10+的文章也能套路化了？！看多了好像都差不多……

小张聊科研 · 公众号 · 科研 · 2025-02-26 20:00

正文

大家看文献多了后就会总结出一些发文章的套路，好像现在很多文章都是这个结构： “工具分子” + “功能分子” + “表型热点” 。

下面就展开说一下：

1. 工具分子

工具分子最好是比较新的分子热点 ，比如 mRNA 的修饰酶 ，比如 Ac4C 的修饰酶 NAT10 等、 m7G 的修饰酶 METTL1 等， m7G 的修饰酶 NSUN2 等；当然也不局限于 RNA 修饰，蛋白修饰酶也可以，比如蛋白棕榈酰化修饰酶 ZDHHC7 等、蛋白 SUMO 化修饰酶 SENP1 等；也可以向上游拓展，比如组蛋白的乳酸化、泛素化修饰，同样的道理也可以找到对应的酶，这样的话逻辑链条就多了一个环节： 组蛋白的乳酸化 / 泛素化修饰酶等—— mRNA/ 蛋白修饰酶。

2. 功能分子

功能分子就是上一步的下游 mRNA 或者蛋白 ，同样的道理，这些 mRNA 或者蛋白一方面被第一步的 mRNA/ 蛋白修饰酶（以及更上一步的组蛋白的乳酸化 / 泛素化修饰酶等）所影响，另一方面要介导参与下游的表型热点，因此这个功能分子实际上是最重要的一个环节，需要通过上下两步来共同确定，比如 GPX4 之于铁死亡、 IRE1 α之于内质网应激、 PDL1 之于肿瘤免疫逃逸等。

3. 表型热点

这个地方大家最为熟悉了，比如线粒体自噬、内质网应激等，而这些热点都可以根据最新的主刊等文献报道确定。 因此当我们把这个要素确定下来后，就可以有模式的去筛选符合这样条件的思路了：

1 ）我们可以从疾病的表达谱数据（如 RNA-Seq ）数据着手，先筛选出可能的 1 工具分子和 3 表型热点；

2 ）验证 1 工具分子和 3 表型热点在疾病中的作用，并且需要进一步确认 1 工具分子对 3 表型热点的影响与 1 和 3 分别对疾病的影响相匹配；

3 ）根据 1 工具分子下游进行组学研究，比如假如 1 影响的是 RNA 修饰，那就把 1 进行沉默、过表达然后进行对应的组学检测，并加上 RIP-Seq ，这样就可以初步筛选到下游的靶基因；然后探索下游靶基因 2 与 3 表型热点的关系，有了下游靶基因后进一步验证下游靶基因 A 对 3 表型热点的影响以及相关机制：相关机制可以结合 A 的特性进行分析，以确定最终影响表型热点的功能分子 2 （当然筛选出来的 A 也可能就是 2 ）。