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2025最新转录组客户文章案例分享

基迪奥生物 · 公众号 · · 2025-02-14 18:00

正文

年前，我们为大家分享了很多转录组学项目文章集锦专题，如《基迪奥高分转录组客户文章分享》、《如何利用转录组进行植物抗逆性研究？》、《如何进行植物转录组调控研究？》等，感兴趣可以点击查看。

基迪奥的转录组服务口碑在线，特别是在“转录组+代谢组”、“转录组+单细胞”、“转录组+蛋白组”等联合分析方案的加持下，高分文章更是产出不断！下面分享6篇2025年最新的基迪奥转录组项目文章案例，希望可以给大家提供一些参考。

案例1

转录组、16S揭示肿瘤内多鞘氨醇杆菌通过抑制肿瘤免疫监视促进三阴性乳腺癌进展

英文标题： Intra-tumoral sphingobacterium multivorum promotes triple-negative breast cancer progression by suppressing tumor immunosurveillance

发表期刊： Mol Cancer

发表时间： 2025.01

技术策略： RNA-seq,16S

客户单位： 南方医科大学

影响因子： 27.7

物种样本： 人肿瘤组织

DOI： 10.1186/s12943-024-02202-9

肿瘤内定植细菌是肿瘤微环境(TME)的一个重要组成部分。细菌失调，即细菌组成和细菌代谢活动的失衡，在调节乳腺癌发展和进展中发挥着重要作用。然而，特定肿瘤内定植细菌对肿瘤进展的影响及其潜在机制尚不清楚。本研究使用 16S rDNA 基因测序分析了乳腺癌患者的癌组织和癌旁组织。使用靶向代谢组学对小鼠肿瘤进行代谢物分析。通过转录组学和qPCR测定分析了细菌刺激的肿瘤细胞的差异基因。探究肿瘤内定植细菌与乳腺癌发展和进展之间的关系。确定特定细菌，如 Sphingobacterium multivorum ，对肿瘤进展的影响。阐明 S.multivorum 促进肿瘤进展的潜在机制，探索 S. multivorum 和代谢物在预测免疫治疗疗效中的应用价值。

图1. 乳腺癌患者肿瘤及癌旁组织16S rDNA基因测序分析

案例2

转录组揭示抗氧化水凝胶薄膜在脊髓损伤修复中的应用

英文标题： Hierarchical gelatin-derived hydrogel film with reactive oxygen species scavenging properties for spinal cord injury repair

发表期刊： Chemical Engineering Journal

发表时间： 2025.01

技术策略： RNA-seq

客户单位： 中山大学附属第八医院

影响因子 ： 13.4

物种样本： 大鼠脊髓组织

DOI： 10.1016/j.cej.2024.158134

本研究开发了一种基于明胶的水凝胶薄膜，用于治疗脊髓损伤。该水凝胶薄膜具有分级结构和活性氧清除能力，可以引导神经元的定向生长，减少氧化应激和炎症反应，从而促进脊髓损伤修复和运动功能恢复。本研究分为3个组，SCI组（脊髓损伤模型组）；GelMA组（植入具有级联结构的凝胶明胶水凝胶薄膜的脊髓损伤模型组）；GelMA@SC组（植入具有级联结构和酶修饰的凝胶明胶水凝胶薄膜的脊髓损伤模型组），模型建立后8周，每组取3只大鼠的脊髓组织，进行转录组测序。在SCI组和GelMA@SC组之间，共有2448个DEGs，其中488个基因上调，1917个基因下调。在GelMA组和GelMA@SC组之间，共有1515个DEGs，其中100个基因上调，1415个基因下调。在SCI组和GelMA@SC组中，主要上调的通路包括神经活性配体-受体相互作用、尼古丁成瘾、突触囊泡循环、类固醇生物合成、谷氨酸能突触、胰岛素分泌、钙和cAMP信号通路。

