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先说点儿无关的事情。去年大约是国庆期间，老马微信上转了一篇磷酸化组鉴定的文章给我，是他们领域大牛R教授做的，发表在一个很不错的期刊上。老马说，你不是一直在做磷酸化吗，这是咱领域第一篇磷酸化组的工作，没准儿你会感兴趣。
文章我大约看了两分钟左右，打电话给老马，说这篇文章的组学鉴定和后面的数据分析都没有特别出彩的地方，能发到这个期刊，难道是因为这个实验的样本很难处理？老马哈哈一笑，答：说对了，这篇文章的亮点就是样本太难处理，实验技术太精细，全球就这一家能做得出来。
哦，明白了，挂了电话继续读论文，又看了两分钟觉得不对劲了，因为他里面有一整张图，应该是拿我做的软件绘制出来的。深吸了一口气，又花了一分钟时间仔细的看了全文，卧靠，居然没有引用我的文章。彻底愤怒了，立马打电话给老马，说这么搞不好吧？用我的东西连个引用都没有，这是典型的学术不端啊！老马答，咳，这肯定是学生做的老板没搞清楚状况，应该不是有意的。我说那不行啊，基本的学术规范还得讲啊，我得写信骂他去。老马说，别别别，R教授是好人啊。我说这两码的事儿。
话说咱搞生信的，最痛恨的事情就是别人用了自己东西，然后在文章里只字不提装作没有看见。做生物信息学，那也是在做科研好不好？我的东西，你用了凭什么可以不引用？当然这类事情过去十几年咱也不是第一次碰到了，历来都是发现一次写信过去骂一次。
挂了电话就写信给R教授，说我最近正在读一篇您的文章，琢磨着您有个图必须得是拿我做的工具画的，简单点儿，您就回答“是”还是“不是”就行了。
R教授当天就回信了，主要内容是第一，的确是用了我的工具；第二，他很抱歉因为疏忽没有引用，并且接受指责；第三，这个疏忽是无意的，并不是刻意要忽略我的工作；第四，R教授提议，是否可以发表一个勘误（Erratum）来加上引用？
R教授道歉，这个我是有预料的，一般来说大家做研究完全做到100%的规范是不可能的，有过失很正常。胖子有云，人是一定会犯错的，机器才不会犯错。有疏忽很正常，而且就过往的经历来看，一般咱写信过去抗议，对方都是客客气气道歉了事。
不过R教授说要加个Erratum，这个就过了，第一，人家道歉了，并且还很诚恳；第二，如果真要出个Erratum，那别人会不会觉得我得理不饶人？对吧，点到为止就得了。所以客客气气给人回信，说我态度不好请您原谅，以后欢迎您来中国访问。当然信末按惯例肯定要加上诸如兄弟我研究修饰十几年，各种软件、数据库一大堆，都是搞科研居家旅行忽悠编辑+审稿人的利器，欢迎合理使用云云。这种植入当然必须的，要有专业修养。
所以这事儿不大，人家道了歉事儿也就结了。后来几个月之后跟老马聊天又谈到这个事儿，老马张嘴就是R教授是好人啊。莞尔。
讲正事儿。7月21日好友转给我一篇公众号上的文章《[连载1]：学术期刊的学术不端，你见过吗？》，这是一个系列，总共有四篇，汇总在《从业超过10年，未见过如此厚颜无耻之人》。写这个系列文章的作者Y同学，个人网站上显示目前在香港大学博士在读，主要研究方向是流感病毒的进化。
这个系列的文章，讲的事情是Y同学在2010年以共同第一作者身份在咱生信的权威期刊Bioinformatics上发表了一篇论文，整合了当时已有的衡量GO注释条目语义学相似度的多种算法，用R语言设计了一个开放源代码的软件包GOSemSim，目前在Web ofScience里被引用178次，是ESI“高被引论文”。Y同学的论文发表之后，某一天发现有个工具ppiPre，发表在2013年的BMC Systems Biology上，通过融合GO注释的语义学相似性、信号通路相似性和网络拓扑相似性等多种特征建立了蛋白质-蛋白质相互作用预测的方法，其中GO注释语义学相似性的代码使用的是GOSemSim，既没有致谢也没有引用。
问题在于，ppiPre文章的第一作者，在论文发表之前还专门向Y同学请教过问题，所以无论如何，即使没有引用，最起码也应该是要有致谢的。所以Y同学写信给BMC Systems Biology的编辑，说这是抄袭要求处理。
Y同学的本意是希望制止这种行为，编辑部应该对这件事情进行处罚，理想的结果是撤稿。但后来BMC Systems Biology只出了一个勘误，作者致歉并注明引用，了事。所以Y同学认为期刊主编们这是在包庇抄袭，BMC Systems Biology学术不端。
中间的一个插曲是，Y同学后来发现ppiPre的作者2015年在PLOS ONE上发表的另一篇文章中的工具HPOSim，其代码与哈尔滨医科大学某研究组发表的DOSim相似，并且DOSim与之前德国学者设计的GOSim代码也相似，因此这属于恶意抄袭。这里面有两件事情需要讨论，第一，BMC Systems Biology有没有学术不端？第二，HPOSim、DOSim和GOSim代码相似是否属于抄袭？
先说第一个问题：BMC SystemsBiology没有学术不端。再说一遍，科学研究中100%不出错是不可能的，有错也分无意和恶意，不能一概而论。例如上面说到的R教授，用了我的东西既不引用也不致谢，如果作者是故意的，那就是学术不端了，但作者很诚恳地道了歉说这是无意的，所以撑死了也就是学术不够规范，当然无论哪种情况，如果我要求加Erratum那也是合理的。
