癌症基因检测样本量不够、失败率高？小Panel检测备受青睐

日前，美国Intermountain Healthcare公司发布了一项名为ICG100 Onco Focus Panel的最新基因检测产品。该产品基于核酸质谱技术，可利用少量组织样本对癌症患者进行五种致癌基因的检测，在个体化治疗的同时，还可显著降低检测失败率。

据悉，该产品所检测的五个基因包括 KRAS、BRAF、NRAS、EGFR和KIT。这些基因突变通常属于肺癌、黑素瘤和结肠癌患者中的常见突变，并且能够作为靶点通过已上市的药物进行靶向治疗。研究人员表示，该panel基于Agena Bioscience公司的MassARRAY系统开发，相比大型的NGS panel，其规模较小，价格更低，所以其更容易获得保险公司的报销。

四年前，Intermountain公司曾开发了一款包括100个基因的panel（ICG100 Comprehensive Cancer Panel），并为IV期癌症转移患者提供基因组分析服务。这家总部位于盐湖城的诊断服务公司最近将该panel的检测范围扩大到了162个与癌症通路相关的基因。

据了解，Intermountain Healthcare公司的基因组测序服务由Intermountain Precision Genomics公司提供。其中心实验室经理David Loughmiller表示，ICG100 Comprehensive Cancer Panel可评估约4,000个SNP、大/小片段插入缺失以及拷贝数变异，但是检测需要约150ng DNA。

相较之下，新上市的这款产品ICG100 Onco Focus Panel可以检测约160个SNP及插入缺失，虽然并不能检测拷贝数变异，但仅需20ng DNA或5000~8000个细胞（其中40%必须为癌细胞）。Loughmiller 说：“长久以来，我们收到的主要为通过介入放射性针刺活检获得的极少量样本，因此我们希望能够减少大型panel使用过程中遇到的样本量不足的状况。”

一直以来，使用大型panel检测时，约有18%的患者存在样本量不足的问题。Loughmiller表示，使用这款定制的小型panel，实验室能够将由样本量不足导致的检测失败率减少80%。他估计，只有3.6%的检测会失败。

“这对于我们非常重要，这样就可以利用少量的样本给患者进行分析。” Loughmiller说，“即使我们无法进行大型panel的检测，但至少能够对我们关注的特定基因得出特定信息。”

众所周知，样本量不足是癌症基因组分析中一直存在的问题。Loughmiller还谈到：“在全美范围内的很多研究中，我都观察到了这一情况。尤其是采用针刺活检的时候，大部分实验室都会观察到20%~30%的检测失败率，因为样本量不足以进行任何测序。”

此外，对于那些评估基于基因组分析能否改善病人预后的研究，样本问题大大延迟了病人招募的进程，进而可以影响很多关注该研究进展的相关领域，例如，医疗服务供应方（医院与诊所）希望通过这样的研究判断以何种频次为他们的癌症患者开展基因组分析检测，而保险公司则希望确定在哪种情况下应该为检测付费。

例如在NCI-MATCH研究中，将患者与生物标志物靶向治疗进行“匹配”时，初期进度缓慢，其部分原因即为样本质量问题。据了解，该研究中使用Thermo Fisher Scientific公司的143基因OncoMine检测。根据最新发表的平台验证数据，这一检测需要20ng基因组DNA样本和10ng RNA样本，能够评估突变热点、单核苷酸变异、插入缺失、拷贝数变异和基因融合。

一年前，NCI-MATCH的研究人员曾报道，参与该项目的实验室正在分析87%的样品，但是其中13%由于DNA或RNA样本量不足或样本中癌细胞太少而无法分析。

之后，研究人员采取了一些措施，如要求所有样本均采用针刺活检，试图提高成功检测率。根据NCI-MATCH主要研究人员近期公布的数据，93%的实验分析样本能够被成功检测，超过了行业内平均80%的检测成功率。

据悉，Intermountain核心实验室还在继续对大型广谱panel和小型热点panel进行优化，以进一步降低检测失败率。Loughmiller提到，他的实验室已经能够将ICG100 Comprehensive Cancer Panel的样本起始量由150ng降低至100ng；目前，ICG100 Onco Focus Panel所需的20ng DNA中，40%必须来自肿瘤细胞，他的实验室也正在尝试将这一比率降低至20%，使其与ASCO等组织的推荐值保持一致。

当然，小型panel不能涵盖某些关键的、能够指导癌症精准治疗策略的生物标志物，例如肺癌患者中ALK和ROS1的基因融合。研究人员表示，对于这两个标志物，可以连同PD-L1表达量一起，利用免疫组化（IHC）进行检测，以指导免疫疗法。对于需要基因组分析但组织样本量较少的患者，ICG100 Onco Focus Panel是一个可靠的选项，根据剩余的样本量，可能还有检测其他生物标志物的机会。

因为检测的基因数较少，所以Intermountain公司能够在两天内得出检测结果，而162基因panel和其他更大的NGS panel报告周期需要整整两周。Loughmiller表示，“这是该panel的又一个亮点。”

虽然Loughmiller 并没有讨论这个新检测的定价，但他估计小型panel检测运行成本仅仅是大型panel的五分之一。他说：“我们预计，联邦医疗保险会报销更高的比例。不一定是更高的总金额，而是与大型panel相比更高的报销比例。”

目前保险公司都不愿为NGS检测付费，因为他们认为检测中包括的大部分基因都缺乏临床依据，仅处于研究阶段。一家名为Diaceutics的医疗科技公司一直在跟踪诊断市场的趋势，其公司CEO Peter Keeling在最近一次访谈中预估，根据他们基于250个实验室和一系列保险索赔事件的数据分析，目前仅有4%的下一代测序检测获得了保险报销。

Loughmiller表示，Intermountain公司目前还没有遇到其他机构出现的类似报销问题，但他也提到，“这对于联邦医疗保险制度（Medicare）仍然是一个挑战。”

联邦医保的外包咨询公司Palmetto去年发布了一项在非小细胞肺癌基因组全面分析中的本地覆盖决策（LCD），以及转移性结直肠癌、转移性黑色素瘤、晚期原发性腹膜癌、晚期输卵管癌和晚期卵巢癌的基因组全面分析相关的LCD草案。

Loughmiller说：“单单与Palmetto协同进行技术评估就不是一件容易的事。”他的实验室目前正在推动ICG100 Comprehensive Cancer Panel和ICG100 Onco Focus Panel通过Palmetto规定的技术评估流程，如果能够满足实验分析、临床有效性和临床实用性的标准，那么这两项检测就可以获得保险覆盖。

参考文献：

Intermountain's Edited Cancer Panel Reducing Rate of Tests Rejected Due to Insufficient Samples

原文链接：

https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/intermountains-edited-cancer-panel-reducing-rate-tests-rejected-due

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