就在这里，等你来用——微生物扩增子常用数据库

Greengene数据库（官网：http://greengenes.secondgenome.com/）是针对细菌和古菌16S rRNA基因的数据库，该数据库更新较慢，目前版本为2013年5月更新的gg_13_5版本（下载链接：http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5）。由于是人工整理，比较准确。很多科研工作者依然选择使用该数据库。分类层级采用常用的七级界门纲目科属种，方便理解和阅读。同时，QIIME软件默认物种注释数据库也是它。PICRUST分析工具，即根据16S rRNA高通量测序结果预测微生物群落功能的分析，也是基于Greengne数据库开发的。

Silvia数据库（官网：https://www.arb-silva.de/）是一个包含三域微生物（细菌，古菌，真核）rRNA基因序列的综合数据库。其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大亚基rRNA基因序列（简称LSU，即23S和28SrRNA），更新频繁，目前其最新版本为SILVA SSU and SU databases 128（下载链接：https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_128/），更新时间为2016年9月29日。由于是最大最全的数据库，其缺点是假阳性会更高。另一方面，它的物种注释采用的是14层级，且与常用的七级不同，不能转化和比较。现也有在线分析工具—SilvaNGS。

ITS（全称ribosomal internal transcribed spacer，核糖体基因内转录间隔区）是最常用的真菌鉴定及多样性检测的marker基因，Unite数据库（官网：https://unite.ut.ee/）是专门针对真菌ITS序列的数据库。UNITE常作为ITS序列高通量测序后对真菌进行分类注释的比对数据库，目前数据库已经更新到7.2（下载链接：https://unite.ut.ee/repository.php），更新时间为2017年6月8日。