“病原体-宿主”互作分析数据库

互作转录组可研究两个物种或多个物种的相互作用机制，利用该研究方法，不仅可以得到宿主防御病原菌机制，也可以研究病原菌如何侵染宿主。

对于病原菌如何导致宿主患病及宿主如何防御病原菌入侵的问题，一直以来就是生物学研究的重要内容。因此，在很长的研究历程中，就有了各种宿主病原体相关的数据库。

下面介绍一下研究中可能会用到的数据库。

• 地址：http://www.phi-base.org/

收录的主要是被实验证实具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌，宿主则包括了动物、植物和真菌。同时数据库还搜罗了与FRAC合作得到的一些抗真菌化合物数据。

数据库的特点：每个条目都有明显的实验证明，同时，为了方便数据与其他数据库互通检索，还囊括了Uniprot, GO, EC等相关编号。

数据库检索方法（2种）：

1. 序列比对，通过进入界面中的”BLAST”进入，然后输入相关的序列进行比对检索

2. search搜索框检索

   
   

这里的数据库主要通过以下四种关键词检索：

GENE NAME 基因名 例如NIP2、TalC等

HOST SPECIES 宿主 例如HUMAN、RICE等

PATHOGEN SPECIES 病原菌 例如 Fusarium graminearum、Pseudomonas aeruginosa等

DISEASE NAME 疾病名 例如 Tumors、Bacterial leaf streak等

当然，数据库中的关联信息多，搜索也不仅限于以上内容。例如，在搜索注释“GO: 0009405”时也会得到相应的结果，如下图：一个检索结果会得到相关的基因、表型、病原体等相关信息和分类。

• 地址:http://virusmentha.uniroma2.it/

  
  

  
  

该数据库针对病毒-病毒，病毒-宿主的相互作用，建立在IMEx协议上。数据来源于发表的文献，由人工整合收集而成，并整合收录了MINT 、IntAct、DIP 、MatrixD B 、BioGrid等几个库中的病毒相关数据。

该数据库每周定期自动更新。只能通过搜索框中输入基因ID、关键词等信息检索数据。

在使用时，可用宿主和病毒家族信息进行筛选，目前该数据库收录宿主包括：

Arabidopsis thaliana(拟南芥)、

Caenorhabditis elegans(线虫)、

Droso-phila melanogaste(果蝇)、

Escherichia coli K-12(大肠杆菌K-12)、

Homo sapiens(人)、

Mus musculus(小鼠)、

Rattus norvegicus(大鼠)、

Saccharomyces cerevisiae S288c(酵母)；

收录的病毒家族包括：

Baculoviridae(杆状病毒)、

Hepadnaviridae(肝炎病毒)、

Herpesviridae(疱疹病毒)等25个病毒科。

• 地址：http://virhostnet.prabi.fr/

是病毒宿主互作的数据库，该数据初期以人的相关病原体为主，虽然在后期的版本加入了其它物种的信息，但仅是其中很少的一部分。

数据库的搜索方法包括：关键检索、序列搜索。

【序列搜索】

点击BLAST标签输入序列获得

关键词搜索：相关的Protein(蛋白)、Domain(功能域)、Path-way(通路)、Taxonomy(物种分类)、Publication(文献)获得。