通常来说，每一个农产品加工产业集群需要经过十几年至几十年的时间考验，才能成为真正对农产品加工业有所助益的组织形式，发挥其应有的价值。由于农产品加工产业集群通常由大量中小企业共同组建形成一个整体，因此将企业数量、集群成长度两个定量指标，抗风险能力、自组织能力两个定性指标以及组织结构一个综合指标共5个指标作为判断依据，可将我国农产品加工产业集群大致分为三个阶段：萌芽阶段、成长阶段以及稳定发展阶段。
萌芽阶段——发展初期
，
特点为
企业数量少、发展空间大，但是结构松散、抗风险能力弱、缺乏自组织能力。
此阶段主要围绕区域优势特色产业，以规模化大户为重点进行示范发展，如云南省曲靖市沾益区高原特色农产品加工园，主要涉及生猪、肉牛、野生菌、中药材等高原特色农产品，目前已入驻20余家加工企业，年产值近30亿元。
成长阶段——发展中期，
特点为
企业数量增加、结构更加紧密、具有较强的抗风险能力、成长速度达到顶峰，但自组织能力有限。
此阶段重点工作包括培养农户的专业技能，建立企业与农户等主体之间的利益联结机制，积极扩大规模等，如山东省滨州市粮食加工产业集群，全市目前拥有百亿营收粮油加工企业4家，500强企业1家，中国食品工业50强企业2家，实施粮油项目超100个，总产值超过1000亿元。
稳定发展阶段——发展后期，
特点为
企业数量达到顶峰，形成相对稳定的网络结构，抗风险能力与自组织水平都达到高标准，且仍具有较高的成长空间。
考虑到产业集群的可持续性，此阶段重点放在将有限的资源利用最大化，引导龙头企业健康化发展，构建企业之间的良性竞争环境以及寻求应对外部冲击、内部同质的解决方案，如河南漯河食品加工产业集群，是世界最大的肉食品生产基地和中部地区重要的饮料生产基地，入驻有双汇集团、可口可乐、美国嘉吉、中粮集团、旺旺集团等众多500强企业，年产值可达万亿以上。
农产品加工产业集群大多符合由萌芽、成长到稳定发展的发展路径，末期若通过鼓励加大技术投入，灵活应对市场需求，与时俱进地创新利益联结机制等手段，在政府的引导和企业的配合下，农产品加工产业集群将保持活力，不断扩展潜在的发展空间，使之长久地为区域农产品加工业的发展做出贡献。
近年来，
我国农产品加工业发展迅速，产业规模和效益提升获得了长足进展。
行业研究报告显示，2019年，我国农产品加工业总体仍保持缓中趋稳、稳中有进态势，产业结构持续优化，全年规模以上企业完成营业收入14.69万亿元，同比增长2.1%，其中食用农产品加工完成营业收入96929.7亿元，占全部的66%。从细分行业来看，肉类加工、制糖、乳品加工增幅明显，均在10%以上；而皮毛棉麻加工、橡胶制品加工与饲料加工均体现为负增长。由此可见，
我国农产品加工业发展过程中体现出较强的行业性差异，相关的农产品加工产业集群同样依据所属行业的不同，在数量、成熟度等方面体现出较大的行业差异。
我国农产品加工产业集群除行业性发展导致水平不一以外，地域性发展也是现状特点之一。由于市场经济发达、机制健全的地方容易孵化农产品加工产业集群，因此我国的农产品加工产业集群由沿海地区起源，从珠三角到长三角，再由环渤海地区逐步北上，最终，包括中西部地区的绝大部分经济较发达地区都形成了自己的农产品加工产业集群，只不过在数量和发展水平上有所不同。总体来看，
我国农产品加工产业集群产生和发展时间较短，大多处于萌芽或成长阶段，稳定发展的农产品加工产业集群较为罕见。
吉林省是农业大省，也是农产品加工业发展较快的省份之一，全省农产品加工业总产值超6300亿元，占到GDP总量的40%以上，形成5个龙头企业带动的农产品加工产业集群，涉及玉米、大豆、畜禽、中药、绿色食品加工五个方向，同时拥有34个省级以上农产品加工示范基地，主要分布于长春与松原两市。河南省是我国农产品加工大省，全省农产品加工企业达到3.78万家，其中规模以上农产品加工企业达到7779家，共形成207个农产品加工产业集群，主要分布在信阳、周口、郑州、驻马店和南阳五市，主要涉及肉制品加工及速冻食品加工。湖南省农产品加工业作为全省两大万亿产业之一，实现年总产值1.35万亿元，拥有规模以上农产品加工企业近4200家，形成了长沙粮油乳茶、岳阳粮油茶调味品、株洲肉乳、常德粮油水产品、湘潭肉莲、邵阳酒果蔬糖、怀化粮油果蔬、永州酒油果蔬和益阳粮茶水产品9大农产品加工产业集群，其主营业务总收入达3780亿元。由此可见，
我国各地践行产业集群发展思路，农产品加工业综合实力明显提升，转型升级成效显著。
然而，由于我国农产品加工产业集群发展大多还处于初级阶段，现阶段看来，还存在一系列的问题需要探讨并解决，这主要体现在产业集群的组织方式、内部与外部环境等方面，成为农产品加工产业集群发展的制约因素。我国农产品加工产业集群生产集中度较低，主体规模普遍偏小，目前更多仅仅是在地理上形成集聚，内部合作关系还需要完善，集群内部为企业服务的平台尚且不能较好运转。我国资源型农产品加工产业集群数量较多，内部产业链条较短，缺乏深加工及相关技术的储备，以及能与国际接轨的加工和质量控制标准体系。这些劣势条件严重限制了农产品加工产业集群向组织缜密、内部与外部联结机制健全的方向发展，反而加剧了内部竞争，削弱了整个产业集群对外竞争的能力。除此以外，由于资源型农产品加工产业集群同时体现为对当地农业资源的大量消耗，生态化、循环化的发展理念未被重视和应用，因此对产业集群未来延续形成了重大挑战。
