Advanced Science：干湿结合全国各单位都在用！这个系列分享第4期，跟不上？那不存在的

书接上文，昨天介绍了 Advanced Science 近 1 个月见刊的涉及单细胞组学的干湿结合类文章（ 浙大医学院14.3分研究揭示小檗碱抑制肝细胞癌进展新机制！干湿结合这玩法不就get? ），今天一起来看下，只有 bulk 组学的情况下，怎么进行干湿结合吧。

如果大家有基金申请或者课题思路上的疑问，可以联系我们进行咨询 ：

扫码备注：科研合作

题目 ： CircUGP2 Suppresses Intrahepatic Cholangiocarcinoma Progression via p53 Signaling Through Interacting With PURB to Regulate ADGRB1 Transcription and Sponging miR-3191-5p

作者单位 ：南京医科大学第一附属医院

文章看点 ：这篇文章主要研究了环状 RNA circUGP2 在肝内胆管癌（ Intrahepatic Cholangiocarcinoma, ICC ）中的作用及其分子机制。研究发现 circUGP2 在 ICC 组织中表达下调，并与患者预后相关。通过体外和体内实验证实， circUGP2 过表达能够抑制肿瘤进展。在分子机制上， circUGP2 通过与 PURB 蛋白相互作用，增强 ADGRB1 基因的转录，并通过吸附 miR-3191-5p 来上调 ADGRB1 的表达，从而激活 p53 信号通路，抑制 ICC 的进展。此外，研究还构建了一种脂质纳米粒（ LNP ）系统，用于封装 circUGP2 质粒，成功靶向肿瘤部位，并显示出优越的抗肿瘤效果。

编者按 ：干实验在上游，占比约为 10% ，涉及到的组学技术包括环状 RNA 测序及 bulk RNA 测序。

题目 ： Histones Methyltransferase NSD3 Inhibits Lung Adenocarcinoma Glycolysis Through Interacting with PPP1CB to Decrease STAT3 Signaling Pathway

作者单位 ：中南大学湘雅医院

文章看点 ：这篇文章主要探究了组蛋白甲基转移酶 NSD3 在肺癌腺癌（ LUAD ）中的作用及其机制。研究发现， NSD3 在 LUAD 中的表达下调，并且与患者的不良预后相关。 NSD3 能够抑制肺癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力，同时通过抑制糖酵解过程中的关键酶 HK2 的表达来减少肺癌细胞的糖酵解水平。在分子机制上， NSD3 与 PPP1CB 和 p-STAT3 形成复合体，促进 PPP1CB 对 p-STAT3 的去磷酸化，从而抑制 HK2 的转录。此外， PPP1CB 的磷酸酶活性与培养环境中二氧化碳浓度和 pH 值有关。研究结果揭示了 NSD3 在调控 STAT3 依赖的糖酵解中的非表观遗传作用，为针对 NSD3/PPP1CB/p-STAT3 的治疗策略提供了有力证据。

编者按 ：干实验在上游，占比约为 5% 。

题目 ： Lactylome Analysis Unveils Lactylation-Dependent Mechanisms of Stemness Remodeling in the Liver Cancer Stem Cells

作者单位 ：湖北时珍实验室

文章看点 ：这篇文章主要探究了乳酸盐通过其衍生的蛋白质赖氨酸乳酸化（ Kla ）修饰在肝细胞癌（ HCC ）干细胞（ LCSCs ）中的调控作用，以及这些修饰如何影响 LCSCs 的干性重塑和肿瘤进展。研究发现，与正常肝组织相比， HCC 癌细胞中乳酸积累增加，乳酸化水平升高，特别是组蛋白 H3K56 位点的乳酸化与 LCSCs 的肿瘤形成和干性维持密切相关。此外，研究还发现 ALDOA K230/322 位点的乳酸化在促进 LCSCs 干性中起着关键作用，并且 ALDOA 乳酸化通过影响其与 DDX17 的结合，进而调控 LCSCs 的干性。这些发现揭示了乳酸化在调节 LCSCs 干性中的重要作用，并为针对 HCC 的新型治疗策略提供了潜在靶点。

编者按 ：干实验主要在上游，占比约为 15% 。主要涉及到的组学为 bulk 的代谢组、蛋白组、乳酸化组。

题目 ： PRMT6 Epigenetically Drives Metabolic Switch from Fatty Acid Oxidation toward Glycolysis and Promotes Osteoclast Differentiation During Osteoporosis

作者单位 ： 海军医科大学长征医院

文章看点 ： 这篇文章主要探究了蛋白精氨酸甲基转移酶 6 （ PRMT6 ）在骨质疏松症期间如何通过表观遗传机制促进代谢从脂肪酸氧化向糖酵解转变，并影响破骨细胞的分化。研究发现，在 RANK 信号激活时， PRMT6 的表达上调，导致代谢重编程，从而促进破骨细胞的分化。相反， PRMT6 的缺失或抑制则抑制了这一代谢转变，显著减少了 HIF-1α 介导的糖酵解并增强了脂肪酸氧化。因此， PRMT6 的缺失或抑制可以阻碍破骨细胞的分化，并在卵巢切除（ OVX ）小鼠中减轻骨质流失。在分子水平上， PRMT6 的缺失减少了 H3R2 上的不对称二甲基化，增强了脂肪酸氧化基因（如 Ppard 、 Acox3 和 Cpt1a ）的基因组可及性。研究结果揭示了 PRMT6 在表观遗传调控破骨细胞代谢转变中的关键作用，并为抗吸收治疗提供了一个有希望的靶点。

编者按 ：干实验上游和下游均存在，占比约为 30% 。主要涉及到的组学为 bulk RNAseq ， ATACseq ，蛋白组。

题目 ： Sirtuin 5-Mediated Desuccinylation of ALDH2 Alleviates Mitochondrial Oxidative Stress Following Acetaminophen-Induced Acute Liver Injury

作者单位 ： 郑州大学第一附属医院

文章看点 ：这篇文章主要探究了蛋白去琥珀酰化酶 Sirtuin 5 （ SIRT5 ）在对乙酰氨基酚（ APAP ）诱导的急性肝损伤（ AILI ）中的作用，以及其潜在的分子机制。研究发现， SIRT5 在 AILI 中的表达显著下调，而 SIRT5 的缺失会加剧肝脏损伤、炎症反应和线粒体氧化应激。相反， SIRT5 的过表达则表现出相反的病理和生化变化。机制上， SIRT5 通过去琥珀酰化醛脱氢酶 2 （ ALDH2 ）的第 385 位赖氨酸，维持 ALDH2 的酶活性，从而抑制炎症和线粒体氧化应激。此外，研究还发现，通过天然化合物 Puerarin 激活 SIRT5 的去琥珀酰化酶活性可以进一步减轻 AILI 。这些发现表明 SIRT5-ALDH2 轴在 AILI 的发展中起着关键作用，并可能成为治疗干预的策略。

编者按 ：干实验上游和下游均存在，占比约为 10% 。涉及到的组学技术主要为 bulk RNAseq ， Chipseq ， ATACseq ，蛋白组。

（1） Science Advances 上发表的文章医学类文章的占比较高，夯实 +1~

（2） 国人文章占比较高，夯实 +1~

留个悬念 ： Advanced Science 上发表的文章，具体是如何利用干实验引出课题，并用湿实验进行验证的呢？ 且听下回分解 ~