旋转,跳跃~馆长登场!虽是九月,但台风“摩羯”已过境,广东、海南的朋友们还好吗。最近孟德尔随机化的文章也是来势汹汹,纯生信高分频发,今天馆长就给大家带来一篇由南方医科大学珠江医院团队带来
的“双向MR+
UKBan
k
数据库”
文章,五图纯生信,9+SCI信手拈来!(
插播一句题外话,馆长在作者团队中赫然发现一所中学,难道学术的风已经吹到高中生了吗
)
在MR如此火热的今天,本文究竟是如何合理将双向MR与UKBank前瞻性队列进行结合,成功以纯生信拿下这篇高分文章的呢?它与其它的纯生信文章相比,究竟有哪些“过人之处”呢?就让馆长来带大家好好分析一下吧:
1、CMV与神经退行性疾病的关联研究
:文章聚焦于探索巨细胞病毒(CMV)感染与五种神经退行性疾病之间的潜在联系,
这是一个相对较
新的研
究领域
。
2、
利用大规模前瞻性队列数据
:研究使用了UK Biobank的大规模前瞻性队列数据,
前瞻性队列研究能够提供更准确的因果推断,而大规模样
本增
加了研究的统计能力。
3、多因素分析
:研究不仅考虑了CMV感染状态,还结合了多种潜在的混杂因素(如年龄、性别、社会经济状态、慢性疾病等)进行综合分析,
神经退行性疾病受多种因素影响,多因素分析有助于揭示CMV与其他因素的交互作用
。
(PS:孟德尔随机化
作为目前大火的工
具之一,馆长这里有
超多
高分思路与新颖的选题方向,赶快扫码联系馆长一起学习吧!迫不及待发高分啦!)
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题目
:巨细胞病毒感染与神经退行性疾病之间的关联:利用英国生物库数据进行的前瞻性队列研究
杂志
:
eClinicalMedicine
影响因子
:IF=9.6
发表时间
:2024年07月25日
后台回复“
666
”获取原文献,编号20240914
研究背景
越来越多的证据显示病毒感染可能与神经退行性疾病的发展有关,并通过加剧神经炎症和促进特定脑区神经元的凋亡来发挥作用。鉴于此,研究者利用UKBank的数据,采用MR等遗传学方法来探究CMV感染与这些疾病之间的因果关系,以期为理解其潜在的病理机制和开发预防策略提供科学依据。
研究思路
研究者通过使用UKBank的大规模前瞻性队列数据,运用Cox比例风险模型和双向MR分析,评估了CMV感染与五种神经退行性疾病之间的关联,并特别关注了性别差异对这些关联的影响,以探讨CMV感染状态与神经退行性疾病风险之间的因果关系。以下为研究流程图:
数据来源
研究包括了8346名白人英国个体,样本中,4620名为女性(占55.4%),3726名为男性(占44.6%),根据CMV感染状态,样本分为CMV血清阳性和CMV血清阴性两组。
主要结果
1.
巨细胞病毒感染与帕金森病发病风险的关系
通过
Cox回归分析
发现
CMV感染与大多数神经退行性疾病风险无关
,但与PD风险相关,特别是CMV血清阴性或CMV pp52水平较低的个体PD风险增加(模型1和2)。CMV pp28和pp150与PD风险无显著关联。RCS分析显示CMV抗体滴度与PD风险无非线性关系(图2A–C)。高CMV抗体滴度个体PD发病率较低(图2D–F)。
竞争风险模型
表明死亡可能阻止PD发生,CMV感染在排除死亡竞争风险后对PD的保护作用增强
,
男性CMV血清阴性与PD风险增加显著相关
,而女性则无此关联。
低CMV抗体滴度的男性PD风险更高
(图3)。
图2 RCS评估CMV感染与帕金森病之间的非线性关系
图3 PD的HR是根据不同的CMV滴度(Q1-Q4)按性别分层
2.
利用GWAS分析确定了一个重要的人巨细胞病毒SNP
研究者利用
GWAS
在UKBank数据中识别出与人类CMV显著相关的SNP(图4),该SNP与SHISA9基因相关,该基因编码的蛋白预测位于突触中的AMPA谷氨酸受体复合体。
MAGMA分析
显示(图5),与CMV最显著的10个富集途径包括pid myc抑制途径和谷氨酸门控钙离子通道活性途径。
组织特异性分析
揭示了大脑和颈脊髓与PD发病的关联,位居第12位。
图4 全基因组关联研究
图5 SNPs的全基因组MAGMA分析
3.
MR分析
研究者通过
MR分析
,使用工具变量rs2051738探究了CMV与PD之间的因果关系。结果表明CMV感染与PD风险降低无关,表明
CMV感染与PD之间没有遗传因果关系
。这一发现在不同阈值下保持一致。
敏感性分析
和
MR-PRESSO分析
也未发现CMV与PD之间的水平多效性。
反向MR分析
同样未发现CMV与PD之间的遗传因果效应(图6)。