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RT-PCR、qPCR、Real-time PCR...迷之概念,傻傻的分不清楚?

解螺旋  · 公众号  · 医学  · 2017-03-30 17:59

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Discussion写作模板 | SCI作图 | qPCR曲线 | 自噬相关mTOR信号 | ELISA实验

作者:子非鱼(转载请注:解螺旋·医生科研助手)


说起PCR,不少人都知道它在寻疑追踪上是把好手,它能快速识破DNA的隐形伪装,让其在科研者面前无所遁形。因而,在科研打怪升级的路上,它可是一个必不可少的装备之一。即便如此,要想真正将该装备应用的得心应手,仍不是一件简单的事儿。总归是需要对PCR进行全方面的细致了解,毕竟知己知彼百战不殆嘛。

PCR,学名聚合酶链反应,心灵手巧的它最擅长做的就是织围巾将DNA分子套牢。换言之,就是在织围巾(PCR)的过程中,将几个元素织样(模板)、起针(引物对)、毛线(dNTP)和针(Taq酶以及缓冲液体系)串起来,让DNA分子无处可逃。

首先,在高温(95℃)时将织样拆解开(DNA双链解链),而后将已经织好的起针与织样相匹配(退火将已合成的引物与单链模板相结合),按照织样(模板),沿着起针(引物)用毛衣针(Taq酶)将毛线(dNTP)一针针连接上去(72℃延伸扩增)。

接着,通过对所有织样(包括原先的模板及新形成的模板)的拆解(解链)及新的起针(引物)搭配(结合)、编织(Taq酶扩增)这样循环n次后,围巾的数量就以2的n次方(产物量就以2的n次方)增多了。如此,狡猾的DNA分子就只能在不断重复的热变形—复性—延伸的过程中束手就擒了。


肿么样?!看起来是不是很简单呢?!可是仍有不少"脸盲患者"的生物狗表示对所谓的RT-PCR、qPCR、Real-time PCR、Realtime RT-PCR傻傻分不清,时常会犯迷糊。此时不要方,本文则将吹散PCR那团阴霾,让你拨开云雾见月明!

RT-PCR(特指反转录PCR)作为PCR的一种变形反应,通常会先将RNA逆转录为DNA,再依此通过PCR进行扩增,该法只能定性却不能定量。要论定量,在PCR领域中,qRCR称第二,谁又敢称第一呢!目前在科研界中将Real-time PCR缩写为 qPCR(quantitative real-time PCR),也成为一种约定俗称的事。

显而易见,real-time RT-PCR指的就是qPCR+RT-PCR的组合,即将 mRNA/总RNA 逆转录为 cDNA 后再作为模板进行实时荧光 PCR 分析。这一重磅组合常会与RNA-seq、芯片筛选等大腕明星强强联手,并在此后涅槃重生为发表高分文章的一块重要奠基石。

那么究竟qPCR身负何等绝技,引得一众科研者如此看重呢?其实相比于PCR简单织件"围巾",qPCR因天生自带荧光(荧光染料嵌合法—SYBR Green I和荧光探针法—Taqman探针),可将这件围巾瞬间美化为"荧光衣",使得荧光与DNA产物数目成正比,且与DNA初始量有一定相关性。



因此只需通过机器收集荧光量就能知道DNA初始量,那么以下三条曲线可谓是在DNA定量领域形成了三足鼎立之势:

1)扩增曲线


2)熔解曲线


3)标准曲线