GeneMail周报 | 第一条转基因三文鱼上餐桌、超级细菌DNA测序预测病人生存期

美国国家卫生研究院今天宣布，已向7家研究机构颁发了1890万美元的资金，这些研究机构将作为一个联盟来推动在诊所使用基因组学。该组织被称为临床测序证据生成研究（CSER2）联盟，在2010年由国家人类基因组研究所（NHGRI）和国家癌症研究所（NCI）成立，用于探索在临床护理中使用基因组测序技术。

参考： https://www.genomeweb.com/sequencing/nih-awards-189m-fund-clinical-genomics-consortium

【十一郎浅谈】 奖金数额总体不高，但对于这个联盟，由国立基因组研究和国立癌症研究机构联合成立，其中的思路值得国内借鉴。整合、应用等从顶层设计事半功倍。

7月末CNBC发表文章称，亚马逊已经创建了一个专注于互联网医疗技术的秘密实验室 “1492”。积极探索EHR和远程医疗技术。在对数字医疗初创公司投资方面，今年初亚马逊投资了Illumina旗下的癌症早期筛查公司Grail。Grai今年3月的B轮融资是今年上半年数字医疗领域最大的一笔投融资交易，高达9亿美元。

参考：https://www.cnbc.com/2017/07/26/amazon-1492-secret-health-tech-project.html

【十一郎浅谈】 亚马逊的动作相对而言有些慢，苹果、谷歌、三星、IBM、微软等均已开发相应的云平台等IT基础设施或设立相应部门布局数字医疗。特别是IBM的Watson在中国视为座上宾。而微软的医学影像识别早在三年前，由微软亚洲研究院的团队从脑肿瘤病理切片的识别开始。数字医疗，一是影像数字化；二是基因等分子层面大数据。回归到数据本身，存储、传输、计算、分析、共享，下游的应用则是IT巨头的强项。BT+IT不分家，亦敌亦友，优势互补在于技术互通。目前尚未出现独角兽。

转基因三文鱼日前已被允许在加拿大出售。而这批三文鱼的提供商AquaBounty Technologies是一家在马萨诸塞州梅纳德开发鱼类的公司，该公司宣布已经向加拿大客户出售了约4.5吨产品。此次销售是全球内第一次在公开市场上销售一种转基因动物食品。AquaBounty表示为了这一天，已经努力了超过25年。

参考：http://www.nature.com/news/first-genetically-engineered-salmon-sold-in-canada-1.22116

【十一郎浅谈】 转基因是一种技术，如同基因基因检测一样，新颖而突破传统，不能神奇化，也不能妖魔化。在经过验证后即可采用，发现问题然后优化。不多说，说多会被小崔请去喝茶。看效果。

近日， 香港科技大学卢煜明教授带领团队在新英格兰医学杂志上发表了一篇有关鼻咽癌DNA检测的研究成果。该研究由亚洲基金会和香港政府赞助。卢教授通过液体活检技术筛查了约20,000名男性，筛查出携带病毒DNA 的1112人，占5.5％，其中309人还在一个月后就进行了DNA筛查检测，最后通过内镜和MRI确认后，34人出现癌症。本次筛查出的患者中，71%是癌症初期，20%是五年内接受过鼻咽癌治疗的，这证明了液体活检对于早期发现癌症的作用。卢煜明教授表示：“这是一个可以拯救生命的进步”。

参考：https://medicalxpress.com/news/2017-08-boosts-liquid-biopsies-cancer-screening.html

[十一郎浅谈] 近期关于消费者基因检测的产业热点层出不穷，当部分人问结果有什么用时？这个问题和当初人们当初认为癌症基因检测得出的一个百分数概率有什么意义的本质一样。基因数据本质是辅助诊断，且在无表型症状时较传统方法把诊断时间节点提前。在临床上，用于遗传病、肿瘤等诊断、用药和预后评估等；在非临床上，对于祖源分析、亲缘关系、药物敏感性等。不同需求，不同技术要求和渠道模式等。说回到癌症液体活检，主要解决了活检的取样困难，而且对追溯癌症转移和发现复发相对更准确。关于鼻咽癌的液体活检研究很早，鼻咽癌是一种侵袭性癌症，多数情况和EB病毒有关，因此早期检测更重要。卢教授这次成果，超过97%姣好数字使得被最权威的医学杂志收录。

英国癌症研究所（ICR）的科学家已经开发了一种计算机图像分析工具，可以预测雌激素受体阳性（ER +）妇女在10年内乳腺癌复发的可能性。图像分析系统用于在常规采集的肿瘤样本中查找肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）簇或“热点”，这些簇或“热点”无法轻易地被显微镜检测到。

参考：http://www.genengnews.com/gen-news-highlights/image-analysis-tool-predicts-long-term-recurrence-of-breast-cancer/81254766

