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“生信零代码”时代已来:Cell的分析照样零基础做

科研者之家  · 公众号  ·  · 2024-04-24 21:40

正文

作为科研者,如果你到现在还不知道 生物信息学 ,那真的太out了,生信有多火? 拿最有名的数据库TCGA( Cancer Genome Atlas )来说, 目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量。


在pubmed中随便搜一个TCGA,就可以发现近年来相关文献发表量在成指数级增长。



这其中,一部分是利用TCGA数据库发表的纯生信文章,比如 2018年4月 发表在Cell上的一篇 Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations ”。



也有很多利用TCGA数据库的图片给文章增色的, 比如 2019年3月4,耶鲁大学 陈列平 教授团队在 Nature Medicine 上发表题为 Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy 的文章,里面就利用TCGA数据库分析了Siglec-15 和T cell signature genes (CD3E, IFNG, GZMA and GZMB) 在膀胱癌中的关系。



而这些都不需要额外的湿实验,大大提高了临床医生的科研效率。这也是生信之所以火的原因了。


但你可能要问,如果不会R语言,不会代码,怎么利用利用生信来提高科研效率呢?


或许参加过好几千一次的培训班,但结果就是,课堂上什么都会,一回去自己弄马上就被各种 报错 打败,自学视频,同样是困难重重。



科研界一直需要一个功能强大,不需要代码,可视化分析工具。


科研者之家(Home for Researchers) 上有一个生信零代码版块:


已经有数十种分析模块,整合了 TCGA,GEO,Target,ICGC,CCL E五大公共数据库的样本数据, 可以直接拿来用


平台是由几个临床医生联合生信大拿一起搭建,界面极其简介。


比如在TCGA模块, 界面极其简介,左侧栏是TCGA上所有33种肿瘤类型,之后第二期会纳入非肿瘤的疾病。 顶部是各种分析模块。 首页特别注明了,所有数据均由R v4.0.3分析完成, 意思就是说在平台上分析的结果和拿R语言敲代码分析的结果是完全一样的,这就太爽了。








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