实测！ONT测序平台迎来准确度+产量的双重升级

BioArt植物 · 公众号 · · 2021-01-04 20:20

正文

ONT 测序（ Oxford Nanopore Technologies ，简称 ONT ）是新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术。自从 2017 年 3 月开启第一个 ONT 平台研发立项以来，百迈客不断探索与前进，一路披荆斩棘，经过近四年时间的沉淀与磨砺，现已成绩斐然。

近日， ONT 官方再次更新 PromethION 测序芯片，该芯片将有效提升单 cell 测序产量，为更快速获得更多数据提供可能（详情点击：【 NCM 2020 大会快讯】 99.1 ％单序列准确度， PromethION 测序 10 Tb 数据新记录，更多详细内容请看NCM2020大会视频： https://v.qq.com/x/page/q3210vougvi.html ）。 2020 年 12 月 25 日，国内首批全新测序芯片成功抵达百迈客青岛分公司，在快马加鞭下现已成功完成抢鲜测试。接下来将由小编带领大家看看 ONT 最新更新后的实际效果吧！

关于产量

三代测序仪以其超长读长的优势，在基因组学中备受青睐。 Nanopore 平台借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测，从而实现测序。因 Nanopore 测序读长更长且通量高的特点，近几年在基因组组装应用中崭露头角。

百迈客全新 R9 芯片单 cell 数据量由之前的 97Gb 提升至 178 Gb ，产量提升近 2 倍。 R10 芯片单 cell 数据量也达到了 80 Gb 。更长的读长，更高的产量将使得高重复大基因组更易被解析。

表 1 同一样品不同芯片对比产出情况（ Denovo 30Kb 文库）

表 2 不同样品及试剂盒产出情况统计

关于质量值

本次更新不仅是有了量的突破，同时也有了质的飞跃， Oxford Nanopore 近期发布了一款名为 Bonito CRF 的新算法，基于大数据进行准确度训练，可有效提高对单条读长序列识别（在 DNA 单分子上确定碱基序列过程）的准确性。通过与最常用的 basecalling 软件比对可以发现， Bonito 可以有效提升序列识别的准确性，使得高准确性基因组组装成为可能。