财务风险：资金链断裂与利润损失
税务问题频发，如发票税号错误、税率异常等，可能导致税务申报错误，企业面临巨额补税和罚款。这将使企业资金大量流失，严重时资金链断裂，影响正常运营。例如，因税率计算失误，企业可能需补缴大量税款，同时支付高额罚款，财务状况急剧恶化。
成本核算混乱，发票信息不准确使企业无法准确计算药品采购和销售成本。成本虚高会降低产品利润空间，影响市场定价；成本低估则可能在税务审计时被要求补缴税款，进一步侵蚀利润。
经营风险：供应链中断与业务停滞
供应商发票风险难控，若供应商出现经营异常，如发票虚开、走逃失联，企业将面临进项税额无法抵扣、已入账成本需转出等问题，税负大幅增加。同时，药品供应可能中断，生产和销售环节陷入瘫痪，市场份额被竞争对手抢占。
企业信用受损，发票问题会导致信用评级下降。上下游企业在合作时会更加谨慎，供应商可能减少供货或提高价格，客户可能选择其他信誉良好的企业，企业业务拓展受阻，经营陷入困境。
法律风险：企业与个人面临法律制裁
企业法人和股东承担法律责任，严重的发票违法行为可能触犯刑法，企业法人面临牢狱之灾，股东利益受损，企业甚至可能破产清算。
财务人员职业风险加大，发票管理不善可能使财务人员因失职承担连带责任，面临法律诉讼，职业生涯遭受重创。
市场风险：声誉受损与竞争力下降
行业监管处罚使企业声誉受损，一旦发票违规被曝光，企业将受到监管部门严厉处罚，公众对企业信任度降低，品牌形象受损，患者可能拒绝购买企业产品，市场份额大幅缩水。
在合规竞争中处于劣势，合规经营的企业在市场中更具优势，发票管理不善的企业在招投标、市场准入等方面受到限制，逐渐被市场淘汰。
