专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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告别昂贵的单细胞测序, 挖掘公共数据库的单细胞测序数据, 不需做实验就能发表文章(4.10-11 网络精讲班)

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2021-04-06 09:19

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会议背景

在最近三五年内如果去介绍一个科研领域内的热点明星,人们会毫不犹豫的推荐单细胞测序。 从基金申请热度上来看,目前单细胞话题已经稳居前二 ,在测序领域单细胞测序的热门程度也逐渐超越了传统的RNAseq和ChIPseq,逐渐成为了新的流量话题王。
2017年10月16日 “人类细胞图谱计划”问世。第一批资助项目总计38个, 从09年的第一篇单细胞测序文章到现在10年的时间,单细胞测序的技术,分析算法,科研以及临床应用都取得了非常大的进步。 积累的宝贵数据更是十分诱人,单单GEO数据库收录的单细胞研究样本已经近2万例,而且数据的增长呈现明显的指数上升趋势,而且单细胞测序几乎成为非常多CNS优秀文章的标配 。但是居高不下的实验及测序成本一直困扰着大部分科研人员,动辄3万+/样,单个课题起码测个6例以上最低投入也接近20万,如果再加上实验失败的样本费用及分析费用预计在30万上下。
那么有没有较低门槛可以介入单细胞测序领域快速发文章的方法呢?
莫速乎教育邀请到国内第一批做单细胞测试实验室的Dr Wang,为大家专门设计了一门数据挖掘课程,专门针对 单细胞转录组测序数据进行「课题设计以及数据挖掘」 。数据挖掘类的文章伴随二代测序的发展已经有了趋于成熟的研究策略,但是目前进行传统测序数据挖掘的研究太多,发文的难度也是越来越高。
但是 单细胞测序数据的挖掘目前还是处于从零开始的状态 ,而这座巨大的数据宝库又那么诱人。 本次会议 从单细胞测序的原理,挖掘思路的寻找,到找数据,到整合分析,再到结果解读以及成文思路,课程都会进行详细的讲解及演示,并提供一套老师写好的高度自动化的分析代码直接产出发表级别的图 争取让学员通过课程能尽可能全面的了解单细胞是什么,能做什么,以及该怎么做。
可能会有学员关心自己关注的课题领域是否有足够的测序数据可供挖掘,目前在公共数据库中的单细胞测序几乎都围绕常见模式生物来做。人,小鼠,斑马鱼等,涉及正常组织、血液、不同发育阶段样本,疾病类型也各种各样包括肿瘤、免疫细胞、炎症类甚至包括较难研究的神经、肌肉、骨骼等。最重要的是,这些数据一直在增加。

课程目标及特色

1. 编程零基础学员即可参加,用通俗易懂的方式掌握R语言基本语法及做生信分析的技能
2. 了解单细胞测序的基本概念、原理、主要数据库及下载流程方法
3. 通过全流程讲解单细胞测序及分析,掌握单细胞挖掘的全流程,及单细胞转录组的发文思路
4. 通过高度自动化的代码全分享,学会用R软件进行单细胞转录组分析及作图
5. 掌握零成本的单细胞相关课题设计思路,基金申请注意事项,可辅导针对性的课题设计及实操;
6. 通过课程学习可直接接近产出文章。

主讲人简介

Dr Wang,国内最先做单细胞测序的团队成员之一,长期致力于研究高通量测序技术及数据分析,研究方向为单细胞测序技术的研发分析及临床应用,擅长生物信息学的数据挖掘及课题设计,单细胞转录组及多组学数据分析与挖掘。累积发表数据挖掘类SCI文章40+篇,其中10分以上达5篇。参与并完成了包括国家自然科学基金、863计划及国家科技重大专项项目等在内的数10项国家科研项目。

课程安排


时间安排:周六8:30-12:00,13:30-17:00 周日 8:30-12:00 13:30-17:00

适合人群

医学、生物、农业等专业的各级临床医生、药师、科研单位研究人员、高校硕/博士研究生、对利用单细胞测序或公共数据库研究进行数据挖掘感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)

会务信息







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