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看看文献都能找到神器

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2017-09-14 09:27

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昨天讲PubMed搜索,看到有人来回复说:



其实看文献很有用的啊,能给你找到很多别人在用的科研工具。


那天有个临床的大夫来问我,是不是能照这个模式来弄临床相关的蚊帐?我说被褥也行啊……啥模式呢?于是他给了我一篇文献:



这篇文献发表在2.783分的杂志上的,全部内容就是讲一个基因的甲基化在调控胶质瘤上的作用,通过TCGA上数据的挖掘,做了生存曲线:



然后还做了甲基化的数据挖掘:



用这些来验证了这个基因的作用,其实就是根本没做实验,全是挖掘出来的数据。用到两个工具,其中一个我们讲过,就是谢娜( 不知道的点 ):



这个是可以浏览TCGA数据的,数据内容包括甲基化等等……当然,还用了个简单的网页版R语言工具……这工具我们没讲过,但确实还挺逆天的,比如,可以分析TCGA和芯片中的差异基因表达:



然后还能顺便做个热图:



当然,还能分析差异基因在不同分组中的表达箱状图……



也能简单地分析基因表达的生存曲线:



具体的下次再给你们讲吧,这工具的说明书都有200多页……害怕……

华丽丽的分割线


李莫愁博士: 功能再强大的挖掘工具,没有实验打配合,也只能发不到3分,如果有了实验作为辅助验证,那上五分应该不是梦吧。下次具体给你们讲讲这工具吧,回复“ 逆天工具 ”就给你这个软件的网址,是线上的哦。好了,今天就先策到这里吧。


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