该文章提供了将测序数据上传到NCBI的详细步骤，包括注册NCBI账号、准备上传的原始数据、填写并提交相关信息、使用Aspera上传文件等。
文章详细描述了从注册NCBI账号开始，准备原始数据，填写并提交各种信息，包括SRA文件汇总信息，使用Aspera或其他方式上传文件等步骤。
文章指出在上传过程中需要注意的一些事项，如所有文件应放在同一个目录下，避免多层目录，填写信息时的必填和选填项目等。
文章介绍了Aspera的安装和设置，以及如何下载key file并使用Aspera命令进行文件上传。
文章最后提到了生信人的直播活动和最新文章汇总，包括神经免疫、肺癌研究、基因组学课程等话题。
现在很多文章发表要求一定要上传原始测序数据，今天手把手教学下如何将自己的测序数据上传到NCBI。
注册NCBI账号
注册网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
准备上传的原始数据
原始数据以gz或者其它形式压缩，所有数据放到同一个目录下，不要套多层目录
填写数据信息并上传文件
创建新的submission
进入NCBI首页（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），操作如下：
①选择SRA
②点击Search
③点击Submit to SRA
④点击New submission
填写提交者信息（Submitter）
按照要求填写，*为必填选项。填写完成后点击Continue。
填写一般信息（General Information）
如果是第一次提交BioProject和BioSample都选择No，Release data（释放数据的时间）建议选择比较晚的日期，避免数据过早发布，选择早了也没关系提交以后可以修改。填写完成后点击Continue。
填写项目信息（Project Info）
需要填写项目标题、项目描述、项目是否登记过，如果是第一次提交选择No，*为必填选项，其它部分选填（可以不填）。填写完成后点击Continue。
填写样本类型（Sample Type）
根据实际情况选择，比如小鼠样本就选择Model organism or animal，人源样本就选择Human。填写完成后点击Continue。
填写样本属性（Attributes）
可以选择使用内置表格编辑器，或下载Excel和TSV模版填写后上传，推荐后者。
下载的示例表格如下：
绿色为必填项，蓝色为选填项（至少选填一个），黄色为可选项（可以空着）。如果研究中不涉及选项相关的信息，可以填写'not collected'、'not applicable'或者'missing'。样本名称要保持唯一。
填写完成以后点击Choose file上传，然后点击Continue。如果填写的信息不符合要求会出现一些错误信息提示，根据提示信息修改表格对应位置的信息，Delete原来上传的文件，再重新上传更新后的文件，点击Continue（此过程可以反复修改，直到进入到下一步）。
填写SRA文件的汇总信息（SRA Metadata）
同样可以选择使用内置表格编辑器，或者下载Excel模版填写后上传，推荐后者。
下载的示例表格如下：
蓝色为必填项，绿色为可选项，黄色背景部分的列有下拉菜单，可以从下拉菜单中进行选择，每一个选项的填写要求如下：
sample_name：样本名称，应该与前一个表格（Attributes）中的 sample_name 项名称相同。
library_ID：文库ID，必须是唯一的，不能重复。
title：数据集的简短描述，格式为 {methodology} of {organism}: isample info，例如RNA-seq of mus musculus:sample1。
library_strategy：文库策略，如 RNA-Seq。
library_source：文库来源，如 TRANSCRIPTOMIC SINGLE CELL。
library_selection：文库选择，如 cDNA。
library_layout：文库设计，single 或 paired。
platform：测序平台，如 ILLUMINA。
instrument_model：仪器型号，如 Illumina HiSeq 4000。
design_description：设计说明，用于创建测序文库的方法的自由格式描述，简短的"材料和方法"部分。
filetype：文件类型，如 fastq。
filename：文件名，如 sample1_R1_001.fastq.gz（这里需要注意，最终上传的测序文件要与这里是一致的）。
filename2：文件名2，如双端测序的第二个文件 sample1_R2_001.fastq.gz。
assembly：组装，仅当您提交针对 NCBI 组装的 BAM 文件时需要，请提供 NCBI 名称或注册号(例如GRCH37)。
fasta_file：fasta 文件，仅当您提交针对 NCBI 组装的 BAM 文件时需要，提供比对过程中使用的自定义组装 fasta 文件的名称（例如 Mouse.fasta）。
填写完成以后点击Choose file上传，然后点击Continue。
上传文件（Files）
三种上传方式，一般测序的原始文件比较大，建议FTP或者Aspera上传。
由于原始数据通常很大，一般存储在Linux服务器中，因此我这里使用Aspera命令行上传。
官网下载对应的压缩包https://www.ibm.com/products/aspera/downloads
mkdir Asperacd Asperatar xvf ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gzbash ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.shecho 'export PATH=~/.aspera/connect/bin/:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrcascp
NCBI页面会提供每个SRA提交对应的key file，点击链接下载。
命令行如下：
ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> [email protected]:uploads/xxxxx_ImC0bf5y
其中
为下载的key file路径，要使用绝对路径
为上传的测序数据文件夹，要使用绝对路径，文件夹里面包含SRA Metadata中的所有filename，文件夹下面直接包含所有文件，不要套目录
subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xxxxx_ImC0bf5y
为上传的路径，页面有提供，直接复制黏贴即可，每个提交都不一样
检查并提交（REVIEW & SUBMIT）
检查前面填写的内容，如果没有问题点击Submit提交，有问题的话可以联系NCBI进行修改。
好啦，这就是数据上传到NCBI的全部流程啦～
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