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#分子模拟#KARLSBERG+:易用的pKa预测工具

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-08-14 14:25

正文

Karlsberg+是一个网页交互形式的基于pKa预测的静态电荷统计工具。其方法是基于Poisson-Boltzmann线性方程（LPBE）与氢和盐桥结构松弛的数值解。根据您的结构，Karlsberg +将根据体积pH值预测盐桥中存在的离子对的氢位置和替代侧链构象。在随后评价相关性的电荷能Karlsberg在对于Monte-Carlo蛋白质子化模式和pH适应构象的采样。这个方法能够表现非常精确的基于LPBE的pKas。

官方网址为:http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/

使用方法非常的简单，大致步骤如下:
首先上传pdb文件，点击next，结果界面如下:

选择相应的链:

其中有许多参数可以选择，比如构象的优化，在创建pH适应性构象中可以进行pH，构象，是否盐桥计算以及溶剂化模型的选择。
官方建议使用GBSW溶剂化模型仅在氢键位置的限制优化中。

参考文献:

Kieseritzky G, Knapp EW. Optimizing pKA computation in proteins with pH adapted conformations (PACs). Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2008; 71:1335-1348