专栏名称: 基迪奥生物
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大佬们的高分组学文章怎么发?最新案例参考!

基迪奥生物  · 公众号  ·  · 2025-02-11 18:21

正文

不管是当下最热门的单细胞、空间组学技术,还是转录、翻译、代谢、微生物等常规组学产品,基迪奥都积累了丰富的项目经验,2024年第四季度见刊的项目文章数量和分数喜人!祝贺所有见刊的老师们,感谢对基迪奥的支持与信任!

下面分享部分q4高分项目文章,主要涉及单细胞、常规转录组、16S、多组学方案、DAP-seq等产品,希望为您的科研工作提供新的思路和启示。欢迎有项目意向的老师随时与我们联系,携手展开更多合作,基迪奥为您定制专属的个性化分析方案和发文策略。

单细胞转录组




案例1

新辅助帕博利珠单抗加化疗治疗可切除食管鳞状细胞癌的前瞻性研究: Keystone-001试验



英文题目: A prospective study of neoadjuvant pembrolizumab plus chemotherapy for resectable esophageal squamous cell carcinoma: The Keystone-001 trial
发表期刊: Cancer Cell
发表时间: 202410
影响因子: 48.8
物种样本: 人食管鳞状细胞癌
产品服务: 10X RNA-seq
DOI: 10.1016/j.ccell.2024.09.008
合作单位: 天津医科大学肿瘤医院
文献解读: 《Cancer Cell | 如何通过单细胞转录组进行肿瘤生物标志物研究》

食管癌是中国高发的恶性肿瘤之一,术前化放疗联合免疫检查点抑制剂(ICIs)在可切除的食管鳞状细胞癌(ESCC)中显示出治疗潜力,但现有治疗方法的复发率较高。本研究从12名接受新辅助治疗的ESCC患者中收集了配对的外周血和肿瘤组织样本,并进行单细胞转录组测序。首先通过构建细胞图谱和细胞频率分析锁定了关键细胞亚群TRGC2+ NKT;然后通过再分群分析揭示了TRGC2+ NKT细胞的异质性,并使用拟时分析探究了TRGC2+ NKT细胞的发育分化轨迹;最后通过共培养实验和免疫浸润分析,成功证明了外周血中TRGC2+ NKT细胞是治疗反应相关的潜在生物标志物。

Fig1 与新辅助治疗差异反应相关的特征性细胞亚群变化

更多q4单细胞高分项目文章分享:
《如何使用单细胞转录组冲刺高分?最新案例参考!》

常规转录组




案例2

EphrinB2介导的CDK5/ISL 1通路可增强心脏淋巴管生成,并通过缓解心肌梗死后的炎症减轻缺血性损伤



英文题目: EphrinB2-mediated CDK5/ISL1 pathway enhances cardiac lymphangiogenesis and alleviates ischemic injury by resolving post-MI inflammation
发表期刊: Signal Transduct Target Ther .
发表时间: 202411
影响因子: 40.8
物种样本: 人淋巴管内皮细胞
公司产品: RNA-seq
DOI: 10.1038/s41392-024-02019-4
合作单位: 复旦大学附属中山医院

EphrinB2是Eph/ephrin家族的关键成员,但其在心肌梗死(MI)后心脏淋巴管生成中的作用和潜在的分子机制仍有待证明。该研究表明,EphrinB2通过激活心脏淋巴管生成信号通路来防止MI后缺血性心脏重塑和功能障碍。EphrinB2的缺失损害了心肌淋巴管生成,并加剧MI后不良心脏重塑和心室功能障碍。同时,EphrinB2的过表达刺激心脏淋巴管生成,从而促进心脏浸润巨噬细胞引流并减少缺血性心脏的炎症。EphrinB2对改善炎症反应清除和心脏功能的有益作用在 Lyve1 敲除小鼠中被消除。从机制上讲,EphrinB2通过激活CDK5和CDK5依赖性ISL1核转位来加速细胞周期和淋巴内皮细胞增殖和迁移。EphrinB2增强了ISL1在VEGFR3( FLT4 )启动子处的转录活性,VEGFR3抑制剂MAZ51显著降低了EphrinB2介导的淋巴管生成并恶化了缺血性心脏功能。该项研究发现了EphrinB2驱动的心脏淋巴管生成在改善MI后心肌重塑和功能方面的一种新机制。

Fig2 EphrinB2通过ISL1的上调和核转位促进淋巴增殖和迁移

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《转录组如何发高分?参考在这!》

16S




案例3

工业大麻( Cannabis sativa L .)通过重塑根际真 菌群落来适应镉胁迫



英文题目: Industrial hemp ( Cannabis sativa L .) adapts to cadmium stress by reshaping rhizosphere fungal community
发表期刊: Sci Total Environ
发表时间: 202412
影响因子: 8.2
物种样本: 大麻幼苗
公司产品: ITS,代谢组,16S
DOI: 10.1016/j.scitotenv.2024.177851
合作单位: 云南大学

植物在环境压力下可积极寻求微生物的帮助(“呼救”假说),然而,在金属胁迫条件下,支持这一策略的经验证据有限。该项研究在镉(Cd)污染土壤和基于培养的方法中采用微生物群落综合分析来研究工业大麻( Cannabis Sativa L .)、根际微生物和Cd胁迫之间的三方相互作用。实验表明,镉胁迫显著影响工业大麻中根际真菌的组成,并诱导真菌OTU3( Cladosporium )的富集。成功分离出OTU3(菌株DM-2)的代表。在水培实验中,镉胁迫下,接种DM-2与不接种DM-2相比,大麻幼苗的芽长(增加了25.84 %)和鲜重(增加了92.66 %)均显著增加。研究结果表明,接种DM-2可有效缓解大麻幼苗的Cd胁迫。对含有或不含DM-2的培养基进行的代谢组分析表明,DM-2与根系分泌物向褪黑素的转化有关,而褪黑素可能是植物与微生物相互作用对抗非生物胁迫的关键化学物质。这些发现将为操纵根系微生物组以促进植物在污染环境中的生长提供信息。

