​什么，你嫌bioconda下载速度太慢？

我曾经写过两篇关于bioconda的教程，分别是：

生信软件的好帮手-bioconda

世上没有白走的路，每一步都算数

第一篇给大家介绍了什么叫做bioconda, 它是如何解决了我们安装软件需要解决各种依赖的问题。但是在第一篇的时候，我说了”bioconda虽好，就是没有国内镜像，下载速度太慢“、
第二篇，我在某天突然领悟到，原来bioconda解决我们安装软件依赖的途径就是自己准备好软件所需要的依赖包。因此提高下载速度的方法就有了，就是用已有的conda国内镜像源解决依赖包安装问题。

对于一些本身文件就不大的软件，比如说不到10M的压缩包呀，那么不到100kb的下载速度也是等得起的。但是如果遇到200M那么大文件该如何处理呢？

这里我在教大家最后一招： 手动安装大法。
以abyss为例：

从截图中，我们可以知道abyss依赖于gmp，openmpi, pandoc，这三个软件包。那么我们用上帝归上帝，凯撒归凯撒大法安装好这三个包。

# 这里用-c指定channel能够加快搜索速度
conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge gmp=6.1.2 openmpi=2.1.1 pandoc=1.19.2

让我们检查下，依赖关系是否已经解决了。已经没有像之前那样提示要安装其他包了，就说明解决了依赖关系。

在https://bioconda.github.io/recipes.html 中搜索abyss。发现abyss就叫abyss

在 https://anaconda.org/bioconda 频道中下载abyss的压缩包。

因为我们之所以能够下载数据，就是因为该数据在某个服务器上存在过。

然后用你觉得最合适的下载方式，无论是迅雷呀，qq旋风呀，甚至你可以用国外的服务器下载好，复制到国内呀。而我选择用谷歌浏览器下载，

原因只有一个： 没钱充迅雷会员！

这里，求大佬下载，然后分享到百度云盘！

解压软件包，并复制到目标文件夹。

# 建立一个新的文件夹，用于存放解压缩的文件
mkdir abyss
mv abyss-2.0.1-boost1.61_2.tar.bz2 abyss
tar -jxvf abyss-2.0.1-boost1.61_2.tar.bz2

不难发现，他解压得到的是bin, share， info文件夹，而不是通常的abyss文件。这表明conda的软件管理方式其实和apt/yum是一致的。
如果是自己安装，建议单独建立一个文件夹，便于后续删除。

然后把这些解压缩文件全部拷贝到miniconda下。

cp -r * ~/miniconda2/
# 如果你用的是虚拟环境
cp -r * ~/miniconda2/envs/biostar/

最后检验以下

目前比较流行采用docker部署软件，所以我在bioconda上也发现他们也提供了BioContainer用于快速部署，感兴趣的小伙伴去了解下吧。