gtf格式的基因注释文件转为bed格式.

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-06-28 23:59

正文

基因注释文件 在基因组分析过程中起这非常重要的参考作用,前面已经讲过一期 gtf文件基本格式及列提取技巧 ,比如根据 gene_name 或 gene_type 提取 某个基因信息 或 全部蛋白编码基因 信息,但gtf文件太大且比较冗余,今天介绍个 将gtf文件转为bed格式 的脚本.

使用格式如下:

perl ./gtf2bed.pl gtf文件 输出文件名

脚本下载地址: https://github.com/kubranarci/gtf2bed

例如: gencode19版本的长非编码RNA的gtf注释文件转bed6格式:

perl ./gtf2bed.pl gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf  a.bed

结果如下:

当然使用 bedtool 的 convert2bed 或 gtf2bed 也是可以的.

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