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20款经典生物在线工具汇总

弗雷赛斯  · 公众号  · 科研  · 2018-01-02 18:55

正文

做科研要有效率,互联网有很多有用的工具可以被利用,如果你还傻傻埋头干那是太不应该了,今天和大家介绍20款经典的在线工具,了解这些工具对我们的科研有事半功倍的作用。


Promoter Scan

功能:启动子预测

网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

  ORF Finder

功能:ORF预测

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/



NCBI-BLAST

功能:序列比对

网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


          MUSCLE

功能:运行速度比较快的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#


                Clustal Omega

功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/



ClustalW2

功能:应用较广泛的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

   T-Coffee

功能:准确度高,速度慢的多序列比对

网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/

SimiTriX-SimiTetra

功能:多序列比对相似性展示

网址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php


         Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://www.biovenn.nl/index.php

   Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl 

     Venn图

功能:绘制Venn图

网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html


WEGO


功能:绘制GO注释结果图 

网址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

 CIRCOS

功能:绘制圈图

网址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

CIRCexplorer

功能:进行circRNA分析

网址:http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/


iPath

功能:进行可视化通路图在线分析

网址:http://pathways.embl.de/

KEGG

功能:进行基因的代谢通路注释

网址:http://www.kegg.jp/blastkoala/

UCSC
功能:进行基因组可视化
网址:http://genome.ucsc.edu/index.html

IBS

功能:进行序列结构示意图绘制

网址:http://ibs.biocuckoo.org/online.php


RAP

功能:在线分析RNA-seq 

网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/


AUGUSTUS

功能:基因外显子内含子,UTR,注释

网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create


GSDS

功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示

网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/


(本文整理自安诺基因,有更改)


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生信人


生信人成立于2014年,由老祝,鑫仔,helen等组建,他们都来自同一个学校:哈尔滨医科大学,更来自同一个寝室,他们是国内最早一批专攻生物信息学专业的学生,他们希望能最大限度降低跨专业的生信学习门槛,开发一系列零编程的可视化软件,助力医学科研


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