由于生物信息早期最多用的语言是perl，因此不可避免就要用别人的perl脚本或者基于perl的项目来处理数据。其实
NGS测序数据的质量控制 (Quality Control，QC)
里就为了使用prineq讲到了非root的perl模块安装方法。
使用perl脚本和使用其他编程语言的脚本没啥不同，毕竟你只要传入参数，它就能给你结果。因此对于我们这些不用perl写脚本，只想调用的人而言，唯一要学会的事情就是
如何安装perl的模块
”。
关于perl模块安装，最古老的方法就是使用
perl
-
MCPAN
-
e shell
或者是
cpan
（两者等价），这也是我最先接触的方法，这里介绍如何使用
local
::
lib
和
cpanm
实现非root权限安装perl模块。
安装任何软件最怕遇到的问题就是权限问题，因此我们需要先安装
local
::
lib
，使得我们能够将perl模块安装到任何地方，简单的说就是安装到我们的家目录下
第一步，下载源代码进行编译安装
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz
tar xf local-lib-2.000024.tar.gz
cd local-lib-2.000024
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install
第二步：
设置环境变量
，使得perl在安装模块的时候会优先使用我们指定的路径
echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc
先用
perl
-
I$HOME
/
opt
/
lib
/
perl5
-
Mlocal
::
lib
=
$HOME
/
opt
表示运行前先添加
$HOME
/
opt
/
lib
/
perl5
到自己的搜索路径
@INC
中，然后传入参数
$HOME
/
opt
执行模块
local
::
lob
，这个模块的执行结果会输出如下内容
Attempting to create directory /home6/wangjw/opt
PATH="/home/zgxu/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
PERL5LIB="/home/zgxu/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/zgxu/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/zgxu/opt"; export PERL_MM_OPT;
这些就作为
eval
的参数进行执行，也就是说你重启终端后后，
PERL5LIB
PERL_LOCAL_LIB_ROOT
,
PERL_MB_OPT
,
PERL_MM_OPT
这几个变量就会重新设置，以此保证你后续安装perl模块时，会优先安装到自己的选择的目录
第三步：安装cpam. 由于之前已经配置了
local
::
lib
，因此perl编译的工具都会默认安装到
~/
opt
目录下
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz
cd
App-cpanminus-1.7043
perl Makefile.PL
make test && make install
第四步：使用国内镜像提高下载速度，可以通过别名的方式实现
echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc
之后便可以使用
cpanm
Module
::
Name
安装任意的软件了。
自己编译Perl的好处就在于之后的perl模块都会安装到自己的Perl目录下，而不会对系统造成影响。
cd ~/src
wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz
tar xf perl-5.26.1.tar.gz
cd perl-5.26.1
./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1
make test
make install
然后用
perl
-
e
'{print "$_\n" foreach @INC}'
会发现perl只会在自己的目录
~
/opt/
sysoft
/
perl
-
5.26
.
1
下查找模块。那么使用
cpanm
Module
::
Name
安装的任何包都只会安装到
~
/opt/
sysoft
/
perl
-
5.26
.
1
下，你也不需要安装
local
::
lib
了
参考资料
perl模块安装大全
: 这篇文章基本上介绍了perl模块的安装的所有可能方法，非常全面，如果我这一篇文章解决不了你的问题，那么就需要看Jimmy写的啦
