皇太极早在一六四四年入关以前,就已经于一六三六年在盛京称帝并立国号为 “大清 ”。或许有人会问:此时明朝不是还没灭亡吗?那么皇太极称帝所依据的合法性为何?其实皇太极最早称帝的合法性依据,并不在于对中原王朝与儒教传统的继承,而是来自蒙古游牧帝国与藏传佛教的正统性。这也是为何皇太极在一六三四年击败成吉思汗的传人察哈尔林丹汗,并从其处获得传说
为大元帝师八思巴所造的大黑天金佛像后,随即于两年内称帝的缘故。而顺治皇帝在一六四四年入主中原后,立即致书邀请五世达赖喇嘛前来北京,而几经鱼雁往返,双方终于一六五二年在北京郊外会晤,模仿元朝忽必烈与八思巴的模式,结成 “施主 ”与“福田 ”关系。由此而言,顺治皇帝可说是充分继承了皇太极时期的内亚政策。
清朝在立国之初的内亚性,尤其是藏传佛教的普世性,也深刻地影响了清朝在内亚世界的整体布局;而满洲人在十七世纪下半叶所遭遇到的两场最大的统治危机,也几乎都与内亚势力有关。首先是一六七三到一六八一年间以吴三桂等人为首的三藩之乱,这场危机看似是明朝残余势力的反扑,然而事实上背后蒙藏势力也参与其中。除了一六七五年林丹汗之孙察哈尔部首领布尔尼趁机反叛,根据蒙藏文史料,吴三桂本人甚至遣使携厚礼沟通五世达赖喇嘛,希望借助其在康区和青海的影响力与清朝相抗衡,然而这个计划最终为清朝所识破。虽然康熙帝本人为此事对五世达赖喇嘛颇有微词,但此事件也随着三藩之乱的平定而告一段落。然而与此同时,在西北崛起的准噶尔蒙古人,也迅速从部落国家扩张为汗国,而其首领噶尔丹更曾接受达赖喇嘛鼎力相助。噶尔丹出身准噶尔贵族,然而因出生不久便被认定为藏传佛教格鲁派温萨活佛转世,自幼在西藏接受严格的寺院教育,并与达赖喇嘛、班禅喇嘛与第悉桑杰嘉措等卫藏政教领袖过从甚密。而噶尔丹与康熙帝对蒙古汗统佛教共主的正统性争夺,直接激化了十七世纪末的清准冲突。根据台北故宫博物院藏满文宫中档,康熙帝当时已经清楚地认识到噶尔丹的活佛背景,并最终拦截到噶尔丹与卫藏政教领袖的往来书信。然而令人玩味的是,作为官书的《清实录》竟称噶尔丹 “迷惑回子之教,坏宗喀巴与达赖喇嘛之法 ”,这很明显是为了否定噶尔丹的佛教正统性而做出的政治宣传。
即使康熙帝最终痛击了准噶尔人,而噶尔丹本人亦于一六九七年亡故,准噶尔的问题仍未彻底平息。十七世纪清朝所面临的统治危机,尤其是准噶尔与西藏问题,使得日后清朝皇帝对于内亚事务莫不留心,而尤以雍正与乾隆二帝为甚。十七世纪后期清准战争之后,清政府开始逐步有意识地发展对准噶尔乃至中亚的情报搜集工作,而位处新疆、西藏与印度之间的拉达克,便成为清朝建构欧亚大陆情报网的重要环节。拉达克与西藏之间的交通往来源远流长,目前最早的文献记录可以追溯至公元九世纪。由于与西藏紧密的地缘关系,十七世纪拉达克地区盛行藏传佛教,而统治阶层对西藏文化及语言也相当熟悉。十七世纪八十年代拉达克与西藏发生战争,由五世达赖喇嘛为首的格鲁派政权在蒙古人的协助下取得胜利,此后拉达克与西藏方面签订和约并保持定期往来。也就是在西藏与拉达克的关系基础上,清朝得以进一步介入拉达克事务并最终将其纳入自身的信息来源。