专栏名称: 实验万事屋
文献总是乏味,科研一向无聊,“实验万事屋”旨在拯救医界同仁于寂寞无聊,每天坚持抖落科研内幕,分享实验心得,搜集科研资讯,激发您的科研兴趣,传授实用的科研方法和思路。做不做科研,从医之路大不同,在这条布满荆棘的科研道路上,我们与您一路同行。
目录
相关文章推荐
募格学术  ·  DeepSeek赋能下的Python文本分析 ... ·  2 天前  
51好读  ›  专栏  ›  实验万事屋

我为啥用miRWalk2.0的时候老是出错?

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2017-05-24 08:35

正文

我叫林平之,是莫愁师姐的师弟。我最近在分析我的miRNA。我发现miRWalk是一款比较实用的,预测miRNA靶点的数据库,但是有一个问题,miRWalk有两个:

miRWalk和miRWalk2.0,我试过用miRWalk2.0,但是用完的结果都是:

虽然我知道miRWalk2.0要好用很多,miRWalk里,只能预测基因的一些靶点:

但是miRWalk2.0里,可以预测类似ncRNA靶基因,和类似Pathway的分析。要怎么用呢?

莫愁:其实两个数据库都可以使用,但是,但从界面来说,大家可能都更熟悉miRWalk:

由于miRWalk所涉及的数据库不多,而且对于基因也没有特别的注释,所以,输入基因的时候,都是采用Gene Symbol,没别的选项,所以更没有多少类似于LncRNA之类的数据。

而miRWalk2.0不一样,由于添加的一些注释,以及数据库的整合,所以界面相对来说更为复杂。miRWalk2.0中,除了整合了更多的预测靶点的数据库,还对基因进一步进行了注释。

要注意的是,miRWalk2.0的界面中,对于基因的注释增多,就必须把所有的基因名字以及命名原则都选对,有些非常相近的命名不能选错,比如:

在这里,你看Synonym和Official Symbol命名是一样的,但是这里必须选择Official Symbol:

这里的Synonym是别名,选了Synonym,或者这项漏选,结果就会变成:

所获得的结果有两类,一类是预测获得的靶基因结果:

另一类是已经验证过的结果,会有对应的文献编号在里面:

由于收集了大量数据库以及基因注释,所以还能搜索类似信号通路相关miRNA,细胞系表达的miRNA等等结果:

结果点进去,也能找到对应的文献:







请到「今天看啥」查看全文