粉丝问：
我有个
B
蛋白调控
C
通路，已经做了显著的功能结果，该如何选择上游调控分子
A
呢？
这一
A-B
调控轴
的寻找对于下一步实验，以及国自然科学假说的搭建至关重要，那么我们来进行详细的逻辑阐述，一共分为
3
步：
（一）
第一步：分子
B
表达差异的调控层次确定
（二）
第二步：分子
B
的具体调控机制（
mechanism
）的确定
（三）第三步：基因
B
机制调控的工具分子
A
（
molecule
）的确定
上次我们讲了第二步：
2步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？
，我们今天来讲第三步
第三步：基因
B
机制调控的工具分子
A
（
molecule
）的确定
由于第二步
2步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？
的时候，已经知道了
调控机制
，因此对于上游分子
A
的筛选范围已经非常明朗。
(1)
首先，可以基于
DNA
序列、
RNA
序列或者蛋白质序列等，进行数据库预测上游靶分子。
转录因子预测：
TRANSFAC
数据库（
http://gene-regulation.com/
）、
JASPAR
数据库（
http://jaspar.genereg.net/ cgi-bin/jaspar_db.pl
）、
TFdb
数据库（
http://genome. gsc.riken.jp/TFdb/
）、
TRRD
数据
-http://wwwmgs.bionet.nsc. ru/mgs/gnw/trrd/
、
TRED
数据库
-http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process= home
、
PAZA
数据库（
http://www. pazar.info
）、
EPD
数据库
-http://www.epd.isb-sib.ch/
、
MAPPER
数据库
-http://bio.chip.org/mapper
DNA
甲基化预测数据库：
DiseaseMeth
、
MethyCancer
、
MethSurv
、
SurvivalMeth
、
Pubmeth
、
MethBank
、
iMETHYL
、
EWAS Data Hub
：
DNA
甲基化芯片数据库。
组蛋白修饰数据库：
ChromatinDB
，
Histone Database
，
SysPTM HistoneHits
，
HHMD
：人类组蛋白修饰数据库。
蛋白修饰查询数据库：
qPTM
（
http://qptm.omicsbio.info/
）磷酸化、乙酰化、泛素化、糖基化、甲基化、
SUMOylation
、丁酰化、琥珀酰化、巴豆酰化和羟基异丁基化，还有其他数据库
CPLM
，
dbPAF
，
dbPPT
，
phosSNP
，
PhosphositePlus
，
Phospho.ELM
，
dbPTM
，
PHOSIDA
，
BioGRID
，
HPRD
，
UniProt
，
O-GlycBase
，
PhosphoBase
以及
mUbiSiDa
等
。
泛素化修饰数据库：
iUUCD
数据库、
Ubibrowser
。
RNA
甲基化数据库：
|
数据库
|
介绍
|
物种
|
|
m6A2Target
|
m6A
修饰相关的
writers/erasers/readers
|
Human/Mouse
|
|
m6A-Atlas
|
多种修饰类型、修饰位点、
RBP (RNA-binding protein)
|
Human/Mouse/Rat/Zebrafis miRNA
调控、功能價病、转录因
/Fly/Arabidopsis/Yeast
子、物种间保守性
|
|
RMVar
|
多种修饰类型、
IncRNA/circRNA/miRNA
甲基化关联的
SNP/SNV. RBP
、功能疾病
|
Human/Mouse
|
|
RMBase
|
多种甲基化类型、
SNP/SNV. RBP
、
miRNA
修饰
|
Human/Mouse/Rhesus/Chi mpanzee/Rattus/Pig/Zebrafi sh/A.thaliana/erevisiae/ly/P. aeruginosa/E.coli/S.pombe
|
(2)其次，再
根据测序数据（转录组、蛋白组、单细胞测序），寻找相关功能蛋白分子集，和目标基因表达相关性有关的潜力分子A
例如泛素化、
DNA
甲基化等机制是负性调控，那么你要在测序数据中分析
E3
泛素连接酶家族、
DNA
甲基转移酶中和
B
蛋白具有显著相反相关性的分子A，大概长这样吧。以此类推。
AB
负相关
而转录激活、磷酸化修饰等如果是正向调控的话，那就可以筛选功能分子中和目标基因
B
之间表达呈现正相关的分子A，大概长这样。以此类推。
AB
正相关
(3)
最后嘛，上述两步筛选出来的目标分子
A
，就要进行表达水平检测，功能实验验证了，从而证明
A
能直接调控
B
的表达和后续功能。
湿实验验证
1步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？
2步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？
