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什么本科生科研都弱爆了,学术的风已经吹到高中生了!码住这个双向MR+UKBank纯生信套路,9+TOP也信手拈来,学到即赚到

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-09-14 19:00

正文

旋转,跳跃~馆长登场!虽是九月,但台风“摩羯”已过境,广东、海南的朋友们还好吗。最近孟德尔随机化的文章也是来势汹汹,纯生信高分频发,今天馆长就给大家带来一篇由南方医科大学珠江医院团队带来 的“双向MR+ UKBan k 数据库” 文章,五图纯生信,9+SCI信手拈来!( 插播一句题外话,馆长在作者团队中赫然发现一所中学,难道学术的风已经吹到高中生了吗

在MR如此火热的今天,本文究竟是如何合理将双向MR与UKBank前瞻性队列进行结合,成功以纯生信拿下这篇高分文章的呢?它与其它的纯生信文章相比,究竟有哪些“过人之处”呢?就让馆长来带大家好好分析一下吧:

1、CMV与神经退行性疾病的关联研究 :文章聚焦于探索巨细胞病毒(CMV)感染与五种神经退行性疾病之间的潜在联系, 这是一个相对较 新的研 究领域

2、 利用大规模前瞻性队列数据 :研究使用了UK Biobank的大规模前瞻性队列数据, 前瞻性队列研究能够提供更准确的因果推断,而大规模样 本增 加了研究的统计能力。

3、多因素分析 :研究不仅考虑了CMV感染状态,还结合了多种潜在的混杂因素(如年龄、性别、社会经济状态、慢性疾病等)进行综合分析, 神经退行性疾病受多种因素影响,多因素分析有助于揭示CMV与其他因素的交互作用

(PS:孟德尔随机化 作为目前大火的工 具之一,馆长这里有 超多 高分思路与新颖的选题方向,赶快扫码联系馆长一起学习吧!迫不及待发高分啦!)

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题目 :巨细胞病毒感染与神经退行性疾病之间的关联:利用英国生物库数据进行的前瞻性队列研究

杂志 eClinicalMedicine

影响因子 :IF=9.6

发表时间 :2024年07月25日

后台回复“ 666 ”获取原文献,编号20240914

研究背景

越来越多的证据显示病毒感染可能与神经退行性疾病的发展有关,并通过加剧神经炎症和促进特定脑区神经元的凋亡来发挥作用。鉴于此,研究者利用UKBank的数据,采用MR等遗传学方法来探究CMV感染与这些疾病之间的因果关系,以期为理解其潜在的病理机制和开发预防策略提供科学依据。

研究思路

研究者通过使用UKBank的大规模前瞻性队列数据,运用Cox比例风险模型和双向MR分析,评估了CMV感染与五种神经退行性疾病之间的关联,并特别关注了性别差异对这些关联的影响,以探讨CMV感染状态与神经退行性疾病风险之间的因果关系。以下为研究流程图:

数据来源

研究包括了8346名白人英国个体,样本中,4620名为女性(占55.4%),3726名为男性(占44.6%),根据CMV感染状态,样本分为CMV血清阳性和CMV血清阴性两组。

主要结果

1. 巨细胞病毒感染与帕金森病发病风险的关系

通过 Cox回归分析 发现 CMV感染与大多数神经退行性疾病风险无关 ,但与PD风险相关,特别是CMV血清阴性或CMV pp52水平较低的个体PD风险增加(模型1和2)。CMV pp28和pp150与PD风险无显著关联。RCS分析显示CMV抗体滴度与PD风险无非线性关系(图2A–C)。高CMV抗体滴度个体PD发病率较低(图2D–F)。 竞争风险模型 表明死亡可能阻止PD发生,CMV感染在排除死亡竞争风险后对PD的保护作用增强 男性CMV血清阴性与PD风险增加显著相关 ,而女性则无此关联。 低CMV抗体滴度的男性PD风险更高 (图3)。

图2 RCS评估CMV感染与帕金森病之间的非线性关系

图3 PD的HR是根据不同的CMV滴度(Q1-Q4)按性别分层

2. 利用GWAS分析确定了一个重要的人巨细胞病毒SNP

研究者利用 GWAS 在UKBank数据中识别出与人类CMV显著相关的SNP(图4),该SNP与SHISA9基因相关,该基因编码的蛋白预测位于突触中的AMPA谷氨酸受体复合体。 MAGMA分析 显示(图5),与CMV最显著的10个富集途径包括pid myc抑制途径和谷氨酸门控钙离子通道活性途径。 组织特异性分析 揭示了大脑和颈脊髓与PD发病的关联,位居第12位。

图4 全基因组关联研究

图5 SNPs的全基因组MAGMA分析

3. MR分析

研究者通过 MR分析 ,使用工具变量rs2051738探究了CMV与PD之间的因果关系。结果表明CMV感染与PD风险降低无关,表明 CMV感染与PD之间没有遗传因果关系 。这一发现在不同阈值下保持一致。 敏感性分析 MR-PRESSO分析 也未发现CMV与PD之间的水平多效性。 反向MR分析 同样未发现CMV与PD之间的遗传因果效应(图6)。







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