宏基因组学彻底改变了人们对人类微生物组、健康和疾病之间关系的理解，但也产生了无数尚未分配给已知微生物的序列。近几十年来被忽视的原核生物的纯培养对于阐明这些生物的作用仍然是必不可少的。
2016年11月7日，
法国艾克斯-马赛大学（
Aix-Marseille Université
）Didier Raoult团队在
Nature Microbiology
在线发表题为“
Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics
”的研究论文，该研究发现使用培养组学可以培养出与以前未分配的序列相对应的生物体。总的来说，培养组学使至少一次从人类肠道中分离出来的物种数量增加了一倍。
但是，在2024年11月22日，该文章被撤回，主要原因是作者无法提供更多的伦理批准文件。
另外，2016 年 7 月 9 日，法国艾克斯-马赛大学（
Aix-Marseille Université
）的D Raoult作为通讯作者在
CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION
（IF=10.9）杂志在线发表题为
“Tropheryma whipplei associated with diarrhoea in young children”
的研究论文，该研究通过特异性定量实时 PCR 技术检测了腹泻梭菌以及艰难梭菌和十二指肠贾第虫这两种肠道病原体的存在。
但是，在2024 年 7 月 4 日，该文章被撤回，
主要原因是
研究未经相关伦理委员会批准
且有多份知情同意书未签署。
据了解，Didier Raoult 教授是马赛Méditerranée医院感染研究所所长，其研究成果在传染病领域被国际科学界最多引用。
Didier Raoult 在2020年的新冠病毒研究领域也备受争议。
截至到2024年11月25日，由
Didier Raoult领导的15篇文章遭遇撤稿，主要原因是
伦理批准异常及
作者无法提供伦理批准证明等原因。
编辑们撤回了这篇文章。这篇文章引用了法国一个机构伦理委员会的批准，但它也报告了对从其他几个国家收集的个人样本的分析。作者无法提供这些额外国家的适当伦理委员会的批准文件，也无法提供遵守有关在研究中使用这些样本的当地法规的文件。
[1]Tropheryma whipplei associated with diarrhoea in young children，CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION；
[2]Dramatic HIV DNA degradation associated with spontaneous HIV suppression and disease-free outcome in a young seropositive woman following her infection，Scientific Reports；
[3]Culturomics and Amplicon-based Metagenomic Approaches for the Study of Fungal Population in Human Gut Microbiota.Scientific Reports；
[4]Repertoire of the gut microbiota from stomach to colon using culturomics and next-generation sequencing.BMC Microbiology；
[5]Gut Microbiota Alteration is Characterized by a Proteobacteria and Fusobacteria Bloom in Kwashiorkor and a Bacteroidetes Paucity in Marasmus.Scientific Reports；
[6]Increased Gut Redox and Depletion of Anaerobic and Methanogenic Prokaryotes in Severe Acute Malnutrition.Scientific Reports；
[7]Passive Filtration, Rapid Scanning Electron Microscopy, and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry for Treponema Culture and Identification from the Oral Cavity，Journal of Clinical Microbiology；
[8]Detection of a Knockdown Resistance Mutation Associated with Permethrin Resistance in the Body Louse Pediculus humanus corporis by Use of Melting Curve Analysis Genotyping，Journal of Clinical Microbiology；
[9]Clostridium scindens Is Present in the Gut Microbiota during Clostridium difficile Infection: a Metagenomic and Culturomic Analysis，Journal of Clinical Microbiology；
[10]High Prevalence of Mycoplasma faucium DNA in the Human Oropharynx，Journal of Clinical Microbiology；
[11]Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) and Peptide Nucleic Acid Probe-Based FISH for Diagnosis of Q Fever Endocarditis and Vascular Infections，Journal of Clinical Microbiology；
[12]Abnormal weight gain and gut microbiota modifications are side effects of long-term doxycycline and hydroxychloroquine treatment，Antimicrobial Agents and Chemotherapy；
[13]Vitamin D and Prolonged Treatment with Photosensitivity-Associated Antibiotics，Antimicrobial Agents and Chemotherapy；
[14]A toxin-antitoxin module of Salmonella promotes virulence in mice，PLoS Pathog；
[15]Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics,Nature Microbiology;
https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S1198-743X(24)00308-2/fulltext
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