表观组学(Epigenomics)的研究大家已经很熟悉了。
特别是甲基化检测技术在肿瘤早筛的广泛应用,以GRAIL为代表的NGS组和以鹍远为代表的PCR组,都端出了自己的菜。
那么,表观转录组学(Epitranscriptomics)的产品化应用有哪些代表公司呢?
说实话,我甚至都不了解这块应用。
但是,有一家公司最近的融资引起了我们的兴趣,
或许,下一个风口是表观转录组学?
表观转录组学主要研究RNA所携带的化学修饰对基因表达的影响。
生物体内的很多大分子都存在化学修饰,且都具有极其重要的作用。
比如DNA或组蛋白上的化学修饰参与介导表观遗传调控,许多蛋白(尤其是酶类蛋白)的活性受到多种化学修饰的调节等等。
迄今为止,在RNA上已发现了170多种化学修饰。
这些修饰大量分布在非编码RNA(ncRNA),特别是rRNA, tRNA和snRNA上,为ncRNA在翻译与剪接中发挥正常功能所必需。
令人兴奋的是,研究人员发现m6A(N6-methyladenosine),m1A(N1-methyladenosine),m5C(5-methylcytidine),hm5C(5-hydroxylmethylcytidine),I(inosine)以及ψ(pseudouridine)等化学修饰也分布在真核生物mRNA上,影响mRNA的代谢与功能。
特别是伴随着许多mRNA修饰酶(Writer)、去修饰酶(Eraser)和修饰识别蛋白(Reader)的新发现,mRNA化学修饰的可逆变化与动态调控重新激起了研究人员的兴趣。
(以上洗稿自生物通《RNA修饰隐藏的神秘调控》,见注2)
当然,兴趣也只能是兴趣。
目前,尚未看到有成熟转化的产品出现,基本都停留在科研服务层面。
直到一家叫Alida Biosciences的公司出现了,他们决定做点不一样的。
Alida Biosciences成立于2020年,公司位于美国San Diego。
创始人为CEO Gudrun Stengel和Byron Purse,其中Byron Purse是San Diego州立大学教授,我们暂时按下不表。
Gudrun Stengel呢则需要重点讲一下,
根据她自己的描述2014-2018年她在Illumina担任科学家,领导了NovaSeq 平台的技术工作
(没说研发)。
随后2018年加入了Encodia,担任产品开发总监。
对,就是那个Illumina联合创始人Mark Chee的公司,我们曾经在2023年11月19日的文章彩蛋中提到过,感兴趣可以去看看。
刚好建设兄也对其技术原理进行了梳理,各位可以去看看。
总之,这是一种很新的技术,你可以理解为逆翻译的过程。
随后,2020年1月,Gudrun Stengel加入新兴测序仪新秀Element Biosciences,担任试剂开发总监。
根据她的描述,
她开发了Element AVITI平台的簇生成(clustering)和SBS(Sequence-by-Synthesis,边合成边测序)的试剂。
呃,效率真的这么高么...我请教了下Element中国的朋友表示不是很熟悉,国外的朋友欢迎私信,如果可以公开就留言。
随后,就是Alida Biosciences的故事了。
2024年6月12日,Alida宣布拿到了750万美元的A轮融资,由Genoa Ventures领投。
此前,Alida还获得了美国人类基因组研究所的400万美元基金的赞助。
呃,在此之前的融资信息都是来自Crunch base,所以这个所谓的5.1万美元pre-seed轮看看就好。
其产品EpiPlex,
可以同时检测m6A修饰和腺苷(I)修饰
,并且配套了分析软件EpiScout。
经常做RNA m6A检测的朋友都知道,需要用到m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段。
Alida一个重要的技术突破就是不用抗体来富集被修饰的区域,
在翻了半天专利之后,我也没看到个所以然。