#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-08-05 23:50

正文

PILP （Protein-Ligand Interaction Profiler）是一个在线的蛋白配体非共价联系的分析工具，其简单易用，同时提供Github版本利于学习其设计模式。PILP可以直接使用四字符的PDB code或者使用自己的pdb结构文件。之后分析复合物，结果将会展示所有可测定的在原子水平的非共价联系（氢键，水桥，盐桥，卤键，疏水联系，π-堆积，π-离子联系，金属复合物）。同时结果可以下载文本结果，机器可读的XML格式以及PyMOL可视化文件（pse），同时网站上也有JSmol应用的3D联系图像。

其网址为:http://plip.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index
Github地址为:https://github.com/ssalentin/plip

首先上传PDB或者直接输入PDB code，例如 1XDN ：