2023年画分组聚类热图分析的最快方法是什么？视频讲解看一下！

代谢组metabolome · 公众号 · · 2023-11-14 00:23

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分组聚类热图 （又称“Heatmap 图”）是通过 颜色变化 与 相似程度 反映 二维矩阵 或表格中的 数据信息 。它可以直观地将 数据值的大小 以定义的 颜色深浅 来表示，常根据需要将数据以样品间 丰度相似性 进行聚类，将聚类后数据表示在heatmap图上，可将 高丰度 和 低丰度 的物种、基因等分块聚集，通过 颜色梯度 及 相似程度 来反映 不同样品 或者 分组间 的 相似性 和 差异性 。分析流程只需准备好 丰度表 和 分组信息表 两个输入文件，便可完成分组聚类热图的制作，更高效的挖掘基因的信息！

结果展示

接下来我们一起来看看我们的 视频 讲解吧！

微科盟生科云平台——分组聚类热图实操讲解

操作方法也可以看我们下面的说明哦~

一、导入丰度表

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含 样本名 ，唯一 (不可重复)，与分组信息表第一列相对应 (顺序可以不一样)；第一列为 组学feature名 (如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一 (不可重复)，推荐使用绝对丰度表，reads数表等， 总体数值过小（小于１） 可能导致 无法出图 ，示例表格以功能丰度表为例：

二、导入分组信息表

制表符分隔的文本文件表格；行名为 样本名 ，列名为 分组方案 。

注：分组信息表中的行名 (第一列) 必须和丰度表的列名 相对应 ，示例文件如下：

注： 1.输入文件不应该包含 特殊字符 ，推荐使用字母数字下划线和点编辑表格；2. 输入文件行名 (第一列)，和列名 (第一行)不能有重复的值；3. 表格中有 缺失值 的地方可以空着，但行名 (第一列) 和列名 (第一行) 以及最后一列不能有 缺失值 (不能空着)，否则无法通过客户端检查。

三、选定分组方案

可选择分组信息表中的某一的分组方案，示例如下：

四、选定分组对应的颜色及格子颜色

可选择 默认值 ，也可以按照 个人需要 进行调整颜色及明亮程度，示例如下：

分组对应颜色：

格子颜色：

五、选定数值映射方式

数值映射方式有三种方式可选择，若选择log10转化，可 淡化巨大差异 ，维 持微小差异 ，区分效果较好，例如输入绝对丰度表，其数值差异较大时可选择; 若选择 标准化 ，可去除feature之间差异，突显样本间差异；若选择无：保留所有数据间差异。

六、是否使用分组均值绘制热图

若 不使用分组均值 绘制热图，则展示所有样本中组学features的组成情况；若 使用分组均值 绘制热图，则展示各样本组中组学features的组成情况；

七、选定热图中feature个数上限

选择不同feature个数，可对丰度最高的feature画图，feature个数一般选择 默认值 即可，或按照 个人需要 进行调整，但超出上限以外的其余features丰度会合并为Others。

八、选择是否进行样本聚类

若选择是，结果图中样本会根据样本中组学features的丰度进行聚类；若选择否，结果图中样本顺序按照输入时顺序排列。

九、是否调换行列位置以及格子宽度、高度和字号大小

可根据 个人需要 进行选择

十、提交任务

点击 提交任务 ，可选择任务完成时发邮件提醒，可避免等待运行时间，运行结束后可预览结果图，并下载结果文件。

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