上一期我们介绍了用MEGA软件构建进化树（
如何用MEGA作进化树（一）
） ，以及用它对树进行简单的调整及美化，但是图的整体还是比较单调，并且只有进化关系。如果你还想对树做精细调整及添加各种注释信息，那不妨试试iTOL（http://itol.embl.de/）：
这是一款进化树在线展示及注释工具，操作简单，功能强大到令人发指。
像很多分析网页一样，你需要注册并登录账号（点击右上角的Login），才能使用它的功能。
登录后就可以上传树文件species.nwk
（百度云盘下载链接:https://pan.baidu.com/s/1pL0qTqr 密码: 345u），通过点击Upload tree file或者直接拖拽到页面（后面的注释文件同样可以用拖拽的方式直接载入）。可以看到新生成了一个Sample project叫species.nwk，默认以拖入的文件名命名。
点击蓝底的
species.nwk
，就可以看到如下的进化树图，这是默认的形式，你可以通过右侧的Controls的工具窗口对它进行调整，还可以直接点击树枝或者节点调节树枝的颜色，隐藏树枝等等。
这里我们将树调整成圈图，调大了字体并且加粗了树枝。
然后我们可以直接拖入注释信息range.txt，我们这里是用不同颜色来表示不同的物种，同一个颜色就表示这些树枝所代表的物种是属于同一个门，如浅紫色表示这些物种都属于拟杆菌门（Bacteroidetes）。
这里的注释信息是画此图的唯一难点，我们以range.txt为例稍作介绍，无论什么样的注释文件，最终都要保存为纯文本文件，建议用notepad++编辑保存。
我们还可以在此基础上添加表达量或者物种丰度等信息，以下是我们添加了tol_multibar.txt注释信息。可以看到左上角同时多出了Sample name这样的图例。
进一步，我们还可以利用右侧的Controls控制窗口对图形进行调整。最后点击Export选框进行如下设置，将生成的图片进行保存。
以上我们主要介绍了两类注释方式，实际对进化树的注释信息还有好多种，而且可以一次注释多种信息。
iTOL的帮助页面（http://itol.embl.de/help.cgi）提供了example_data.zip可供学习参考。我们可以以他们的注释文件为模板来制作我们期望的注释形式。
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