之前的纯生信分析随便到GEO数据库上下载一些数据,做一下差异分析、GO\KEGG\PPI分析就可以发文章了,由于大家都会 了,后面不好发了,大家又搞起了预测模型,随着文章不断增加,这些预测模型的文章也发不出去了,一直烂在自己手上。
现在还有很多人手上有一堆生信文章发不出去,特别是纯生信分析文章。
纯生信文章还有补救的办法吗?
肯定有的,直接补实验,可能大家都是想到这个办法,不过补实验需要科研经费的,
但是很多临床医生、医学研究生没有经费,没有办法补任何实验,这种情况还有办法补救吗?
肯定是有的,我们将我们的差异基因直接联合eQTL、pQTL分析,锁定一个比较新的基因,也就是没有什么人研究功能、作用机制的基因,
然后探索该基因的上下游作用机制,这样就会得到一个完成的故事,看完这个故事的框架你就清楚了。
一个完整的故事如下:
A
调控
基因B
/
C
促进或抑制
结局D
的发生
故事的开始于你的生信分析,具体详情请看下面的
故事情节拆分:
3、探索调控基因B的上游A(基因B的表达受什么调控?)
4、探索基因B下游的C(基因B通过什么来影响结局?)
如何筛选基因B?一般大家都是想到生信数据挖掘,
也就是你纯生信分析里面的内容,这里你可以节省了很多时间,
如果没有差异基因的话,就要重新做一下差异分析。如果有钱的话,可以直接测序吧,或者用基础实验也行,我们这里就是使用生信数据挖掘来筛选差异基因。
下载结局D的芯片数据或者测序数据(这里结局就是你要研究的疾病)
这里是我们使用不用花钱的eQTL\pQTL分析,确定目标基因,如果条件比较好的同学可以考虑补功能实验也行。
经过eQTL、pQTL数据分析、文献检索锁定了下调基因FBLN5
,也就是
基因FBLN5会抑制结局D的发生,因为另外一个上调基因被别人研究过了,所以我们这里只好选择
FBLN5进行上下游作用机制的研究。
探索调控基因B(
FBLN5
)的上游A(
FBLN5的表达受什么调控?
)
我们这里使用不用花钱的QTL中介分析
,如果你有钱的话可以考虑补基础实验也行。
同样的道理,
我们可以使用
不用花钱的QTL中介分析
,探索
探索基因B下游的C(
FBLN5
通过什么来影响结局D?)
基于你的生信分析结果,结合eQTL、pQTL、QTL中介分析,我们可以得到了一个看起来非常高大上的标题或者结论:
DNA甲基化
调控
FBLN5
/
免疫细胞
抑制
结局D
的发生
一篇有深度的SCI论文
就有了,同时上面的标题可以直接作为
博士论文、国自然基金的前期研究基础
,这些高大上的分析既
可以挽救你的纯生信文章
,同时帮你连博士论文或者国自然课题前期基础都弄得差不多了。
只要你文章是上面这种标题,一般期刊都不然轻易秒拒,
如果你补了一点功能实验的文章,更应该加上这些高大上的分析。
本文只分享思路,剩下的分析细节问题需要大家自己摸索!
这里涉及到的数据比较多,分析步骤也比较多,对编程要求比较高,一般很多小白是没有办法处理的
,不过没有关系,我们团队已经整理好了相关的代码和分析流程
,录制了视频手把手教大家将eQTL、pQTL数据挖掘与基础实验联系一起,
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