专家谈数字PCR在液体活检中的应用

作为一名肿瘤科医生，Geoffrey Oxnard博士专攻非小细胞肺癌的治疗。他的临床研究主要是为了改善肺癌的认识和治疗。具体来说，他研究肺癌靶向治疗的获得性耐药、罕见肺癌的靶向治疗，以及非吸烟者的家族性肺癌。近来，他还对血液中的游离DNA进行分析，以便对肺癌进行基因分型。

EGFR和KRAS突变是肺癌中最常见的驱动突变。针对这两个关键基因，Oxnard博士领导的团队利用QX100™ 微滴式数字PCR系统，开发出ddPCR检测。这些检测已被证明是快速且可靠的，为临床研究人员提供了肿瘤内基因异常的快照。这项成果去年发表在《JAMA Oncology》上。

Oxnard博士介绍了检测的整个流程。他们从EDTA抗凝管中取出血液并离心。最好是在采血4小时内，不过迟一点也没关系。他们提取出DNA，并用PCR试剂将其乳化成微滴。每个微滴只携带相当于一个细胞的DNA。每次检测产生2万个微滴，然后开展ddPCR反应。最后在微滴分析仪上读取结果。

对于ddPCR的优势，Oxnard博士表示，如果你正在寻找一个基于PCR的重点检测，那么ddPCR是完美的。它更快速、更便宜，同时也非常可靠。ddPCR是定量的，并且有非常高的灵敏度和特异性。因此它成为血浆游离DNA和肿瘤DNA基因分型的首选分析。

不过，Oxnard博士也指出，高灵敏度也意味着它容易被污染，所以你需要非常干净的操作程序。你还需要清楚对每个患者的样本进行什么样的检测，因为样本量的限制，每个样本大约可以做5次检测。验证新的ddPCR检测很花时间和精力，但由此产生的检测也让实验室受益无穷。

对于未来的肺癌研究，Oxnard博士希望在治疗时对患者进行监控，这个在目前还做得不太理想。某些患者的治疗可彻底清除血浆中的肿瘤DNA，这是一个非常有利的信号。如果患者在治疗后仍然带有可检测的突变，那么这些患者很可能复发并形成耐药性。

他认为，非侵入性的基因分型不仅要在治疗前使用，以便指导治疗，还要在治疗期间使用，以便跟踪治疗效果或疾病进展。目前，这个概念尚未得到全面研究，不过值得进一步的分析。