生信入门（三）

从我们 生信技能树 历年的几千个马拉松授课学员里面募集了一些优秀的创作者，某种意义来说是传承了我们生信技能树的知识整理和分享的思想！

今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

1、向量Vector——一维

向量中只允许存在一种数据类型，即使你写了多种数据类型也会被同化。

a 1,5,'a',T)class(a)# "character"

2、"表格"（矩阵matrix）——二维

矩阵只允许一种数据类型

多个矩阵组成一个数组（array）

（一）matrix

（二）array

2.1 矩阵新建和取子集

m <- matrix(1:9, nrow=3)

矩阵的取子集不能用$。

m[2,]# 2 5 8
m[,1]# 1 2 3
m[2,3]# 8
m[2:3,1:2]

2.2 矩阵的转置 和转换

# 转置t(m)
# 转换as.data.frame(m)

tips：R语言里的修改，都要赋值，没有赋值就没有发生过。

2.3 矩阵画热图

pheatmap::pheatmap(m)# 默认聚类
pheatmap::pheatmap(m, cluster_cols = F,cluster_rows = F)# 不聚类

3、数据框data.frame——二维

每列只允许一种数据类型，数据框的每一列和每一行都是一个向量。

3.1 数据框的来源

内置数据：

irislettersLRTTERSvolcano

新建数据框：

df 'geme', 1:4),                change = rep(c('up', 'down'), each = 2),                score = c(2,6,9,2))# 变量名只起提示作用，不起决定作用。

从文件中读取数据框：

df 'gene.csv')# 这里的gene.csv必须在工作目录下# 如果不在工作目录下就需要指定文件路径或者复制到工作目录下

数据框属性：

dim(df)# 4 3
colnames(df)# "gene"    "change"  "score"   
rownames(df)# "1" "2" "3" "4"
nrow(df)# 4
ncol(df)# 3

数据框取子集：

### 按照列名df$score# 输入$号后，可以使用tab键来选择列名
### 按照坐标# 取第二行，第一列df[2,1]# 取第一行df[1,]# 取第四列df[,4]# 取多行多列df[c(1,3), 1:2]
第二种方法如果用在向量中会报错，因为向量只有一个维度，只能x[1]
# 按名字df[,'gene']df[,c('gene','score')]
# 按照逻辑值取子集k $scores>0df[k,]
df$gene[k]

3.2 数据框的修改

# 当列名不存在时就会在最后面新增一个列df$p.value 
# 当列名存在是就会修改该列的数据df$change 'up', 'no', 'down', 'no')

修改列名和行名：

# 修改全部行名rownames(df) 'rol1', 'rol2', 'rol3', 'rol4')# 修改第二列的列名colnames(df)[2] 'change'

3.3 两个数据框的连接

（一）有共同的列名

merge_df = merge(df1, df2, by='name')

只合并两个数据框中共有的name。

（二）没有共同列名

方法一、手动修改列名，再使用merge()合并

colnames(df3)[1] 'name'merge(df1, df3, by='name')

方法二、左连接、右连接、取交集

merge(df1, df3, by.x = 'name', by.y = "NAME")# df1对应by.x；df3对应by.ymerge(df1, df3, by = 1)

4、列表list：可装万物

列表可以包含数据框、矩阵、列表、向量

x <-