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上期介绍了一个简单的String查找蛋白互作的工具,这期将用到我们的神器Cytoscape了,本期将介绍如何将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中。
1.下载Cytoscape,http://www.cytoscape.org。
下载与操作系统匹配的版本(支持Mac OS X、Windows 64bit、Linux),下载后安装过程与常规软件相同。
2.在Cytoscape中下载StringAPP 。
6.以TP53为例,选择score为0.1,连接的基因最大为100个。这个根据用户需求设定。
7.并且在已构建好的网络中可以扩展新的连接蛋白数或者重设confidence score来调整网络大小。
这样构建的网络就下载到本地的Cytoscape中,可以随意编辑网络,查看和保存信息。通过以上两期我们解决了蛋白互作数据库的问题。
赵忻艺,将大数据应用于医学科研,主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用(标准化和科学化的数据库),医学分子大数据的整理、利用及研究(基因、蛋白及代谢)。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理,寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前,已建立浙大大数据挖掘团队,旨在降低研究者学习大数据的门槛,推动大数据共享与研究协作,发表更高质量的研究成果,为科研决策提供精准的预测和实验证据。