Fig3 土壤Cd对大麻幼苗根际真菌群落的影响

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《如何进行微生物研究?最新高分思路参考》

转录组+其它组学关联




案例4

转录组+代谢组综合分析揭示了褪黑素延缓豇豆采后衰老的机



英文题目: Integrative transcriptome and metabolome analyses reveal the mechanism of melatonin in delaying postharvest senescence in cowpeas
发表期刊: Int J Biol Macromol
发表时间: 202412
影响因子: 7.7
物种样本: 豇豆
公司产品: RNA-seq,靶向代谢组
DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2024.137429
合作单位: 海南大学

采后快速衰老和质量恶化严重限制了豇豆的物流。褪黑素(MEL)是一种关键的生物活性分子,可以调节植物中的多种生理特性。该研究通过生理学、转录组学和代谢组学分析,以探讨外源性MEL对豇豆衰老的影响及其潜在机制。生理结果表明,100 μM MEL处理保持了感官质量(绿度、硬度和可溶性固形物含量),减少了重量损失,并抑制了叶绿素(Chl)和原果胶的降解。转录组学分析显示,豇豆颜色和硬度的保持在很大程度上归因于抑制与Chl和细胞壁代谢相关的基因表达。综合转录组学和代谢组学分析显示,MEL促进氨基酸和碳水化合物代谢相关基因的转录,导致氨基酸和糖代谢物的积累。此外,通过将转录因子结合位点分析与顺式作用元件分析相结合,作者还构建了MEL介导的抗衰老转录因子的调节网络。总之,该研究发现了一系列参与调节衰老过程的潜在候选基因和代谢产物,为提高豇豆采后品质提供了见解。

Fig4 转录本的O2PLS模型分析

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《如何进行转录调控研究?最新高分思路参考》

非编码RNA




案例5

miRNA-seq揭示循环血浆来 源的外泌体通过miR-122-5p/FOXO3介导的巨噬细胞激活加重系统性红斑狼疮的狼疮性肾炎



英文题目: Circulating plasma derived exosomes from systemic lupus erythematosus aggravate lupus nephritis through miR-122-5p/FOXO3-mediated macrophage activation
发表期刊: J Nanobiotechnology .
发表时间: 202412
影响因子: 10.6
物种样本 人外泌体
公司产品: miRNA
DOI: 10.1186/s12951-024-03063-6
合作单位: 南通大学附属医院

系统性红斑狼疮(SLE)是一种慢性和系统性自身免疫性疾病,其特征是先天免疫和适应性免疫失调。巨噬细胞极化为M1/M2巨噬细胞会影响狼疮的发展。外泌体-miRNA在疾病进展中起着至关重要的作用。本研究旨在探讨循环外泌体参与SLE发病机制的机制,并寻找新的治疗靶点。通过研究作者得出结论,SLE外泌体miR-122-5p可以通过靶向FOXO3/NF-κB信号通路促进M1巨噬细胞极化,并参与SLE的发病机制。总的来说,血浆来源的外泌体miR-122-5p是治疗SLE的一个有前途且有效的靶点。

Fig5 系统性红斑狼疮外泌体富含与临床疾病严重程度相关的miR-122-5p

DAP-seq




案例6

DAP-seq 揭示褪黑素通过MiWRKY45转录因子调控防御相关基因,增强芒果对 Colletotrichum gloeosporioides 的抗性



英文题目: Melatonin induces resistance against Colletotrichum gloeosporioides in mango fruit via regulation of defense-related genes by MiWRKY45 transcription factor
发表期刊: Int J Biol Macromol
发表时间: 202412
影响因子: 7.7
物种样本: 芒果
公司产品: DAP-seq
DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2024.138606
合作单位: 海南大学

由炭疽菌( Colletotrichum gloeosporioides )引起的炭疽病是导致芒果果实采后损失的主要疾病。褪黑激素(MT)在植物中具有多种生理功能。本研究探讨了外源MT对芒果对 C. gloeosporioides 抗病性的影响及相关分子机制。1 mmolL −1 的MT处理限制了接种 C. gloeosporioides 的芒果炭疽病的扩张,这与防御相关指标水平升高有关,包括PAL、4CL和POD的活性, MiPAL Mi4CL MiPOD 的表达以及总酚、类黄酮和木质素的含量。对15个 MiWRKY 成员的RT-qPCR分析显示, MiWRKY45 响应MT+ C. g loeosporioides 的表达最高。基于亚细胞定位和转录激活测定,MiWRKY45转录因子被鉴定为细胞核定位的转录激活因子。DAP-seq、酵母单杂交(Y1H)和双荧光素酶报告基因(DLR)验证了MiWRKY45与W-box motif结合并激活了 MiPAL Mi4CL MiPOD 的表达。瞬时转化分析表明,MiWRKY45 能正向调节苯丙烷途径,从而增强芒果抗性。这些结果表明,MiWRKY45作为一种正调控因子,参与了MT诱导的芒果抗炭疽病的过程。







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