纯生信友好的Nature系神刊！影响因子逐年稳增！英国大牛团队仅凭“双疾病+WCGNA+Meta”就成功拿下！早上车是王道！

生信图书馆 · 公众号 · · 2024-08-28 19:00

正文

哈喽啊，各位亲爱的生信图书馆的小伙伴们！这里是馆长！馆长今天给大家分享文章来自于Nature旗下的《Genes & Immunity》，馆长仔细浏览发现，这本双月刊发文的杂志社对纯生信还挺友好！并且近几年的影响因子逐年增加（2022年IF=4.2； 2023年IF=5.0）！而来自英国帝国理工大学的老外团队，仅凭“银屑病+肥胖”选题，再加上Meta分析、cWCGNA分析就成功发文，香的不行！那么咱们废话不多说，馆长先给大伙分析分析本文亮点！

1、作者团队的选题十分亮眼，银屑病+肥胖的选题所涉及人群较为广泛。在本文中，作者团队从GEO数据库中收集了9个数据集，共涉及76名银屑病患者、76名肥胖患者。随后，作者团队对上述患者的转录组数据进行后续的分析。

2、转录组学分析+荟萃分析+共识加权共表达网络分析！另馆长较为惊讶的是，作者团队仅凭三种生信方法就成功发文！在本文中，作者首先从患者RNA测序数据中筛选出了差异性表达基因，随后，通过Meta分析、共识加权共表达网络分析（cWCGNA）来筛选出潜在的差异性模块，老瓶装新酒，依然香！ PS：在复现作者的思路上遇到阻力，不知道怎么解决？扫码联系馆长，馆长助您一臂之力！馆长不仅可以为大家提供最新的研究思路，还可以提供十分好用的生信服务器，让大家的研究事半功倍哦！

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题目：转录组学荟萃分析描述了银屑病和肥胖之间的分子共性

杂志：Genes & Immunity

影响因子：5.0

发表时间：2024年4月

公众号回复“666”即可领取原文献，文献编号240828

研究背景

银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病,约2-4%的人口受其影响。现已被视为一种自身免疫性疾病,与免疫相关基因和通路的参与有关。银屑病常伴有多种共病,如银屑病关节炎、炎性肠病、心血管疾病和代谢综合征。其中,肥胖作为一种新兴的银屑病共病已引起广泛关注。肥胖是一种代谢性疾病,其引发的脂肪组织功能紊乱和持续性炎症可能加重银屑病的症状。流行病学研究显示银屑病与肥胖之间存在明显相关性。然而,系统探讨这两种疾病共同炎症机制的研究还很缺乏,大多集中于外部暴露因素和微生物功能的作用。

数据来源

数据集	测序平台	测序方式	病例	对照
GSE114286	Ion Torrent Proton	单端测序	18	9
GSE74697	Illumina HiSeq 2500	双端测序	18	16
GSE66511	AB 5500xl Genetic Analyzer	单端测序	12	12
GSE121212	Illumina HiSeq 2500	双端测序	28	38
GSE156906	Illumina NovaSeq 6000	双端测序	28	14
GSE162653	Illumina HiSeq 2000	单端测序	10	10
GSE110729	Illumina HiSeq 2000	双端测序	13	15
GSE152991	Illumina NovaSeq 6000	单端测序	15	11
GSE166047	Illumina NextSeq 500	双端测序	10	5

研究思路

主要结果

1、研究中包含的数据集

总体而言，作者团队系统检索地确定了 9 个数据集，其中 4 个涉及 76 名银屑病患者，5 个涉及 76 名肥胖患者，相比之下，分别为 75 名和 55 名健康个体（表 1）。

表1 研究中包含的数据集

2、单基因荟萃分析表征了银屑病和肥胖症的炎症环境

作者团队的主要目标是使用后期荟萃分析方法和 Fisher 组合概率检验来确定银屑病和肥胖症的转录景观，该检验基于从负二项分布得出的特定于数据集的汇总统计数据。银屑病数据集的荟萃分析描述了 9292 个失调的基因（图1A），其中包括有 2154 个过表达基因和 7318 个抑制基因（图1B）。与银屑病中 DEG 的丰度相反，肥胖荟萃分析根据相同的 FDR 和倍数变化标准，共积累了 637 个显著的 DEGs（图1C）。最后，GSEA 表明 SAT 组织和病变皮肤之间存在炎症共性（图1D）。

图1 单基因荟萃分析表征了两种共病的炎症环境

3、DEG 之间的显著重叠揭示了共同的机制

为了准确描述 SAT 和病变银屑病皮肤中炎症环境的共性，作者评估了两种荟萃分析中失调基因的重叠，并通过 KEGG 通路数据库上的 ORA 探索了它们的功能特征。超几何检验显示两者上调存在显著重叠（图2A）。

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