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不是生信文章不好发,而是你做得太简单了

生信狂人团队  · 公众号  ·  · 2024-11-18 10:13

正文

请到「今天看啥」查看全文


之前的纯生信分析随便到GEO数据库上下载一些数据,做一下差异分析、GO\KEGG\PPI分析就可以发文章了,由于大家都会 了,后面不好发了,大家又搞起了预测模型,随着文章不断增加,这些预测模型的文章也发不出去了,一直烂在自己手上。 现在还有很多人手上有一堆生信文章发不出去,特别是纯生信分析文章。

纯生信文章还有补救的办法吗? 肯定有的,直接补实验,可能大家都是想到这个办法,不过补实验需要科研经费的, 但是很多临床医生、医学研究生没有经费,没有办法补任何实验,这种情况还有办法补救吗? 肯定是有的,我们将我们的差异基因直接联合eQTL、pQTL分析,锁定一个比较新的基因,也就是没有什么人研究功能、作用机制的基因, 然后探索该基因的上下游作用机制,这样就会得到一个完成的故事,看完这个故事的框架你就清楚了。


一个完整的故事如下:


A 调控 基因B / C 促进或抑制 结局D 的发生


故事的开始于你的生信分析,具体详情请看下面的 故事情节拆分:

1、筛选基因B
2、确定基因B与结局D的关系(促进还是抑制?)
3、探索调控基因B的上游A(基因B的表达受什么调控?)
4、探索基因B下游的C(基因B通过什么来影响结局?)
如何筛选基因B?一般大家都是想到生信数据挖掘, 也就是你纯生信分析里面的内容,这里你可以节省了很多时间, 如果没有差异基因的话,就要重新做一下差异分析。如果有钱的话,可以直接测序吧,或者用基础实验也行,我们这里就是使用生信数据挖掘来筛选差异基因。
下载结局D的芯片数据或者测序数据(这里结局就是你要研究的疾病)

差异分析,筛选差异基因


故事的发展
确定基因B与结局D的关系(促进还是抑制?)
这里是我们使用不用花钱的eQTL\pQTL分析,确定目标基因,如果条件比较好的同学可以考虑补功能实验也行。
eQTL\pQTL分析

经过eQTL、pQTL数据分析、文献检索锁定了下调基因FBLN5 ,也就是 基因FBLN5会抑制结局D的发生,因为另外一个上调基因被别人研究过了,所以我们这里只好选择 FBLN5进行上下游作用机制的研究。

故事的重头戏(上游机制)
探索调控基因B( FBLN5 )的上游A( FBLN5的表达受什么调控?
我们这里使用不用花钱的QTL中介分析 ,如果你有钱的话可以考虑补基础实验也行。

同样的道理, 我们可以使用 不用花钱的QTL中介分析 ,探索 探索基因B下游的C( FBLN5 通过什么来影响结局D?)

基于你的生信分析结果,结合eQTL、pQTL、QTL中介分析,我们可以得到了一个看起来非常高大上的标题或者结论:

DNA甲基化 调控 FBLN5 / 免疫细胞 抑制 结局D 的发生


一篇有深度的SCI论文 就有了,同时上面的标题可以直接作为 博士论文、国自然基金的前期研究基础 ,这些高大上的分析既 可以挽救你的纯生信文章 ,同时帮你连博士论文或者国自然课题前期基础都弄得差不多了。


只要你文章是上面这种标题,一般期刊都不然轻易秒拒, 如果你补了一点功能实验的文章,更应该加上这些高大上的分析。


本文只分享思路,剩下的分析细节问题需要大家自己摸索!

这里涉及到的数据比较多,分析步骤也比较多,对编程要求比较高,一般很多小白是没有办法处理的 ,不过没有关系,我们团队已经整理好了相关的代码和分析流程 ,录制了视频手把手教大家将eQTL、pQTL数据挖掘与基础实验联系一起, 整理成了我们的152门课程《基因表达-功能-机制超级混合分析 ,VIP会员可以直接免费学习, 遇到问题直接找老师帮忙解答 快速抢发高分SCI论文!

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