图2. SCI中GelMA@SC的转录组分析

案例3

转录组揭示糖尿病性角膜病变发病机制

英文标题： Novel full-thickness biomimetic corneal model for studying pathogenesis and treatment of diabetic keratopathy

发表期刊： Materials Today Bio

发表时间： 2025.02

技术策略： RNA-seq

客户单位： 中南大学

影响因子： 8.7

物种样本： 人角膜

DOI： 10.1016/j.mtbio.2024.101409

糖尿病性角膜病变是糖尿病的重要并发症，常导致角膜损伤和视力损害。本研究旨在建立一个全层仿生角膜模型，通过转录组学分析，揭示高糖（HG）对全层角膜模型中细胞的影响，识别与DK发病机制相关的关键基因和信号通路。并使用该模型评估枸杞糖肽（LBGP）对HG诱导的角膜损伤的保护作用，验证其在db/db糖尿病小鼠模型中的治疗效果。本研究识别了在多个细胞类型中共同上调和下调的基因，这些基因主要富集在与炎症反应、白细胞趋化、先天免疫反应相关的通路中。构建了差异表达基因的PPI网络，并识别了枢纽基因，其中CCL5作为一个关键枢纽基因，在不同细胞类型中均出现，可能与免疫因素相关。

图3. 汞环境对全层角膜模型的影响

案例4

转录组测序发现羧甲基纤维素诱导 Cryptococcus laurentii 菌提高了葡萄柚抗病性并调节了苯丙烷和活性氧代谢

英文标题： Carboxymethyl cellulose-induced Cryptococcus laurentii improves disease resistance and regulates phenylpropane and reactive oxygen metabolism in grapefruit

发表期刊： Food Chemistry

发表时间： 2025.02

技术策略： RNA-seq

客户单位： 西南林业大学

影响因子： 8.5

物种样本： 酵母

DOI： 10.1016/j.foodchem.2024.141955

绿霉病对柑橘产业构成了重大威胁。隐球菌能刺激果实防御系统，而单独使用拮抗酵母的效果有限。本研究选取与羧甲基纤维素培养的隐球菌（CMC–C. laurentii ）共生的酵母细胞和对照酵母细胞进行转录组测序，每组3个重复。转录组分析表明，在CMC–C. laurentii 培养 72 小时后，与酵母生长和拮抗能力相关的基因表达上调。同时，CMC–C. laurentii 降低了果实的病变直径和发病率。该处理通过激活 PAL、C4H、4CL、POD 和 PPO 并增加次生代谢产物来促进苯丙烷代谢。结果表明 CMC–C. laurentii 通过提高苯丙烷和活性氧代谢，保持了柚子果实采后较高的品质。

图4.转录组分析结果

案例5

转录组揭示了外源IBA对Pb/Zn胁迫下蓖麻幼苗根系形态及代谢的影响

英文标题： Effect of exogenous IBA on root morphology and endogenous hormone Metabolic pathways in castor seedlings under Pb/Zn stress

发表期刊： Plant Physiology and Biochemistry

发表时间： 2025.02

技术策略 ： RNA-seq

客户单位 ：中南林业科技大学

影响因子： 6.1

物种样本： 蓖麻根

DOI： 10.1016/j.plaphy.2024.109365

重金属污染对全球食品安全构成重大威胁，蓖麻因其对重金属胁迫的耐受性和积累能力，被认为是修复重金属污染土壤的潜在植物。然而，重金属胁迫会抑制蓖麻幼苗的根系发育，影响其修复能力。为了阐明重金属胁迫下根系发育受阻的机制，利用转录组探究了不同浓度的外源激素 IBA 对蓖麻幼苗根系形态、内源激素代谢途径的影响，并解析了其分子调控机制。

图5. 吲哚丁酸对根系生长素氧化代谢的影响

案例6

转录组、代谢组揭示40℃温水处理后柿果脱涩的分子机制

2025最新转录组客户文章案例分享

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