[十一郎浅谈] 这个媒体比较客观，如果换做创业和资本热潮涌动的本土，这篇新闻极有可能冠以人工智能的概念。当然，这样的计算机分析工具，在对特征向量和特征值做好数据提取后，建立机器学习的模型是必然的。只是科学家、产业界和媒体需要面对人工智能初级阶段的现状，加以对合作、验证和优化的耐心。

巴斯大学米尔纳进化中心研究人员开发了一种技术，可以通过对超级细菌DNA测序来准确预测个体应对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的生存机会。科学家研究了300例败血病患者的血液样本，检查了不同MRSA菌株的表现并评估了它们的致死率。

参考：https://www.genomeweb.com/infectious-disease/mrsa-dna-sequencing-predicts-patient-survival

[十一郎浅谈] 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌是临床上常见的毒性较强的细菌，感染后可使用青霉素控制。但随着青霉素的广泛使用，产生耐药性。对细菌进行DNA测序，文中方法核心是主要鉴定影响细菌溶细胞毒性和生物膜信息表达的几个遗传基因座，将真实人群的信息与引起感染的细菌的表型和DNA序列数据相结合，创建一个预测模型，以便能够准确预测个体存活MRSA感染的机会。这是未来基因数据与机器学习等新技术的结合点，不完全依赖已知数据库，通过建模和模式识别进行非监督式学习和决策。

许多水果和蔬菜中含有的黄酮类化合物与肠道微生物相互作用或可以预防严重的流感感染。研究人员发现，无论我们喝多少红茶或红酒，或者吞下多少蓝莓，单凭丰富的黄酮类饮食本身可能无法提供预防保护。黄酮类化合物需要被指定肠道微生物代谢后，由这种微生物释放类黄酮衍生物质进入血液中才能对免疫系统有所增强。

参考：http://www.genengnews.com/gen-news-highlights/flu-protection-from-black-tea-red-wine-blueberries-and-gut-microbes/81254770

[ 十一郎浅谈] ：昨日GeneMail整理了肠道菌群代谢黄酮类化合物产生的氨基酸能预防流感，那么对于含有的黄酮类化合物的水果和蔬菜，可以让吃（馋）货（师）们大快朵颐同时安全可靠地预防疾病了~

今天， 生物制药公司Roivant宣布获得了 11 亿美元的巨额投资，软银愿景基金 （Soft Bank VisionFund）领投。这笔巨额投资将成为有史以来规模最大的单笔生物科技领域投资。该公司 CEO Vivek Ramaswamy称，Roivant 将继续专注其独特的业务模式——从其它大型药企放弃的研发项目中寻找最具前景的药物。

参考：https://www.technologyreview.com/the-download/608595/softbank-is-investing-11-billion-to-help-a-biotech-firms-tech-drive/

[十一郎浅谈] 谈 Roviant这家公司之前，先看它的CEO， Vivek Ramaswamy，哈佛高材生，在大学期间曾创办过溢价帮助学生创业的公司StudentBusiness.com，并成功将其卖掉。毕业后加入QVTFinancial，成为DanieGold的对冲基金团队一员，参与管理生物医药投资。两年前29岁时将自己创立不足一年的公司Axovant Sciences送上纳斯达克上市，7名员工，在没有任何收入情况下估值30亿。它做什么？在2014年12月，公司成立两个月内，花500万美元买了葛兰素史克的一个已经停止临床试验、用于治疗阿尔兹海默症的药，重新研发。而上述新闻中Roivant Science正是Axovant Sciences的一家“空壳”母公司，主要通过旗下子公司开发药物，比如Myovant开发子宫内膜异位和子宫肌瘤药物，Urovant开发失禁和膀胱过度活动症药物，Axovant开发痴呆和阿尔兹海默症药物。这些药物都来自其他公司抛弃的计划，然后通过快速测试实现商业化。其中一些药物已经进入三期临床试验，更多药物处在二期临床试验阶段。无论怎么样，世界终究是属于年轻人的。

Eone-Diagnomic（EDGC）与基蛋生物签署了战略合作伙伴协议，这两家分别位于韩国和中国的公司都希望最终能开发和拓展亚洲的面向临床和消费者的基因组市场。EDGC是位于美国加州的生物信息学公司Diagnomics与韩国Eone 生命科学研究所的合资企业。GPBio公司则与复旦大学、北京大学和清华大学均有合作。

参考：https://www.genomeweb.com/sequencing/eone-diagnomics-gpbio-partner-expand-genomic-data-asian-populations

[十一郎浅谈] GPBio即基蛋生物，2002年成立，从事体外诊断试剂和医疗器械的研发、生产、销售。上个月刚刚在A股上市。EDGC是位数不多的美韩合资生命科学企业，提供个人基因组测序和分析。两者的结合，是否能够像奕真生物一样形成生态链，还是如Seven Bridges在中国落地委婉曲折，请读者拭目以待。