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安装不上github的包不一定是网络问题

生信技能树 · 公众号 · · 2024-11-03 08:14

正文

也有可能是因为它压根就不是一个包！

下面的报错写的明明白白：Can't find R package

> pak::pkg_install('cxli233/ggpathway')
! Using bundled GitHub PAT. Please add your own PAT using `gitcreds::gitcreds_set()`.
Error:                                                         
! error in pak subprocess
Caused by error: 
! Could not solve package dependencies:
* cxli233/ggpathway: ! pkgdepends resolution error for cxli233/ggpathway.
Caused by error: 
! Can't find R package in GitHub repo cxli233/ggpathway
Type .Last.error to see the more details.

如果大家认真看官网：https://github.com/cxli233/ggpathway

其实也写的明明白白，这是一个教程类型的笔记，并不是一个R包，既然并不是R包，怎么可能期待它能被安装呢？

这是一个教程类型的笔记

在GitHub上发布R包时，需要遵循一定的结构和包含特定的文件。以下是一些必须的文件夹和文件，以及它们的功能：

**R/**：

这个文件夹包含R源代码文件，通常是 .R 或 .S 文件，包含函数的定义。

**man/**：

包含函数的文档（R的帮助文件），通常是 .Rd 文件，描述函数的使用方法和参数。

**data/**：

如果包中包含数据集，它们应该放在这个文件夹中。

**inst/**：

包含安装时需要复制到包的安装目录的额外文件，如示例代码、数据文件等。

**src/**：

如果包包含C、C++或Fortran代码，它们应该放在这个文件夹中。

**tests/**：

包含测试脚本，用于检查包的功能是否正常。

**vignettes/**：

如果包提供教程或额外的用户指南，它们应该放在这个文件夹中。

DESCRIPTION ：

描述包的元数据，包括包名、版本、作者、许可证、依赖关系等。

NAMESPACE ：

定义包中导出的函数和变量。

README.md ：

提供关于包的基本信息，如目的、安装说明和主要功能。

LICENSE 或 LICENCE.txt ：

指定包使用的许可证。

.gitignore ：

指定Git版本控制中忽略的文件和文件夹。

.travis.yml 或其他CI配置文件：

配置持续集成服务，如Travis CI。

codecov.yml ：

配置代码覆盖率跟踪。

cran-comments.md ：

如果提交到CRAN，这个文件包含CRAN检查员的评论和作者的回复。

**pkgdown/**：

如果使用 pkgdown 包来创建包的网站，这个文件夹包含网站生成的配置和资源。

**roxygen2/**：

如果使用 roxygen2 来生成文档，这个文件夹包含注释块。

这些文件和文件夹构成了R包的基本结构，确保包的功能性和可维护性。在发布之前，可以使用 R CMD check 命令来检查包的完整性和一致性。

在GitHub上发布R包，虽然没有严格的规则，但遵循一些最佳实践和社区约定可以使你的包更加规范、易于使用和维护。 以下是一些建议和最佳实践：

命名约定 ：

包名应该简洁、描述性强，并且避免与现有的R包冲突。

描述文件 ：

提供一个 DESCRIPTION 文件，其中包含包的名称、版本、作者、许可证、依赖关系等信息。

版本控制 ：

使用语义化版本控制（Semantic Versioning）来管理包的版本。

代码风格 ：

遵循一致的代码风格，如使用 styler 或 lintr 来格式化代码。

安装不上github的包不一定是网络问题

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