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肺鳞状细胞癌中异常表达的lncRNA的临床作用：基于RNA测序和微阵列数据挖掘的研究，回复170704可下载文献，一月有效。
TCGA数据库中异常表达的肺鳞状细胞癌（LUSC）lncRNA
通过R语言计算每个LncRNA的表达水平。根据计算标准，在LUSC中获得了884个异常表达的lncRNA，包括669个高表达和215个低表达（Fig.1A）。
异常表达的lncRNA进行ROC分析，列出了在ROC曲线下面积（AUC）超过0.95的前75个lncRNAs ，这些lncRNA可能在LUSC的发生中起重要作用，具有LUSC高诊断价值（表1，未列全）。
AUC：Area Under Curve被定义为ROC曲线下的面积，面积值在1.0和0.5之间。ROC曲线下的在AUC>0.5的情况下，AUC越接近于1，说明诊断效果越好。AUC在 0.5～0.7时有较低准确性，AUC在0.7～0.9时有一定准确性，AUC在0.9以上时有较高准确性。
选择前10名异常表达的lncRNA（表2）进一步分析，包括表面活性剂相关1（SFTA1P）、LINC00968、LINC00961、LINC01572、RP1-78O14.1，相邻的非编码发育调节RNA（FENDRR）、LINC01314、LINC01272、GATA6-AS1和MIR3945HG。
LUSC中LINC01572的水平明显高于相对应肿瘤组织。相反，其他9个lncRNA在LUSC组织中均明显下调（Fig.2）。
这10个异常表达的lncRNA显示出具有高诊断价值，将LUSC与非癌性肺组织区分，AUC均大于0.99（Fig.3）。
生存分析显示，SFTA1P、LINC01272、GATA6-AS1、MIR3945HG与LUSC的存活时间显著相关（Fig.4）。
多变量cox分析显示，SFTA1P可能是LUSC的独立预后指标（补充表1）。当关注这10个lncRNA与LUSC进展之间的关系时，有几个lncRNA与LUSC的一些临床数据密切相关（表3，Fig.5）。
特别的，LINC01572和LINC01314的水平可以辨别LUSC患者的早期阶段。从TCGA平台提取FGFR1（成纤维细胞生长因子受体1）的原始数据，FGFR1和10个lncRNA之间存在显著正相关（Fig.6）。
这十个关键lncRNA的共表达基因由WGCNA测定。结果发现：120个基因与SFTA1P共表达；47个基因与LINC01272共表达；46个基因与RP1-78O14.1共表达；18个与LINC00968共表达；8个与 LINC00961共表达；4个与 LINC01314共表达；2个与GATA6-AS1共表达；1个与MIR3945HG。而WGCNA显示：没有基因与FENDRR、LINC01572共表达（Fig.7）。
cBioPortal中OncoPrint显示：501例中有69例（14％）可以获得具有遗传性的改变，（RP1-78O14.1除外，其数据在cBioPortal中不可用）。只有SFTA1P、LINC00968、LINC00961、FENDRR具有遗传改变，包括：扩增，深层缺失和mRNA上调（Fig.8A）。
有趣的是，发生遗传改变的病例与没有改变的患者相比生存较差（Fig.8B）。CBioPortal还提供了这10种lncRNA共存可能性（表4，未列完）。
结果：STA1P共表达基因在溶酶体中最为富集；LINC01272共表达基因在膜成分中最为显著。同时，与RP1-78O14.1共表达的mRNA大多是是肌动球蛋白结构组织。结果（表5）。
此外，还分析了与这几个lncRNA共表达的所有mRNA中富集最多的GO term，显示质膜为最多（表6）。
使用GEO数据验证这8种lncRNA的表达和ROC曲线
从GEO数据集（GSE30219）中筛选，研究这八个lncRNAs在LUSC组织中的表达水平，其中SFTA1P、LINC00968、LINC00961、RP1-78O14.1、FENDRR、LINC01314和LINC01272可以观察到表达显著降低，而GATA6-AS1的表达显著较高（表7）。
8种LncRNAs 的ROC曲线，显示对于LUCS具有良好的诊断价值(Fig.9).
基于LUSC临床样本的验证（通篇文章，唯一正儿八经做的实验）
实时RT-qPCR，检测12个配对临床样品中LINC00968、FENDRR的表达。在这些患者中，LUSC组织的LINC00968平均表达水平明显低于非癌性肺组织（Fig.10A）；LINC00968的AUC 为0.778（P=0.0021，Fig.10B）；
LINC00968和LUSC肿瘤发生之间没有显著相关性（P=0.508，Fig.10C）；
FENDRR表达趋势与LINC00968相似，LUSC组织中FENDRR平均表达水平明显低于非癌性肺组织（P=0.0015，Fig.10D）；FENDRR的AUC为0.882（P=0.0015，Fig.10E）；
FENDRR与LUSC肿瘤发生具有相关性（P=0.031，Fig.10F）。
基于TCGA，22种类型癌症中关键lncRNA表达的进一步分析
基于GEPIA的结果：肺腺癌和直肠腺癌中发现SFTA1P下调，而肾癌细胞中SFTA1P的表达显著上调；
在乳腺癌、肺腺癌和胸腺瘤中发现：与非癌组织相比，这些癌症组织中LINC00968水平显著降低；
与LUSC结果一致，在乳腺癌、肾乳头状细胞癌、肺腺癌中证实了LINC00961的表达较低；
另外几种类型的癌症，包括宫颈鳞状细胞癌、肾癌细胞、肾乳头状细胞癌、肺腺癌也显示RP1-78O14.1表达较低；
此外，膀胱尿路上皮癌、结肠腺癌、肺腺癌、前列腺腺癌、直肠腺癌中FENDRR显著下调。
同时，结果还显示：胆管癌、食管癌、KICH，KIRC，KIRP，LUAD、、、、等等中LINC01314的下调，以及在甲状腺癌中的上调。
尽肺腺癌中发现LINC01272的表达较低，但是CESC，COAD，ESCA，KIRC，KIRP，READ，胃腺癌（STAD）和子宫内膜癌（UCEC）中LINC01272显著上调。
GATA6-AS1可能在几种癌症中起肿瘤抑制作用，包括BLCA、CESC、ESCA、LUAD、嗜铬细胞瘤、PCPG和UCEC等。
然而，MIR3945HG在LUAD中仅显著降低，并且在这22种癌症类型中，癌组织和相应非癌组织之间的LINC01572表达没有显著差异。（源于GEPIA，Fig.11）
通篇文章，更像是高中数学&几何中的推理：
①cBioPortal：http://www.cbioportal.org/网站整合了上百个肿瘤基因组数据，无需注册即可使用，而且还可以直接生成图表；
②WGCNA：基因共表达网络分析
③WTF the GEPIA？http://gepia.cancer-pku.cn/
本篇文章5分Plus，仅有RT-PCR实验。有些＜3分的文章，完全分析无实验。作为小青椒&小大夫，没有经费，晋职称需要；挣科研奖励养家糊口需要；积累申请课题SCI需要。辣么不得不多动动脑子，在大数据时代玩转各种数据库。
