昨天讲PubMed搜索,看到有人来回复说:
其实看文献很有用的啊,能给你找到很多别人在用的科研工具。
那天有个临床的大夫来问我,是不是能照这个模式来弄临床相关的蚊帐?我说被褥也行啊……啥模式呢?于是他给了我一篇文献:
这篇文献发表在2.783分的杂志上的,全部内容就是讲一个基因的甲基化在调控胶质瘤上的作用,通过TCGA上数据的挖掘,做了生存曲线:
然后还做了甲基化的数据挖掘:
用这些来验证了这个基因的作用,其实就是根本没做实验,全是挖掘出来的数据。用到两个工具,其中一个我们讲过,就是谢娜(
不知道的点
这
里
):
这个是可以浏览TCGA数据的,数据内容包括甲基化等等……当然,还用了个简单的网页版R语言工具……这工具我们没讲过,但确实还挺逆天的,比如,可以分析TCGA和芯片中的差异基因表达:
然后还能顺便做个热图:
当然,还能分析差异基因在不同分组中的表达箱状图……
也能简单地分析基因表达的生存曲线:
具体的下次再给你们讲吧,这工具的说明书都有200多页……害怕……
李莫愁博士:
功能再强大的挖掘工具,没有实验打配合,也只能发不到3分,如果有了实验作为辅助验证,那上五分应该不是梦吧。下次具体给你们讲讲这工具吧,回复“
逆天工具
”就给你这个软件的网址,是线上的哦。好了,今天就先策到这里吧。
我的论文重复率这么高,到底要如何整?
简洁到爆的PubMed搜索,真的能知道
你大概不知道PubMed用法:如何搜临床文献?
如何搜Pubmed时让低分文章走开!(2017新版)
那些年我们在构建载体的路上遇到的
没有课题?几个生物信息网站来帮你
PCR有问题,其实还是吃了文化的亏……