在国自然项目中，一般都需要对基因、RNA、蛋白和小分子（如代谢物）甚至细胞、菌群等进行干预（加减法），从而验证国自然中最重要的一个逻辑“因果关系”，而干预不同的分子通常采用的方法不一样。下面就简单梳理一些采用的策略和方法。
一、外源添加和阻断/吸附方法
想到增加含量，最常想到的就是直接外源添加，特别是在细胞实验中，比如代谢物（比如乳酸、氨基酸等），还有一类是分泌性蛋白，也可通过直接添加重组表达的蛋白进行“加法操作”，当然在设计上一般需要有浓度和时间梯度，这一点在实验方案设计上很重要。
乳酸处理，PMID：36068198
FSTL1 treatment suppresses tumor growth and lung metastatic ability of LUAD cells in vivo. 重组蛋白，PMID: 31653686
而抑制的方式稍微复杂一些，比如代谢物可以通过反应消耗、吸附等方式进行干预，而分泌性蛋白（如细胞因子）和很多膜受体也可以通过中和抗体、阻断性抗体等进行干预。
Ifn-γ neutralizing antibody can attenuate the efficacy of combination drugs. 中和抗体，PMID: 36592514
阻断性抗体，PMID: 36096532
当然，阻断性抗体还常用于特定细胞的“消除”（干预特定的细胞群），如通过CD8阻断抗体消除CT8+T细胞：
而对于肠道菌群等，粪菌移植和抗生素干预则是最常用的方法。
粪菌移植，PMID: 37317027
二、遗传学（Genetic）方法
2.1 RNA干扰技术
RNAi是使用频率最高的技术，不过需要注意的是：在基金中还需要区分“shRNA和siRNA”以及“敲降KD和敲除KO”这些不同的说法；当然大家还有其它的说法，比如“沉默”、“调低”、“消减”等用于描述最终作用。
注：shRNA（短发夹RNA）vs siRNA（小干扰RNA）的区别- 结构差异：siRNA是体外合成的双链RNA分子，通常由20-25个核苷酸组成，两端各有两个未配对的碱基，直接参与RNAi途径。shRNA具有发夹结构的单链RNA，在细胞核内被转录，然后折叠成类似siRNA的双链结构，并通过内切酶Dicer切割形成成熟的siRNA分子。
- 转染/感染方式：siRNA通常是体外合成后直接转染到细胞中，或者通过病毒载体传递进入细胞，直接参与RNAi途径。shRNA是通过DNA载体（如质粒或病毒载体）表达的，载体被转入细胞后，shRNA由细胞机器转录，并最终处理成siRNA进行功能。
- 表达持续性差异：siRNA在细胞中的效果往往是瞬态的，其抑制效果随着siRNA分解和稀释通常几天内就会减少。shRNA由于是通过DNA载体转入细胞，并在细胞内转录和表达，因此可以建立较持久的基因沉默效果，特别是当使用整合性病毒载体时，shRNA表达构建可以整合进宿主细胞基因组，实现长期稳定表达。
2.2 CRISPR技术
基于CRISPR系统不仅可实现对基因的敲除（CRISPR-ko），还可以进行敲降（CRISPRi）和激活（CRISPRa）。CRISPR-ko是通过Cas9蛋白结合sgRNA对目标DNA产生双链断裂，以实现敲除效果；
CRISPRi则是通过dCas9蛋白结合sgRNA抑制基因的转录，以实现敲降效果；
CRISPRa是通过dCas9蛋白与转录激活子（如VP64或p65）融合，以增强基因转录表达。
2.3 基因过表达和基因敲入
基因过表达通常将目的基因（CDS）构建到载体中，导入细胞内使目的基因的表达量增加。基因敲入（Knock-In）则常采用基因敲入的方法，如引入增强子等调控元件等增加基因表达。当然，这些技术在动物层面可以体现为转基因动物和敲除，比如条件性敲除小鼠在国自然里面基本上都是必选项。
三、药理学（Pharmacological）方法
药理学手段主要通过小分子抑制剂、激活剂、激动剂和拮抗剂等实现对靶基因（蛋白）的激活和抑制，主要这里主要影响的不是基因（蛋白）的表达丰度，而是蛋白的构象和活性。
抑制剂（Inhibitors）：这类化合物能够与特定的酶或受体结合，降低其催化活性或信号传递能力。根据与酶结合的形式，抑制剂可以分为可逆性抑制剂和不可逆抑制剂。
激活剂（Activators）：与抑制剂相反，激活剂能够增强特定蛋白质的活性。例如小分子能够与酶结合后，促进酶对底物的催化作用，起到活化剂的作用。
激动剂（Agonists）：这类小分子能够与受体结合并激活受体，模拟内源性配体的作用，产生相应的生理效应或药物作用。
拮抗剂（Antagonists）：拮抗剂能够与受体结合，阻断激动剂介导的作用。
变构调节剂（Allosteric Modulators）：这类调节剂与蛋白质的变构位点结合，通过影响蛋白质的构象来调节其活性。
四、其它新技术
另外，还有一些新技术可以通过诱导蛋白降解发挥作用，如PROTAC技术基于利用细胞内的泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-Proteasome System, UPS）来降解特定的靶蛋白。PROTAC技术的核心在于设计一种双功能小分子，一端能够结合目标蛋白（POI），另一端能够结合E3泛素连接酶，通过一个连接臂（Linker）将两者连接起来，形成三元复合物。这个复合物能够促使目标蛋白被泛素化，进而被蛋白酶体识别并降解。
类似的，如基于溶酶体对蛋白的降解技术开发的溶酶体靶向嵌合体LYTAC技术，LYTAC通过结合细胞表面的溶酶体靶向受体（LTR）和目标蛋白，形成三元复合物，通过内吞作用进入细胞内，并最终在溶酶体中被降解。
其它的还有自噬靶向嵌合体（AUTAC）、自噬体偶联化合物（ATTEC）、基于抗体的PROTAC（AbTAC）、分子胶和纳米体PROTAC（GlueTAC）以及分子伴侣介导的自噬（CMA）嵌合体技术等。
再比如张锋团队开发的细胞外可收缩注射系统（eCIS）：
由于新技术非常多，我们就不一一展开了，后续有机会再介绍。
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