8+ T细胞的相对比例相关（图4A-B）。
最后，作者通过在TCGA CRC患者中使用TIMER进一步证实了ERAP1和CD8 + T细胞之间的关联。
结果显示，CD8+ T细胞的7个标记基因与ERAP1显著相关，这在TCGA和GSE39582数据集中是一致的（图4）。
图4 ERAP1 与免疫细胞组分和细胞标志基因的关联分析
文章小结
综上所述，作者利用公共数据库（TCGA、GTEx）筛选出与CRC预后相关的基因，并确定了调控中国人群中这些基因的功能遗传变异。rs71630754 可影响免疫相关基因 ERAP1，与 CRC 的预后显著相关。馆长认为，本文的核心亮点在于单核苷酸多态性的探究+结肠癌相关eQTL基因的筛选！翔实的生信分析+体外实验验证的思路是文章冲击高分的关键！
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