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作者：happy（转载请注：解螺旋·医生科研助手）
当我们将未知菌株送到公司测序时，并不意味着公司会直接告诉我们未知菌株是什么种什么属的，他们只会给你未知菌株的测序序列，这时候就需要我们自己在NCBI上进行同源性比对。下面结合我自己的实验经历跟大家交流一下。
首先，我们先来弄清楚几个概念：
Query：数据库中的序列
alignments： 比对上的两个序列
hits：两个序列比对上的片段
Score：比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高
E Value：相对的一个统计值，值越小，越可信，
Length：输入序列的长度
Identities：一致性，就是两个序列有多少是一样的
Accession：登录号
NCBI网站：
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
1、打开上述网址，出现图1页面，点击
，进入图2页面
图1
2、在图2界面的
输入序列，这里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCCGCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGAACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTGGTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAAGCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACCGCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTCCAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA为例。选中页面下的
，然后点击BLAST。出现图3和图4 的页面（图3和4是同一页面的上下两部分）。
图2
3、在图3页面上
表示你可以调整参数，重新比对或者保存搜索条件以便下次比对，调整报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果。
表示比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头（大于号后面的），如果这个也没有找到，NCBI会自动生成一个。
表示你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度。
表示你可以查看其他报告，比如摘要、分类、距离树等。
图3
4、在图4的页面上Ident越高，表明序列的同源性也就越高。通过同源性较高的描述你可以初步判断未知菌株的类别。点击同源性较高的，比如我们点开第一个，出现图5的页面，将滚动条向下拉至图6，得到比对同源性高的序列，将其登录号以及序列保存在文本文档中，通过系统发育树我们能具体判别未知菌株属于哪种菌株。
图4
图5
图6
