基因组学---GO注释

之前辉大侠给大家讲过一篇GO分析的文章，今天我来补充一个偏方。同样是GO注释，这次根据不同学习背景的人准备了两个小内容，包括：Blast2Go、Intersproscan。

Blast2GO

该软件适合windows系统进行GO注释，但是不可否认可以安装到linuxx系统，安装之复杂使得我没法进行讲解。我们来看一下windows如何用的吧：

这个软件我5年以前就开始用了，当年用来注释细菌基因，

下载地址

https://www.blast2go.com/blast2go-pro/download-b2g

界面

我们选择windows操作系统下载，64位还是32位自己看：计算机--属性 （肯定有不知道的）

安装

没想到现在还需要activation key, 只要注册就发给你。来，试一把

导入序列

然后run　GO slim

此处告一段落，应该还有好多功能值得进一步开发，我就懒的去注册拿Key了，感兴趣又不习惯linux系统的可以试试。

Interproscan

没听说过Interproscan可以做GO分析吧？Interproscan除了可以做各种注释，真的也可以用来做GO！

来看看，都能做什么注释：

下载地址

http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html

安装

解压

tar -zxvf interproscan-5.24-63.0-64-bit.tar.gz

数据库下载

下载Panther Models到刚解压缩的文件的子目录/data下面

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/panther-data-10.0.tar.gz

tar -zxvf  panther-data-10.0.tar.gz

运行

sh  interproscan.sh -iprlookup -goterms -pa -i speceis.pep

输出格式可以有很多种：

 TSV, XML, GFF3, HTML and SVG.

一般就输出TSV格式

看一下注释多么全面吧

最后两列便是KEGG、GO注释

这样啥都搞定了。

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